[Rosalind] Computing GC Content

Problem

DNA서열 "AGCTATAG"의 GC비율을 37.5%= 3/8*100

가장 높은 GC-콘텐츠를 가진 문자열의 ID와 그 문자열의 GC-콘텐츠를 반환합니다

 

Sample Dataset

>Rosalind_6404
nCCTGCGGAAGATCGGCACTAGAATAGCCAGAACCGTTTCTCTGAGGCTTCCGGCCTTCCCTCCCACTAATAATTCTGAGG
>Rosalind_5959
CCATCGGTAGCGCATCCTTAGTCCAATTAAGTCCCTATCCAGGCGCTCCGCCGAAGGTCTATATCCATTTGTCAGCAGACACG
>Rosalind_0808
CCACCCTCGTGGTATGGCTAGGCATTCAGGAACCGGAGAACGCTTCAGACCAGCCCGGACTGGGAACCTGCGGGCAGTAGGTGGAAT

Sample Output

Rosalind_0808
60.919540

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내가 쓴 답

#파일 줄바꿈 없이 한번에 받기
with open('rosalind_gc.txt', 'r') as f :
    line = f.read().replace('\n', '').split('>')
 
line = line[1:len(line)] # line[0]이 ''로 나오길래 없애줌


#이름만 받기 
name=[]
seq=[]

for i in range(len(line)) :
    name.append(line[i][0:13])
    seq.append(line[i][13:])
    

#GC count세기
content=[]

for j in range(10):
    count = 0
    for i in range(len(seq[j])) : 
        if 'G' == seq[j][i] or 'C'==seq[j][i] :
            count+=1
    content.append(count/len(seq[j])*100)

# 답 출력하기
max_cg = max(content)
index = content.index(max_cg)
print(f'{name[index]}', f'{content[index]:.6f}', sep='\n')

 

 

추천 많이 받은 답 by Gaik Tamazian

f = open('rosalind_gc.txt', 'r')

max_gc_name, max_gc_content = '', 0

buf = f.readline().rstrip()
while buf:
    seq_name, seq = buf[1:], ''
    buf = f.readline().rstrip()
    while not buf.startswith('>') and buf:
        seq = seq + buf
        buf = f.readline().rstrip()
    seq_gc_content = (seq.count('C') + seq.count('G'))/float(len(seq))
    if seq_gc_content > max_gc_content:
        max_gc_name, max_gc_content = seq_name, seq_gc_content

print('%s\n%.6f%%' % (max_gc_name, max_gc_content * 100))
f.close()

이 코드로 실행하면 뒤에 %가 붙어서 출력되긴 하지만 내가 푼 방식 보다 Rosalind에서 의도한 풀이법임(값을 비교하여 큰값을max에 넣음)