[R] ggplot에서 종속명(학명)에 이텔릭체 적용하기(X축에 이텔릭체 적용)

| 결과물 미리보기 

 

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미생물 데이터를 시각화할 때, 각 미생물의 종속명은 이탤릭체로 표시하는 것이 정석이다.
이는 각 데이터를 *~*로 표시한 후에, ggtext패키지를 이용해서 markdown문법을 적용하면 된다. 
 
그러나 표시해야될 값에 Bacteria Unclassified도 있고, 여러 변수가 존재한다. 이때 조건에 맞추어서 일부 글자에만 따로 기울임체를 표시하고 싶을 때 사용할 수 있는 함수로는 wilkoxmisc패키지의 binom() 함수가 있다. 
 

| 설치 

install_github('wilkox/wilkoxmisc')
library(wilkoxmisc)
library(ggtext) # 필수!
library(ggplot2)

 

| 예제 데이터 

Species= c("Deinococcus-Thermus geothermalis",
           "candidatus liberibacter solanacearum",
           "Staphylococcus aureus", 
           "staphylococcus epidermidis",
           "Bacteria unclassified")
set.seed(42)
Abundance = runif(n=5*5, min = 0, max = 1)
df <- data.frame(
  Species,
  Abundance
  )
df

# Species  Abundance
# 1      Deinococcus-Thermus geothermalis 0.91480604
# 2  candidatus liberibacter solanacearum 0.93707541
# 3                 Staphylococcus aureus 0.28613953
# 4            staphylococcus epidermidis 0.83044763
# 5                 Bacteria unclassified 0.64174552
# 6      Deinococcus-Thermus geothermalis 0.51909595
# 7  candidatus liberibacter solanacearum 0.73658831
# 8                 Staphylococcus aureus 0.13466660
# 9            staphylococcus epidermidis 0.65699229
# 10                Bacteria unclassified 0.70506478
# 11     Deinococcus-Thermus geothermalis 0.45774178
# 12 candidatus liberibacter solanacearum 0.71911225
# 13                Staphylococcus aureus 0.93467225
# 14           staphylococcus epidermidis 0.25542882
# 15                Bacteria unclassified 0.46229282
# 16     Deinococcus-Thermus geothermalis 0.94001452
# 17 candidatus liberibacter solanacearum 0.97822643
# 18                Staphylococcus aureus 0.11748736
# 19           staphylococcus epidermidis 0.47499708
# 20                Bacteria unclassified 0.56033275
# 21     Deinococcus-Thermus geothermalis 0.90403139
# 22 candidatus liberibacter solanacearum 0.13871017
# 23                Staphylococcus aureus 0.98889173
# 24           staphylococcus epidermidis 0.94666823
# 25                Bacteria unclassified 0.08243756

각 학명에 따른 여러 abundance값을 볼 수 있다. 
 

| 적용 

1. binom 함수 적용하기

df  %>% 
  mutate_at("Species", binom) %>%
  mutate(Species = fct_reorder(Species, Abundance)) %>% 
  head()
  
# Species Abundance
# 1     *Deinococcus-Thermus geothermalis* 0.9148060
# 2 *candidatus liberibacter solanacearum* 0.9370754
# 3                *Staphylococcus aureus* 0.2861395
# 4           *staphylococcus epidermidis* 0.8304476
# 5                *Bacteria* unclassified 0.6417455
# 6     *Deinococcus-Thermus geothermalis* 0.5190959

각 조건에 따라 이텔릭체로 적용되는 학명은 *~* 안에 표기되었다.
이제 ggtext함수의  element_markdown()을 적용하면 글씨가 기울임체로 표시된다.
 
 
2.ggplot으로 확인하기 

df  %>% 
  mutate_at("Species", binom) %>%
  mutate(Species = fct_reorder(Species, Abundance)) %>%
  ggplot(aes(x = Species, y = Abundance)) +
  geom_boxplot() +
  coord_flip() +
  theme(axis.text.y = element_markdown(), plot.title = element_markdown()) +
  labs(x = "Species",
       y = "Relative abundance (%)")

 

잘 적용된것을 볼 수 있다.