[R/Error] lefse 분석 패키지인 microbiomeMarker 실행시 'rlang'에러

작성일 : 2022.10.20

 

 

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) {
  install.packages("BiocManager")
}

BiocManager::install("microbiomeMarker")

이걸로 처음에 다운받고 

공식 튜토리얼(https://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/microbiomeMarker/inst/doc/microbiomeMarker-vignette.html) 을 하려고 보니 
 

library(microbiomeMarker) #


data(kostic_crc)
kostic_crc
mm_test <- run_lefse( kostic_crc,
                      wilcoxon_cutoff = 0.01,
                      norm = "CPM", 
                      group = "DIAGNOSIS",
                      kw_cutoff = 0.01,
                      multigrp_strat = TRUE,
                      lda_cutoff = 4
  )

여기서부터 오류가 뜨면서 안된다

 

그래서 1. microbiomeMarker 패키지를 삭제하고 다시 깔아보았더니 아래와 같은 메세지가 뜬다 

'rlang’ 1.0.5 is already loaded but rlang >= 1.0.6 is required

 

sessionInfo() 이걸로 확인해보니 1.0.5버전으로 되어있다

어떤분은 백신 프로그램때문이라는 사람도 있고, install.packeges("rlang")만 하면 된다는 사람도 있다.

나는 install.packeges("rlang") 이걸 해봐도 계속 1.0.5버전으로 깔렸다.

 

그래서 2. rlang을 삭제 후 다시 깔았더니 1.0.6으로 잘 깔렸다. 

install_version("rlang", version = "1.0.6")

이후 튜토리얼을 진행해 보았다. 

 

data(kostic_crc)
kostic_crc
mm_test <- run_lefse( kostic_crc,
                      wilcoxon_cutoff = 0.01,
                      norm = "CPM", 
                      group = "DIAGNOSIS",
                      kw_cutoff = 0.01,
                      multigrp_strat = TRUE,
                      lda_cutoff = 4
  )
  
  plot_ef_bar(mm_test)

결과가 아주 잘 나온다 ^0^

이제 이 튜토리얼을 활용하여 moving-picture data에 한번 도입해본 후, 교수님이 주신 샘플에도 이후에 적용해봐야겠다