[Rosalind] Counting DNA Nucleotides (Python/R)

2023.06.07 : R풀이 추가 

 

| Problem

한 줄로 주어진 DNA서열에서 'A', 'C', 'G', 'T' 순으로 4개의 염기 숫자 세기

 

 

| 데이터와 결과 

- Sample Dataset

'AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC'

 

- Sample Output

20 12 17 21

 

| Python

내 풀이 

element = ['A','C','G','T']

with open('rosalind_dna.txt','r') as f :
    DNA = f.readline()
    for i in element :
        print(DNA.count(i), end=' ')  # end=' '가 자동 줄바꿈은 없에면서 출력시 띄어쓰기 가능하게 함

 

추천 높은 풀이 by Maurício Verardo da Costa

 def qt(s):
      return s.count("A"), s.count("G"), s.count("C"), s.count("T")

이거 실행은 안되긴 하는데 일단 다른 풀이보다 엄청 빠르다고 함

일단 대단하다

 

by Yuriy Khamzyaev

file = open('./rosalind1.txt', 'r')
string = file.read()
freq = {'A': 0, 'C': 0, 'G': 0, 'U': 0}
for i in string:
    freq[i] = freq[i] + 1

print freq['A'], freq['C'], freq['G'], freq['U']

count를 4번 시행하는 것보단 이렇게 읽어가면서 하나씩 추가하는게 빠를것 같기두 하다

 

- 다른 풀이 by Tintin Emilou

nucleotides = file('rosalind_dna.txt').read()
print [nucleotide.count(c) for c in 'ACGT']

 

| R

library(dplyr)
library(stringr)

seq <- "AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC"

a <- c()
for(i in c("A", "C", "G", "T")) {
  c(a, str_extract_all(seq, i) %>% unlist %>% length)
}

a