[Error] devtools::install_github()시 Git does not seem to be installed on your system 메세지가 뜨면서 설치되지 않는 오류/ NetcoMi 설치 오류 🚨

마이크로 바이옴 네크워크 분석을 위해 Netcomi를 써보려하던 참이었다. 

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.02.24.432662v1.full 이 논문에서 코드를 제시해주고 있기도 해서 다운로드만 하면 손쉽게 분석이 가능할줄 알았다. 

하지만 내가 이걸로 1시간 넘게 머리를 싸맬 줄이야...

일단 시도해볼것은 아래와 같다

 

1. 제작자의 설명에 따라 설치 단계를 밟아가기 

# Required packages
install.packages("devtools")
install.packages("BiocManager")

devtools::install_github("GraceYoon/SPRING")
devtools::install_github("zdk123/SpiecEasi")

# Install NetCoMi
devtools::install_github("stefpeschel/NetCoMi", 
                         dependencies = c("Depends", "Imports", "LinkingTo"),
                         repos = c("https://cloud.r-project.org/",
                                   BiocManager::repositories()))

 

2. 깃허브 토큰 입력하기

devtools::install_github("stefpeschel/NetCoMi", 
                         dependencies = c("Depends", "Imports", "LinkingTo"),
                         repos = c("https://cloud.r-project.org/",
                                   BiocManager::repositories()))
## Using github PAT from envvar GITHUB_PAT
## Downloading GitHub repo stefpeschel/NetCoMi@HEAD
## 'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see '?repositories' for details
## 
## replacement repositories:
##     CRAN: https://cran.rstudio.com/
## 
## Error: Failed to install 'NetCoMi' from GitHub:
##   Git does not seem to be installed on your system.

우선적으로

1. 일단 깃허브에 가입되어야 하고

2. 깃허브 토큰 발행해야 해야 한다

 

https://github.com/r-lib/remotes/issues/210여기에 따르면 

# 1. Run in R, usethis::create_github_token()
# 2. On pop-up website, generate and copy your own taken
# 3. Run in R, credentials::set_github_pat("YourPATinStep2")
# 4. Verify setting in R, usethis::git_sitrep()
# 5. Run in R, remotes::install_github('the repo you want to install')

아래와 같은 단계를 거치라고 한다.

위의 예시는 CRAN에 설치되지 않은 패키지를 remote 라이브러리로 설치시 예시이고

우리는 깃허브이니 아래와 같이 시도해보자

 

 

1. usethis::create_github_token() # 새로운 토큰 생성  ex) NEWTOKEN!!@@##
2. usethis::edit_r_environ() # 새로운 창이 나오면 아래 command입력 
3. GITHUB_PAT=NEWTOKEN!!@@##
4. #ctrl+s(저장)
5. #Rstudio 재시작 
6. library(devtools)
   devtools::install_github("stefpeschel/NetCoMi", 
                            dependencies = c("Depends", "Imports", "LinkingTo"),
                            repos = c("https://cloud.r-project.org/",
                                      BiocManager::repositories()))

 

3. 깃 설치하기 

## Error: Failed to install 'NetCoMi' from GitHub:
##   Git does not seem to be installed on your system.

위와 같은 문구가 떴다면, Git을 설치해 주어야 한다 

 

설치 글을 아래 참조 

📌https://taewow.tistory.com/13

 

본인은 3단계를 모두 시도하고 설치가 완료되었다

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+) 2023.01.05

차후 다른 오류에서도 동일한 방법을 써서 Github를 연결하니 오류가 해결되었다. 깃허브 토큰 관리 잘하자...

remotes::install_github('rstudio/DT')

## Using github PAT from envvar GITHUB_PAT Error: Failed to install 'DT' from GitHub:   
## HTTP error 401.   
## Bad credentials