프로젝트 데이터를 LefSe분석을 통해 minor한 taxon에서 각 그룹간의 차이를 보려고 한다. library(microbiomeMarker) phyloseq.group1
lefse
작성 : 2022-10-24수정 : 2023-06-04 (microbial 패키지 추가) 🟦 목표1. Microbiome의 marker 미생물을 찾는데 많이 사용되는 LefSe 분석에 대해 알아보고2. R을 이용하여 분석을 후 시각화해 보자 🟦 LefSe 분석이란?LDA (linear discriminant analysis)란이는 차원축소 방법 중 하나로, 간단히 말해 기존의 데이터의 class들을 잘 나눌 수 있는 선을 찾고 새로운 데이터가 나타났을 때 사전에 찾은 선을 기준으로 어떤 class인지 분류해 주는 알고리즘이다(출처 : https://m.blog.naver.com/PostView.naver?isHttpsRedirect=true&blogId=ysd2876&logNo=221212453..
- Moving Picture data를 이용해 microbiomeMarker 로 분석을 해보려는데, clagoram이 그려지지 않았다. - cladogram이란 lefse분석 이후 각 그룹을 대표하는 biomarker 생물들을 각 정렬하고 어떤 type에서 많이 상대적으로 나타나는지 보여주는 그림이다. - 아래와 같이 나타남 일단 패키지 설치 하고 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) { install.packages("BiocManager") } BiocManager::install("microbiomeMarker") library(microbiomeMarker) # Moving Picture 데이터로 만든 phyloseq [ps]를 1. 1..
작성일 : 2022.10.20 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) { install.packages("BiocManager") } BiocManager::install("microbiomeMarker") 이걸로 처음에 다운받고 공식 튜토리얼(https://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/microbiomeMarker/inst/doc/microbiomeMarker-vignette.html) 을 하려고 보니 library(microbiomeMarker) # data(kostic_crc) kostic_crc mm_test
