업데이트: 2024-08-06
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1. Data base다운로드
- https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/
1) ITS RefSeq Fungi 다운로드
2) 압축 풀고 원하는 위치로 이동
- tar -xzvf ITS_RefSeq_Fungi.tar.gz
2. BLAST 함수 만들기
- "vi blast_ITS.sh" 입력
#!/bin/bash
mkdir ./blast_ITS_results/ # 결과 파일을 저장하는 디렉토리
output_dir="./blast_ITS_results/" # 결과 파일을 저장하는 디렉토리
export PATH=$PATH:/home/~/ncbi-blast-2.13.0+/bin # 서버의 BLAST위치
export BLASTDB="/data/Reference/ITS/BLASTDB/RedSeq_Fungi_20240802/" # 서버의 DB위치
for file in *.fas; do # sh 파일과 같은 위치에 있는 fas파일을 input으로 사용
# Top 5보기
output_file="${output_dir}${file%.*}.csv"
output_file_sum="${output_dir}${file%.*}_sum.csv"
blastn -db /data/Reference/ITS/BLASTDB/RedSeq_Fungi_20221028/ITS_RefSeq_Fungi \
-query "${file}" \
-task blastn \
-dust no \
-outfmt "7 delim=, qacc sacc evalue bitscore qcovus pident sscinames" \
-max_target_seqs 5 > "$output_file"
grep -v '#' "$output_file" > "$output_file_sum"
# Top 1 보기
output_file_t1="${output_dir}${file%.*}_t1.csv"
output_file_t1_sum="${output_dir}${file%.*}_t1_sum.csv"
blastn -db /data/Reference/ITS/BLASTDB/RedSeq_Fungi_20221028/ITS_RefSeq_Fungi \
-query "${file}" \
-task blastn \
-dust no \
-outfmt "7 delim=, qacc sacc evalue bitscore qcovus pident sscinames" \
-max_target_seqs 1 > "$output_file_t1"
grep -v '#' "$output_file_t1" > "$output_file_t1_sum"
done
- 위 함수 입력하고 ":wq"로 저장
- "chmod u+x blast_ITS.sh" 로 활성화
3. BLAST 수행
- "bash blast_ITS.sh " 입력
4. 결과물 확인하기
- 샘플 이름과, 그에따른 각각 결과물이 생성된 것을 볼 수 있다.
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