[Rosalind] Complementing a Strand of DNA (Python/R)

2023.06.07 R풀이 추가 

 

| Problem

약 1000여 개의 염기를 가진 DNA를 역상보 서열로 출력하여라

 

 

| 데이터와 결과

• Sample datasets

AAAACCCGGT

• Sample output

ACCGGGTTTT

 

 

| Python

 

내풀이

complement = {'A':'T', 'T':'A', 'G':'C', 'C':'G'}

r_com = []
with open('rosalind_revc.txt', 'r') as f :
    sequence = f.readline().rstrip("\n") #dataset 파일의 마지막에 '\n' 이 있어서 실행오류가 남, 그것을 제거
    
for i in sequence[::-1] :
    r_com.append(complement[i])
print(''.join(r_com)) # list to string

 

 

추천수 높은 풀이 

st = "AAAACCCGGT"
st = st.replace('A', 't').replace('T', 'a').replace('C', 'g').replace('G', 'c').upper()[::-1]
print st

와우....... 진짜 현명하다

일부러 소문자로 바꿔서 혼동을 없애고 마지막에 대문자로 변환

 

| R

패키지 사용 버전

library(Biostrings)

seq <- "AAAACCCGGT"
rev <- DNAString(seq)
out <- reverseComplement(rev)

 

 

치트기 없이 python풀이와 비슷하게 한 버전 

- Rbase에서는 dictionary가 없어서 추가적인 패키지를 사용해야 한다ㅠ 아니면 if문을 통해서 하나하나 바꿔야 한다.  

library(dplyr)
library(stringr)

# 원본 서열
sequence <- "AAAACCCGGT"

sequence %>%  
  str_replace_all( "A", "t") %>% 
  str_replace_all( "C", "g") %>% 
  str_replace_all( "G", "c") %>% 
  str_replace_all( "T", "a") %>% 
  toupper %>% 
  strsplit("") %>% 
  unlist %>%  
  rev %>% 
  paste(collapse = "")

 

ChatGPT가 준 코드 : "R기본 함수만 사용해 줘"

complement <- function(base) {
  if (base == "A") {
    return("T")
  } else if (base == "T") {
    return("A")
  } else if (base == "C") {
    return("G")
  } else if (base == "G") {
    return("C")
  } else {
    return(base)
  }
}

# 역상보 서열 생성
reverse_complement <- function(sequence) {
  
  reverse_seq <- rev(strsplit(sequence, "")[[1]])
  complement_seq <- sapply(reverse_seq, complement)
  return(paste(complement_seq, collapse = ""))
}

# 역상보 서열 출력
reverse_complement(sequence)