[qiime2r] QIIME2의 qza파일을 R의 phyloseq으로 간편하게 변환하기

 

| qiime2R 설치

if (!requireNamespace("devtools", quietly = TRUE)){install.packages("devtools")}
devtools::install_github("jbisanz/qiime2R") # current version is 0.99.20

 

 

| 예제 데이터 

- 출처 : https://docs.qiime2.org/2020.2/tutorials/moving-pictures/

rooted-tree.qza

0.06MB

table.qza

0.05MB

taxonomy.qza

0.07MB

sample-metadata.tsv

0.00MB

 

 

| qza파일을 R에서 다루기

table.qza파일을 R에서 읽어보자

SVs<-read_qza("table.qza")
names(SVs)
# [1] "uuid"       "type"       "format"     "contents"   "version"   
# [6] "data"       "provenance"

각 파일은 7개의 데이터를 가지고 있으며, 우리가 사용하고자 하는 OTU table은 SVs$data로 접근 가능하다. 

 

SVs$type
# [1] "FeatureTable[Frequency]"

SVs$type 에서는 qiime에서 사용되는 qza파일의 종류가 표시되어 있다.

 

 

| phyloseq 개체로 만들기

간편하게 함수 qza_to_phyloseq()을 이용해서 변환 가능하다.

physeq <-qza_to_phyloseq(
    features="table.qza",
    tree="rooted-tree.qza",
    taxonomy = "taxonomy.qza",
    metadata = "sample-metadata.tsv"
    )
    
physeq
## phyloseq-class experiment-level object
## otu_table()   OTU Table:         [ 759 taxa and 34 samples ]
## sample_data() Sample Data:       [ 34 samples by 10 sample variables ]
## tax_table()   Taxonomy Table:    [ 759 taxa by 7 taxonomic ranks ]
## phy_tree()    Phylogenetic Tree: [ 759 tips and 757 internal nodes ]

 

 

| phyloseq 시각화 방법

참고자료

- 출처 : https://forum.qiime2.org/t/tutorial-integrating-qiime2-and-r-for-data-visualization-and-analysis-using-qiime2r/4121/1

- Phyloseq 패키지 공식 홈페이지 :  https://vaulot.github.io/tutorials/Phyloseq_tutorial.html

 

 

 

 

 

 

---