[BLAST] Linux에서 FAS/FASTA서열을 모두 blast하고 결과를 요약하는 스크립트 만들기

 

 

 

 

| 준비물

- 설치된 BLASTn (참고 : blast 설치)

- fas/fasta파일

fas 파일 형식 예시

fas/fasta파일은 서열과 서열의 아이디로 구성되어 있으며, 아이디는 > 다음에 오는 글자를 말한다. 

 

 

| 자동화 함수 만들기

1. 빈 문서 만들기

vi blast_script.sh

 

2. 생성된 문서에 아래 내용 붙여 넣기

- 만약 fasta서열이면, for file in *.fasta; do 로 바꾸기 

#!/bin/bash

mkdir ./results/
output_dir="./results/"

for file in *.fas; do

  output_file="${output_dir}${file%.*}.csv"
  output_file_sum="${output_dir}${file%.*}_sum.csv"

  blastn -db ~/Reference/blastdb/16S_ribosomal_RNA \
         -query "${file}" \
         -task blastn \
         -dust no \
         -outfmt "7 delim=, qacc sacc evalue bitscore qcovus pident sscinames" \
         -max_target_seqs 5 >  "$output_file"
  grep -v '#'  "$output_file" > "$output_file_sum"

done

blast결과를 Top 5만 저장하겠다는 스크립트 이다. 

 

 

3. 스크립트 파일에 실행 권한 부여하기 

chmod +x blast_script.sh

 

4. 스크립트 실행하기 

./blast_script.sh

 

 

| 결과 확인하기

cd results/
ll

생성된 두 개의 파일을 볼 수 있다. 

 

*.csv파일은 blast의 전체 결과를 표시한 것이고, 

*_sum.csv파일은 *.csv파일에서 주석 처리된 부분을 제외하고 저장된 문서이다. 

 

 

 

| +) Top 5와 Top1결과 저장하는 스크립트

#!/bin/bash

mkdir ./results/
output_dir="./results/"

for file in *.fas; do

  output_file="${output_dir}${file%.*}.csv"
  output_file_sum="${output_dir}${file%.*}_sum.csv"

  blastn -db ~/Reference/blastdb/16S_ribosomal_RNA \
         -query "${file}" \
         -task blastn \
         -dust no \
         -outfmt "7 delim=, qacc sacc evalue bitscore qcovus pident sscinames" \
         -max_target_seqs 5 >  "$output_file"
  grep -v '#'  "$output_file" > "$output_file_sum"

  output_file_t1="${output_dir}${file%.*}_t1.csv"
  output_file_t1_sum="${output_dir}${file%.*}_t1_sum.csv"

  blastn -db ~/Reference/blastdb/16S_ribosomal_RNA \
         -query "${file}" \
         -task blastn \
         -dust no \
         -outfmt "7 delim=, qacc sacc evalue bitscore qcovus pident sscinames" \
         -max_target_seqs 1 >  "$output_file_t1"
  grep -v '#'  "$output_file_t1" > "$output_file_t1_sum"

done