[Rosalind] Transcribing DNA into RNA (Python/R)

2022. 4. 21. 13:44· Bioinformatics/Rosalind
목차
  1. | Problem
  2. | 데이터와 결과 
  3. | Python
  4. | R

2023.06.07 : R풀이 추가 

| Problem

약 1000여개의 염기를 가진 DNA서열에서 T를 U로 바꾼 후 출력 하여라

 

| 데이터와 결과 

  • Sample datasets
GATGGAACTTGACTACGTAAATT
  • Sample output
GAUGGAACUUGACUACGUAAAUU

 

 

 

| Python

내 풀이

with open('rosalind_rna.txt','r') as f :
    DNA = f.readline()
    print(DNA.replace('T','U'))

 

추천수 높은것도 이러한 간단한 풀이여서 다른 풀이를 들고 옴

 

 

기발한 풀이 by Johnny673

with open('rosalind_rna.txt') as file:
    print "U".join(file.read().split("T"))

 

 

| R

library(stringr)

seq <- "GATGGAACTTGACTACGTAAATT"
seq_com <- str_replace_all(seq, "T", "U")

 

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