1. 서론
생물정보학 분야는 코딩이 결코 빠질 수 없는 분야일까요?
제 주변에 생물정보학에 대해 물어보는 많은 분들이 코딩을 배우는 것에 대한 허들을 많이 느끼곤 합니다. 오히려 코딩이 생물정보학에 대한 접근성을 낮추는 셈입니다. 사실 모두가 공감하실 겁니다. 코드를 입력하는 시간보다 업데이트나 설치가 더 어렵다는 것을…🙉
그러나 QIIME 같은 도구를 사용하면 시각적으로 결과를 보여주는 Qiime View를 제공하기도 하며, 결과를 간단하게 확인할 수 있게 하고, 여러 편리한 도구들이 많이 출시되었습니다. 여러 오픈 소스들의 장점은 무료이면서, 모두가 사용 가능하지만, 반대로 말하면 누구나 만들 수 있고, 이에 대한 검증은 어렵다는 것입니다.
반대로 많은 전문 프로그램들도 GUI(Graphical User Interface) 도구를 제공합니다. 키보드가 아닌 마우스를 더 많이 움직이는 도구라고 할 수 있습니다.
2. 인코렌탈 소개
이 중에서 가장 많이 사용되는 도구는 CLC Genomics Workbench입니다.
이 프로그램은 QIAGEN의 솔루션이며, 염기서열 기반 파일 형식 (fastq, fasta, bam, sam..)등을 사용하여 RNA, single cell, Whole genome, microbiome, metagenome 등의 분석을 모두 수행할 수 있는 도구입니다.
또한 사용되는 파이프라인은 각 분야에서 모두 (인용수가 높은) 검증된 도구들을 사용합니다.
즉, 대부분의 분야를 하나의 프로그램 만으로 분석이 가능합니다.
솔루션만 대여해 주는 것이 아니라, 분석 가능한 서버도 같이 제공해 주더라고요!
요즘 클라우드 서비스로 서버 없는 1인 기업도 많은데, 연구실도 이제 클라우드로 노트북 하나만 들고 어디에서나 분석이 가능할지도 모릅니다.
개인적으로 초기비용이 들지 않는다는 점이 굉장히 마음에 들었습니다!
원래는 1년 라이선스로 제공되는 기능이었는데, 매일 분석할 일이 없다면 데이터 쌓아 놓고 한 일주일 대여해서 결과 내는 것도 좋을 것 같습니다. 😙
인코렌탈 에서는 위 도구들을 제공하고 있으며, 모두 코드를 입력할 필요가 없는 마우스로 간단하게 분석이 가능한 GUI기반 도구입니다.
기본적인 데이터 처리와 NGS분석(Genomics, Transcriptomics, RNA, Matagenome, Chip-seq)을 가능하게 합니다. BLAST도 당연히 제공합니다.
프리미엄버전에서는 Single cell, Metagenome, Pathogen typing, Genome finishing과 FASTQ에서 VCF까지 빠른 속도로 처리가 가능합니다.
2) IPA analysis
문헌정보를 기반으로 큐레이션 한 데이터베이스를 활용하여 네트워크를 분석하는 도구입니다. DEG 데이터세트를 기반으로 Upstream과 downstream을 보여주고, pathway를 통해 생물학적 경로를 이해할 수 있습니다.
이전 인실리코젠 인턴쉽 기간에 잠깐 사용해 본 기억이 있는데요, 분석 단계를 시각적으로 확인할 수도 있고, 또 굉장히 편리하지만, 오히려 코드보다 더 상세하게 Raw data를 관찰하고 분석할 수 있었습니다. 그런데 기존 서비스가 1년 구독형에 가격이 저렴한 편은 아니었습니다.
그러나 이런 단기 대여 서비스가 있다면 매우 환영입니다!
인실리코젠에서 일주일 정도 단기 대여를 제공받았습니다. 기간 동안 마이크로바이옴 데이터로 여러 분석을 수행해 보았습니다.
3. 인코렌탈 신청 방법
인코렌탈 신청 방법
1. 인코렌탈 홈페이지 접속: https://insilicogen.com/rental/
2. 인코렌탈 접수
1) 솔루션 선택
2) 서버 사양 및 기능 선택
3) 대여 기간 선택
신청하고 조금 있으면, 예약 확인 메일이 발송되었습니다. 예약 확인 이후에는 바로 사용이 가능합니다!
4. 인코렌탈 예약 확인
예약 확정 후, 자세한 사용 방법은 공식 홈페이지를 참고하시면 됩니다.
1) 인코렌탈 홈페이지 접속: https://www.insilicogen.com/rental/
2) Myinco 클릭
3) 렌탈 현황 클릭
>>> 렌탈 중인 프로그램 선택
렌탈 중인 프로그램 [자세히보기] 선택하며, 대여한 프로그램의 정보와 서버 사양 및 사용방법을 안내하는 창을 볼 수 있습니다.
[사용 방법]을 클릭하면, 클라우드 서버 접속 방법 및 파일 업로드 방법이 상세하게 적힌 가이드를 얻을 수 있습니다. 사용에 대한 상세한 영상 강의도 또한 제공하고 있음으로, 인코에듀를 방문해 보시면 좋을 것 같습니다.
사용되는 프로그램은 Remote ripple VNC 뷰어와 파일질라입니다.
Remote ripple VNC 뷰어를 통해 원격으로 CLC가 깔려 있는 리눅스 기반 컴퓨터에 접속 가능합니다. 리눅스이지만, 윈도처럼 마우스로 컨트롤 가능한 OS를 제공합니다.
5. 서버 접속
Remote ripple VNC를 설치 후, 사용설명서에 주어진 주소와 포트 번호, 개인 비밀번호를 입력하면 접속이 됩니다. 개인 비밀번호는 [Myinco]-[렌탈현황]-[접속정보][Myinco]-[렌털현황]-[접속정보]에 나와있습니다.
성공적으로 접속했다면, 아래와 같은 화면이 보입니다.
자, 이제 분석에 필요한 준비는 모두 마쳤습니다.
저는 CLC Genomics Workbench를 사용하여 기본적인 마이크로바이옴 분석을 수행하였습니다. 직접 사용해 본 결과 속도면에서 매우 효율적이라고 느꼈는데요, 자세한 분석 결과와 솔루션 사용 후기는 2편에 작성되어 있습니다.
인코렌탈 2편: 마이크로바이옴 분석 사용 후기 및 장-단점 보기 📗
해당 포스팅은 업체로부터 제품과 원고료를 지원받아 실제 사용한 후기를 작성하였습니다.
