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Question pcr primer와 adapter에 차이가 있나요? 둘 다 서열 증폭과정에 이용되는 인공적인 서열 아닌가요? Answer Both PCR primers and sequence adaptors are artificial DNA oligonucleotides, generally of known sequence. >> 둘 다 인공적으로 만들어진 DNA oligonucleotides 인것은 맞다 The first are used to prime DNA replication reactions. Those used to amplify specific DNA sequences in vitro are called PCR primers. >> PCR primers는 시험관 내에서 특정 DNA서열을 증폭..
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qiime diversity beta-group-significance \ --i-distance-matrix [A].qza \ --m-metadata-file sample-metadata.tsv \ --m-metadata-column [B] \ --o-visualization [C].qzv \ --p-[D] [A] ~ command의 결과로 나온 bray_curtis_distance_matrix.qza jaccard_distance.qza weighted-unifrac_distance_matrix.qza unweighted-unifrac_distance_matrix.qza 파일을 인풋으로 받는다 [B] metadata file안에 비교하고 싶은 column을 적어주면 된다 [C] --p-method-p..
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[Microbiome분석 단계] 1) Preprocessing 2) OTU clustering 3) Taxonomy classification 4) Diversity - Alpha diversity - Beta diversity 6) Differential abundance analysis 7) Functional analysis 8) Network analysis(Correlation) +) Machine learning 미생물분석 논문에는 보통 1) taxa bar 2) diversity plot_PCoA, bax-plot 등 3) network 분석 이 많이 보이는데 네트워크 분석은 count table을 기반으로 각각 종의 상관관계를 선으로 연결하여 표시한 것으로 환경데이터에서 많이 사용된다 Ne..
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2024-04-18 업데이트 이전 편 [QIIME2 튜토리얼] “Moving Pictures” (1)2024.04.18.업데이트 마이크로바이옴을 공부하면 아마 가장 먼저 배우게 되는 것이 이 QIIME2의 사용법입니다. Moving pictures tutorial을 참고하여 각 단계별로 세세하게 알아봅시다.🙉 분석 데이터 관찰bio-kcs.tistory.com - .qzv 포맷 파일은 www.view.qiime2.org에 드래그 앤 드랍하면 볼 수 있다.- 통계학 적인 개념보단 qiime2 tool에 대한 설명 위주의 글이다. 06. Generate a tree for phylogenetic diversity analyses계통수를 만들기 위해서는 먼저 서열을 정렬해 주어야 합니다. 이때 QI..
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수정: 2024-04-28-일 UNITE 홈페이지 : https://unite.ut.ee/repository.php참고 : https://forum.qiime2.org/t/fungal-its-analysis-tutorial/7351#fungal-its-analysis-mock-communities-and-more-fun-1 | qiime2 환경에서 classifier 만들기 1) classifier를 만들기 위한 준비 파일 다운로드- 공식 홈페이지에 QIIME2 전용 파일이 준비되어 있다. qiime2 형식으로 만들기 위해서는 fasta 형식과, taxa데이터가 각각 파일로 저장되어 있어야 한다. 이 글의 수정된 날짜를 기준으로 가장 최신 버전은 10.0이다. 각 database를 다운로드하면..
연구실 홈페이지를 만들기 위해 여러 연구실 홈페이지를 보는 도중에 미생물, 단백질 연구를 하는 랩을 찾게되었다 (https://fraserlab.com/ ) 이렇게 상세하게 연구실 생활부터, 복지, 정신건강, 미팅(https://fraserlab.com/compact/)에 관해 적어놓은 연구실 홈페이지는 처음보는 터라 구경을 좀 하다가 작성한 논문(https://www.nature.com/articles/s41591-021-01552-x)을 보았다 제목은 "Reporting guidelines for human microbiome research: the STORMS checklist" 로 The STORMS checklist provides guidance for concise and complete ..
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- 수정 2023-03-22 : 오개념 수정 🟦 Alpha diversity란? - Alpha diversity는 한 sample내의 종 다양성을 말한다. Alpha diversity를 이해하기 위해 아래 데이터를 사용해보자. 이 데이터는 한 바다에 5종의 생물이 발견되었음을 가정한다. Species Number (n) n(n-1) p pInp p^2 Sea holly 2 2 0.1333333 -0.26862 0.017769 Sand couch 8 56 0.5333333 -0.33527 0.284409 Sea bindweed 1 0 0.0666666 -0.18042 0.004436 Sporobolus pungens 1 0 0.0666666 -0.18042 0.004436 Echinophora spinos..
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수정: 24.10.15- 예제데이터와 분석 코드 포함 1. Beta diversity란?마이크로바이옴 연구에서 beta diversity란 미생물 군집의 다양성을 분석하기 위한 단계이며, 이는 각 샘플 혹은 샘플이 포함된 집단(질환군 vs. 정상대조군) 사이의 차이를 측정하여 얻어진다. 가장 많이 사용되는 방법은 각 비교 집단 간 유사성 혹은 비유사성을 사용하며, 미생물의 풍부도, 미생물의 계통 간 거리가 사용되기도 한다. 2. Beta diversity 분석 방법가장 대표적인 접근 방법은 총 4가지로 나눌 수 있다. - Bray-Curtis dissmilarity: 샘플 간 미생물 분포의 차이에 따라 측정 - Jaccard index: 집단 간 미생물의 존재/부존재에 따라 측정- weighted..
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qiime에서 통계적인 유의성을 보기 위해 아래와 같은 diversity beta-group-significance 를 실행하였다. qiime diversity beta-group-significance \ --i-distance-matrix ~\ --m-metadata-file ~ \ --m-metadata-column ~ \ --p-method anosim \ --output-dir ~ 위 함수의 결과 파일은 아래와 같다. 이 결과파일을 어떻게 해석하는것인지 알아보자. | ANOSIM 📌 ANOSIM 이란? (위키백과) Analysis of similarities (ANOSIM) is a non-parametric(비모수성) statistical test widely used in the field ..
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qiime tools import --show-importable-types ortable-types Bowtie2Index DeblurStats DistanceMatrix EMPPairedEndSequences EMPSingleEndSequences ErrorCorrectionDetails FeatureData[AlignedProteinSequence] FeatureData[AlignedRNASequence] FeatureData[AlignedSequence] FeatureData[BLAST6] FeatureData[Differential] FeatureData[Importance] FeatureData[PairedEndRNASequence] FeatureData[PairedEndSequence] Fe..
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2024.04.18.업데이트 마이크로바이옴을 공부하면 아마 가장 먼저 배우게 되는 것이 이 QIIME2의 사용법입니다. Moving pictures tutorial을 참고하여 각 단계별로 세세하게 알아봅시다.🙉 분석 데이터 관찰하기- QIIME tutorial 홈페이지: https://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/moving-pictures/- 관련 영상: https://www.youtube.com/watch?v=RcdTZE8VbJg&list=PLOCEVoX6zu2Ii8RD7i9Oi7Pbot_5WF08n QIIME2의 moving-picture tutorial에서 사용된 데이터는 사람의 마이크로바이옴 데이터입니다. 이 데이터는 항생제 사용에 관하여 두 명의 대..
