출처: McMurdie, P. J., & Holmes, S. (2014). Waste not, want not: why rarefying microbiome data is inadmissible. PLoS computational biology, 10(4), e1003531. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003531 https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.02407 용어 정의 - rarefying : ad hoc library size normalization by random subsampling without replacement - rarefaction는 두 개의 정의가 존재 1. normalization approach 🚩 위 논문에서..
Bioinformatics
(주) 프로티나 - 분자진단, 박사급 담당업무 ㆍ의료진단 바이오마커를 개발합니다(분자생물학 실험). ㆍ신규 단백질 상호작용 바이오마커를 발굴합니다. ㆍ발굴된 바이오마커의 기전을 연구합니다. ㆍ발굴된 바이오마커의 임상적 검증을 연구합니다. ㆍ발굴된 바이오마커의 측정법/assay 개발합니다. ㆍ기본적인 연구실 관리 업무를 합니다. 자격요건 ㆍ생명과학/세포생물학/분자면역학 또는 관련된 박사 학위를 보유하신 분 ㆍWet lab 실험실 (학위/근무) 경험이 있는 분 (3년 이상) ㆍR&D 프로젝트 리딩 경험이 있는 분 우대사항 ㆍ바이오 관련 기업에서 R&D 직무 경력 1년 이상인 분 ㆍ단백질 상호작용 및 단백질 구조 관련 연구 경험이 있는 분 ㆍ임상시료 분석 경험이 있는 분 ㆍ생물정보학 (바이오인포매틱스) 관련 ..
- 저자: Morgan M. Brown, Alexander R. Horswill - 저널: plos pathogens (IF = 6.8, 2020) The human skin microbiota: Composition and function in barrier homeostasis - 표피(Epidermis)는 각질세포(keratinocytes)의 4개의 구성되어 있으며, 모낭(hair follicles)과 피지선(sebaceous glands )이 박혀있다. 피부는 30 m^2의 표면적을 가지며, 이는 장의 표면적보다 더 크다. - CoNS 은 38 종으로 구성된다. S. epidermidis strain-level diversity underlies skin–microbe interactions - ..
- 제1 저자: Holger Brüggemann - 저널 : Front. Microbiol.(IF = 4.2) 결과 - Prosthetic Joint Infections와 Blood Cultures 배양된 균에서 S. saccharolyticus 가 발견되었다. Misclassification of Previously Sequenced Strains Assigned to S. saccharolyticus - 발견된 7종은 서로 98% 이상의 ANI를 가졌으며(strain spedific ANI는 97.9~ 100% ), 가까운 S. capitis, S. epidermidis와는 약 79.5%의 ANI를 보임. 이전에 S. saccharolyticus 로 명명된 3개의 서열은 S. capitis에 더 가까웠..
- 제목: Staphylococcus saccharolyticus: An Overlooked Human Skin Colonizer - 제1 저자: Charlotte M Ahle - 저널: Microorganisms (IF = 0.858) Abstract - CoNS는 인간 피부 미생물총의 중요한 구성성분으로, Staphylococcus epidermidis와 같은 조건혐기성은 거의 모든 인간의 피부에서 발견된다. 건강한 인간의 피부에서는 S. epidermidis와 S. capitis가 등이 피부의 주요 commensal로 발견되었지만, 위 연구에서 세 번째로 많은 구성원은 Staphylococcus saccharolyticus이다. 이는 피부 메타게놈 데이터세트를 분석한 결과 등, 이마, 팔 접힘부를 ..
바이오인 뉴스에 "마이크로바이옴으로 비흡연 폐암 진단 가능성을 보이다"라는 제목으로 보도된 자료를 보았다. 구강과 저널은 Clinical and Translational Medicine로 2022년도 기준 IF는 10.6점이다. 논문에 대한 소개는 바이오 인 홈페이지에 자세한 사항이 올라와 있다. 위 논문에서는 장 마이크로바이옴 보다 구강 마이크로바이옴이 폐암환자와 정상대조군 간의 차이를 보였으며, 치료 유무에 대한 차이도 보였다. 구강마이크로바이옴을 통해 SL분석 후 AUC은 0.95 정확도로 분류해 냈으며, 추가적인 데이터 세트로 모델을 평가한 결과 AUC는 Contol vs Treatment +그룹 간의 분류가 Control vs Cancer보다 정확도가 높았다. 장 마이크로바이옴에서 생존 결과가 ..
논문을 고른 이유 - 수업 논문 발표용 - 마이크로바이옴 데이터를 이용한 질병 상태 예측이라는 효용성 있는 연구 배경 Colorectal cancer (CRC) 이란? - CRC는 전 세계에서 두 번째로 흔한 암으로 발병률을 서양에서 꾸준히 증가 - 조기발견의 증가되었지만, 1-3기 CRC환자에서 24%는 종양 제거 후 5년 이내 재발, 절반 이상의 사례가 2년 이내 발생 - 수술 후 위험을 계층화(분류)하는 것이 장기적인 관리에 중요하다. 보통 혈액과 대변에서 측정된 몇몇 지표가 중요한 요소임 장에 영향을 미치는 미생물 - Fusobacterium nucleatum: anaerobic oral commensal, promotes colorectal carcinoma and cancer progressi..
Stereotypes About Enterotype: the Old and New Ideas - 저자: Mingyue Chenga and Kang Ning - 저널: Genomics Proteomics Bioinformatics (IF = 6.5, 2019) enterotype에 영향을 주는 요인 - 식단: Bacteroides enterotype 은 고기 위주인 서양식 식단에서 많이 보이고, Prevotella enterotype 은 탄수화물, 단당류가 많은 수렵채집인 식단에서 많이 보임 - 항생제: cefprozil 사용 시 Bacteroides enterotype 의 변화 초래 - 나이: 유아와 노인의 장내 미생물군은 안정적이지 않음, 노인은 Bacteroides ssp의 비율이 풍부 기존 ente..
Bioinformatic and Statistical Analysis of Microbiome Data - 저자: Yinglin Xia, Jun Sun - 출판사: Springer - 출판일: 2023-05-17 - 원서 가격: 339,980원 (진짜 후덜덜 하다) 목차 1. QIIME2 소개 2. 마이크로바이옴 데이터를 위한 R 소개 3. QIIME2에서 기본적인 데이터 처리 4. Raw 데이터로 부터 Feature와 Feature table만들기 5. assigning taxonomy와 계통수 제작 6. 서열을 OTU로 군집화 하기 7. OTU methods 8. OTU methods그 이상 9. alpha diversity 10. Beta diversity 11. Beta diversity를 위한 ..
Bacterial and archaeal community distributions and cosmopolitanism across physicochemically diverse hot springs - Chanenath Sriaporn - ISME Communications - Metagenome, Hot spring, bacteria, Archea, metabolism Method - 기존 연구의 primer에 대한 한계를 극복하기 위해 전장유전체 분석 사용/ assembly: SPAdes / mapp to contig: Bowtie, binning: MetaBAT, MaxBin, CONCOCT, MAG selection: DAS Tool, Refination: VixBin, quality check..
작성: 2023-10-16-월 | Sloan's neutral community model(NCM) 이란?NCM은 환경 생태쪽에서 발전한 개념으로 모든 종이 환경에서 중립적이라는 전제를 가지고 있다. 이 모델의 주요 특징은 아래와 같다. 1. 중립성(Neutrality): 메타커뮤니티 내에서는 모든 종이 생태적으로 중립적이다. 이것은 모든 종이 기능적으로 동일한 경쟁능력과 적응성을 가진다는 것을 의미한다 2. 확률적 프로세스(Stochastic Processes): 모델은 확률적 또는 무작위 프로세스(종화, 멸종, 이주 및 이탈)를 포함한다. 3. 제로-합 동태학(Zero-Sum Dynamics): 커뮤니티의 개체 수는 상대적으로 일정하게 유지된다. 즉 모델이 데이터와 일치할 수록 , OTUs들은 ..
작성: 2023-10-16 제목 - Vaginal Microbiome Metagenome Inference Accuracy: Differential Measurement Error according to Community Composition - 저널: mSystems (IF = 7.3, 2022-2023) - 제1 저자: Kayla A Carter 배경 엠플리콘 데이터를 사용한 메타게놈 기능 추론 연구는 주로 gut과 oral에 집중되어 있어 vaginal에 대한 연구가 부족하다( reference 서열에서 장은 virginal 샘플보다 10배는 더 많음). vaginal는 다른 장기와 다르게 하나의 Lactobacillus species 종이 우점하여 다양성이 낮은 특성을 가진다. 16S rRNA 데..
