[R/Error] microbiomeMarker 에서 Error in if (sum(class == cls) < sample_min)

프로젝트 데이터를 LefSe분석을 통해 minor한 taxon에서 각 그룹간의 차이를 보려고 한다. 

library(microbiomeMarker) 


phyloseq.group1 <- run_lefse(
  phyloseq,
  group = "group1",
  wilcoxon_cutoff = 0.05,
  kw_cutoff = 0.05,
  taxa_rank = "Species",
  multigrp_strat = TRUE,
  lda_cutoff = 2
)

이때 아래와 같은 에러 메세지를 발견했다.

Error in if (sum(class == cls) < sample_min) { : 
  missing value where TRUE/FALSE needed

이는 sample data 의 NA 값때문에 발생한 것이다 

 

 

간단하게 NA가 없는 데이터만 추출하여 분석하면 된다.

phyloseq.No_NA = subset_samples(phyloseq, Group == 'Not_AA')