鈍筆勝聰Indoor and allergic rhinitis microbiomeTang, H., Du, S., Niu, Z. et al. Nasal, dermal, oral and indoor dust microbe and their interrelationship in children with allergic rhinitis. BMC Microbiol 24, 505 (2024). https://doi.org/10.1186/s12866-024-03668-9 Nasal, dermal, oral and indoor dust microbe and their interrelationship in children with allergic rhinitis - BMC MicrobiologyBackground Aller..
Bioinformatics/Article
ReferenceLemon KP. Human nasal microbiota. Curr Biol. 2020 Oct 5;30(19):R1118-R1119. doi: 10.1016/j.cub.2020.08.010. PMID: 33022252. 사람의 비강에는 어떤 미생물이 서식하고 있고, 왜 이것이 중요한가? 인간의 비강(nasal passage)은 콧구멍(nostil)에서 목구멍의 윗부분을 말하며, 독특한 미생물 군이 자리 잡고 있다. 인간의 비강 미생물 군은 공중보건과 개인 건강에 매우 중요하다. 공생균(commensal)과 상리공생균(mutualist) 외에도 병원균을 포함하는 경우가 많다. 비강에 존재하는 병원균은 중이염부터 심각한 혈류 및 심장판박질환을 유발할 수 있다. 또한 병원체는 코에 군..
논문 Leung, M.H.Y., Tong, X., Bastien, P. et al. Changes of the human skin microbiota upon chronic exposure to polycyclic aromatic hydrocarbon pollutants. Microbiome 8, 100 (2020). https://doi.org/10.1186/s40168-020-00874-1 Changes of the human skin microbiota upon chronic exposure to polycyclic aromatic hydrocarbon pollutants - Microbiome Background Polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) are of ..
네트워크 분석에서 끝낸다음 결과를 섣부르게 단정 짓지 말자. 모든 분석법이던 장단점과 고찰해야 할 점이 분명하게 존재한다. Karoline Faust 교수님은 미생물 데이터에서 네트워크 분석에 대한 주의점을 몇 가지 나열하고 있다. 실제 데이터를 다룰 때 이점을 명심하면서 다루는 것이 좋을 것 같다. - Faust, K. Open challenges for microbial network construction and analysis. ISME J 15, 3111–3118 (2021). https://doi.org/10.1038/s41396-021-01027-4 - Citations: 84 마이크로바이옴 네트워크 분석의 연결은 모두 상대적인 abundance에 따른 관계를 말한다. 그러나 각 미생물의 풍..
한국 연구자의 Periodontitis에 관한 바이오마커 발견 및 예측 모델 개발에 대한 논문을 찾아보았다. 치주염(Periodontitis)이란? 치주염은 치아 주위의 잇몸조직이 감염에 의한 염증으로 내려앉는 상태를 말한다. 치아를 지지하는 잇몸이 약해짐에 따라 치아가 손상될 수 있다. 세계적으로 심한 치주염(severe periodontitis)의 유병률은 만성질환 중에서 가장 높은 편이며, 한국인 성인(40-59세)의 심한 치주염 유병률은 9.0%이었으며, 초기 치주염의 유병률은 더 높을 것으로 예상된다. 출처: 정세환, 한국 성인의 치아우식 및 심한 치주염의 위험요인 분석: 제7기(2016-2018년) 국민건강영양조사 자료 이용, Journal of Korean Academy of Oral Hea..
출처: McMurdie, P. J., & Holmes, S. (2014). Waste not, want not: why rarefying microbiome data is inadmissible. PLoS computational biology, 10(4), e1003531. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003531 https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.02407 용어 정의 - rarefying : ad hoc library size normalization by random subsampling without replacement - rarefaction는 두 개의 정의가 존재 1. normalization approach 🚩 위 논문에서..
- 저자: Morgan M. Brown, Alexander R. Horswill - 저널: plos pathogens (IF = 6.8, 2020) The human skin microbiota: Composition and function in barrier homeostasis - 표피(Epidermis)는 각질세포(keratinocytes)의 4개의 구성되어 있으며, 모낭(hair follicles)과 피지선(sebaceous glands )이 박혀있다. 피부는 30 m^2의 표면적을 가지며, 이는 장의 표면적보다 더 크다. - CoNS 은 38 종으로 구성된다. S. epidermidis strain-level diversity underlies skin–microbe interactions - ..
- 제1 저자: Holger Brüggemann - 저널 : Front. Microbiol.(IF = 4.2) 결과 - Prosthetic Joint Infections와 Blood Cultures 배양된 균에서 S. saccharolyticus 가 발견되었다. Misclassification of Previously Sequenced Strains Assigned to S. saccharolyticus - 발견된 7종은 서로 98% 이상의 ANI를 가졌으며(strain spedific ANI는 97.9~ 100% ), 가까운 S. capitis, S. epidermidis와는 약 79.5%의 ANI를 보임. 이전에 S. saccharolyticus 로 명명된 3개의 서열은 S. capitis에 더 가까웠..
- 제목: Staphylococcus saccharolyticus: An Overlooked Human Skin Colonizer - 제1 저자: Charlotte M Ahle - 저널: Microorganisms (IF = 0.858) Abstract - CoNS는 인간 피부 미생물총의 중요한 구성성분으로, Staphylococcus epidermidis와 같은 조건혐기성은 거의 모든 인간의 피부에서 발견된다. 건강한 인간의 피부에서는 S. epidermidis와 S. capitis가 등이 피부의 주요 commensal로 발견되었지만, 위 연구에서 세 번째로 많은 구성원은 Staphylococcus saccharolyticus이다. 이는 피부 메타게놈 데이터세트를 분석한 결과 등, 이마, 팔 접힘부를 ..
바이오인 뉴스에 "마이크로바이옴으로 비흡연 폐암 진단 가능성을 보이다"라는 제목으로 보도된 자료를 보았다. 구강과 저널은 Clinical and Translational Medicine로 2022년도 기준 IF는 10.6점이다. 논문에 대한 소개는 바이오 인 홈페이지에 자세한 사항이 올라와 있다. 위 논문에서는 장 마이크로바이옴 보다 구강 마이크로바이옴이 폐암환자와 정상대조군 간의 차이를 보였으며, 치료 유무에 대한 차이도 보였다. 구강마이크로바이옴을 통해 SL분석 후 AUC은 0.95 정확도로 분류해 냈으며, 추가적인 데이터 세트로 모델을 평가한 결과 AUC는 Contol vs Treatment +그룹 간의 분류가 Control vs Cancer보다 정확도가 높았다. 장 마이크로바이옴에서 생존 결과가 ..
논문을 고른 이유 - 수업 논문 발표용 - 마이크로바이옴 데이터를 이용한 질병 상태 예측이라는 효용성 있는 연구 배경 Colorectal cancer (CRC) 이란? - CRC는 전 세계에서 두 번째로 흔한 암으로 발병률을 서양에서 꾸준히 증가 - 조기발견의 증가되었지만, 1-3기 CRC환자에서 24%는 종양 제거 후 5년 이내 재발, 절반 이상의 사례가 2년 이내 발생 - 수술 후 위험을 계층화(분류)하는 것이 장기적인 관리에 중요하다. 보통 혈액과 대변에서 측정된 몇몇 지표가 중요한 요소임 장에 영향을 미치는 미생물 - Fusobacterium nucleatum: anaerobic oral commensal, promotes colorectal carcinoma and cancer progressi..
Stereotypes About Enterotype: the Old and New Ideas - 저자: Mingyue Chenga and Kang Ning - 저널: Genomics Proteomics Bioinformatics (IF = 6.5, 2019) enterotype에 영향을 주는 요인 - 식단: Bacteroides enterotype 은 고기 위주인 서양식 식단에서 많이 보이고, Prevotella enterotype 은 탄수화물, 단당류가 많은 수렵채집인 식단에서 많이 보임 - 항생제: cefprozil 사용 시 Bacteroides enterotype 의 변화 초래 - 나이: 유아와 노인의 장내 미생물군은 안정적이지 않음, 노인은 Bacteroides ssp의 비율이 풍부 기존 ente..
