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이전 글 [R] Data frame에서 FAS/FASTA 포멧으로 바꾸는 3가지 방법 Unclassified된 species를 blast돌리기 위해 phyloseq 개체에서 추출한 계통을 fasta포멧으로 만들고자 했다. 원래 엑셀로 정렬을 하는 방법도 있고, 리눅스 상에서 간단하게 변경하는 방법도 있지만 역시 bio-kcs.tistory.com [BLAST] Linux(Ubuntu, CentOS) 환경에서 NCBI BLAST+ 설치하고 돌려보기 🟦 BLAST란? | BLAST = basic local alignment sequence tool -BLAST는 밝혀진 지놈 또는 단백질 서열들을 데이터베이스화 해서 새로 밝혀낸 서열들의 상동성(유사성)검사를 실시하여 새로 밝혀진 서열이 어떤 bio-kcs.t..
작성 : 2024.01.19. 금. PICRUSt2에서 사용 중인 MetaCyc reference도 KEGG처럼 level1, level2, level3 등으로 계층적인 구조를 가진다. 그러나 하나의 기능 유전체가 중복된 기능을 가짐으로 이를 편하게 사용하기는 어렵다. 그러나 Peter D. Karp, A Comparison of the BioCycTM and KEGG® Pathway Databases and Web Portals (March 2023)에 따르면 MetaCyc가 KEGG에 비해 가진 정보가 많음으로, 향후 연구에서 활용성이 높을 것으로 생각된다. MetaCyc vs KEGG MetaCyc version 26.5 (December 2022) - Pathways: 3,085 - Reactio..
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작성: 2024-10-21 수정: 2024-01-08 side panel 은 beta diversity를 나타내는 PCA, PCoA 그림의 추가 정보를 나타냅니다. PCoA의 side panel 은 각 샘플의 dissimilarity 간의 분포를 축소해서 나타내는 PCoA 의 축 1과 2를 boxplot이나 density plot을 사용하여 나타냅니다. 5가지 방법(patchwork, MicrobiomeStat, ggpurb, cowplot, ggExtra) ggExtra)을 통해 아래와 같은 그림을 그려봅시다. 예제 데이터 언제나 qiime2의 moving picture 데이터를 사용합니다. 아래 예제 코드에서는 신체의 각 부위에 따른 마이크로바이옴의 분포를 비교합니다. library(phyloseq)..
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한국 연구자의 Periodontitis에 관한 바이오마커 발견 및 예측 모델 개발에 대한 논문을 찾아보았다. 치주염(Periodontitis)이란? 치주염은 치아 주위의 잇몸조직이 감염에 의한 염증으로 내려앉는 상태를 말한다. 치아를 지지하는 잇몸이 약해짐에 따라 치아가 손상될 수 있다. 세계적으로 심한 치주염(severe periodontitis)의 유병률은 만성질환 중에서 가장 높은 편이며, 한국인 성인(40-59세)의 심한 치주염 유병률은 9.0%이었으며, 초기 치주염의 유병률은 더 높을 것으로 예상된다. 출처: 정세환, 한국 성인의 치아우식 및 심한 치주염의 위험요인 분석: 제7기(2016-2018년) 국민건강영양조사 자료 이용, Journal of Korean Academy of Oral Hea..
[그래디언트 바이오컨버전스] Data 사업부 Bioinformatics 모집(D-1) - 사람인 그래디언트 바이오컨버전스, Data 사업부 Bioinformatics 모집, 경력:경력 5년 이하, 학력:석사졸업이상, 연봉:면접 후 결정 , 마감일:2024-01-05, 홈페이지:http://www.gradiantbio.com/ www.saramin.co.kr 모집분야 - Bioinformatics 모집전공 - 생물학, 통계학, 컴퓨터공학 등 (bioinformatics 관련 분야) - 석사 이상 - 경력 4 ~ 5년 이하 근무지 - (05510) 서울 송파구 송파대로 558, 4층 (신천동, 월드타워빌딩) / 08:30~17:30 직무개요 - NGS 데이터 분석 및 분석 방법 구축 (Transcriptom..
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글 작성: 24.01.03. 내용추가: 24.01.02. 1. Network analysis | 마이크로바이옴 연구에서 네트워크 연구란? - microbiome은 복잡한 미생물 군집을 말한다. 여러 생물들의 상호작용은 전체 미생물의 구조를 안정적이며 견고하게 만든다. - 네트워크 plot은 미생물의 scale과 다양성을 모두 나타낼 수 있으며, 단편적인 관계보다 보편적인 시스템을 보여준다. | Network의 구성성분 - node: 하나의 샘플이나 OTU/ASV를 뜻한다 - edge: 각 단위 간의 관계를 말한다 | network plot에서 알 수 있는 정보들 - node의 정보: 색, 모양, 크기, 라벨에 정보를 표시할 수 있다. - e.g. 색에는 그룹 데이터를, 크기는 relative abunda..
출처: McMurdie, P. J., & Holmes, S. (2014). Waste not, want not: why rarefying microbiome data is inadmissible. PLoS computational biology, 10(4), e1003531. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003531 https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.02407 용어 정의 - rarefying : ad hoc library size normalization by random subsampling without replacement - rarefaction는 두 개의 정의가 존재 1. normalization approach 🚩 위 논문에서..
(주) 프로티나 - 분자진단, 박사급 담당업무 ㆍ의료진단 바이오마커를 개발합니다(분자생물학 실험). ㆍ신규 단백질 상호작용 바이오마커를 발굴합니다. ㆍ발굴된 바이오마커의 기전을 연구합니다. ㆍ발굴된 바이오마커의 임상적 검증을 연구합니다. ㆍ발굴된 바이오마커의 측정법/assay 개발합니다. ㆍ기본적인 연구실 관리 업무를 합니다. 자격요건 ㆍ생명과학/세포생물학/분자면역학 또는 관련된 박사 학위를 보유하신 분 ㆍWet lab 실험실 (학위/근무) 경험이 있는 분 (3년 이상) ㆍR&D 프로젝트 리딩 경험이 있는 분 우대사항 ㆍ바이오 관련 기업에서 R&D 직무 경력 1년 이상인 분 ㆍ단백질 상호작용 및 단백질 구조 관련 연구 경험이 있는 분 ㆍ임상시료 분석 경험이 있는 분 ㆍ생물정보학 (바이오인포매틱스) 관련 ..
