진행생물의 rRNA는 오른쪽 이미지의 구조를 가진다. rRNA를 이루는 Subunits은 5S, 5.8S, 28S, 18S가 있다. Fungus에서는 Subunits들의 정보를 담고 있는 유전자를 사용해서 계통을 분류한다. 이 중 각 subunit을 암호화하는 유전자 사이의 구역(Internal Transcribed Spacer; ITS)이 대표적으로 사용된다. 5.8S와 18S사이 구역을 ITS1 region, 5.8S와 28S사이 구역을 ITS2라고 한다.
이 구간을 추출할 때, primer는 대표적으로 4가지가 사용된다. ITS 1 region을 위해서는 primer ITS1과 ITS2가 사용되며, ITS2 region을 위해서는 ITS3,4 primer가 사용된다.
ITS1은 ITS1 region을 뜻하기도 하고, ITS1 region이 시작하는 영역에 부착되는 primer를 일컫는 말이다. 물론 fungus전문가라면 절대 헷갈리지 않겠지만 비 전공자의 경우 혼동의 여지가 있다고 생각되어 이 글을 작성하게 되었다.
- Winnebeck EC, Millar CD, Warman GR. Why does insect RNA look degraded? J Insect Sci. 2010;10:159. doi: 10.1673/031.010.14119. PMID: 21067419; PMCID: PMC3016993.
- Bellemain E, Carlsen T, Brochmann C, Coissac E, Taberlet P, Kauserud H. ITS as an environmental DNA barcode for fungi: an in silico approach reveals potential PCR biases. BMC Microbiol. 2010 Jul 9;10:189. doi: 10.1186/1471-2180-10-189. PMID: 20618939; PMCID: PMC2909996.
