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수정 : 2023.05.08 내용 추가: 2024.01.10 ▶ 이전 글 : Cutadapt설치하기 [Cutadapt] 01.Linux에 Cutadapt 4.2 ver 설치하기 🟦 공식 가이드 https://cutadapt.readthedocs.io/en/stable/installation.html Installation — Cutadapt 4.2 documentation Because Cutadapt development happens on Linux, this is the best supported platform, but it should also run on macOS and Windows. I bio-kcs.tistory.com 16s rRNA 데이터를 분석하기 위해서 시퀀싱 과정에서 서열에 부..
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⬛ 시계열 데이터 란? 시계열(時系列, time series)은 일정 시간 간격으로 배치된 데이터들의 수열을 말한다. 시계열 해석(time series analysis)라고 하는 것은 이런 시계열을 해석하고 이해하는 데 쓰이는 여러 가지 방법을 연구하는 분야이다. 예컨대, 이런 시계열이 어떤 법칙에서 생성되어서 나오느냐는 기본적인 질문을 이해하는 것이 궁극적인 목표라고 할 수 있다. 시계열 예측(time series prediction)이라고 하는 것은 주어진 시계열을 보고 수학적인 모델을 만들어서 미래에 일어날 것들을 예측하는 것을 뜻하는 말이다. 일반적으로 이런 방법들은 공학이나 과학계산, 혹은 금융시장에서의 주가 예측 등에서 많이 쓰인다. ⬛ 일반적인 시계열 분석 예제 - 출처 : 날씨마루 ⬛ 마이..
⬛ Heidi H.kong - NIH(National Institutes of Health) - Google Sholar ⬛ Elizabeth A. Grice - Google Sholar ⬛ Julia A Segre - NIH(National Institutes of Health) - Google Sholar ⬛ 세 분이 작성한 논문 들 - The skin microbiome - Topographical and temporal diversity of the human skin microbiomeThe skin microbiome - Temporal shifts in the skin microbiome associated with disease flares and treatment in children w..
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phyloseq 개체로 그린 plot_richness()에서 가장 큰 이유는 outlier 이 삭제되지 않는다는 것이다. https://stackoverflow.com/questions/73544659/geom-points-are-not-placed-on-the-boxplot geom points are not placed on the boxplot? I don't know how to align the dots to each belong to it is box plot. Why they are appearing like that? I found this post, but it is answering the dodging part which is not part of my code here is my s..
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dada2 분석 중 이러한 에러 메시지를 보았다. # fastq.gz이 있는 경로를 import한다 path
🟦 공식 가이드 https://cutadapt.readthedocs.io/en/stable/installation.html Installation — Cutadapt 4.2 documentation Because Cutadapt development happens on Linux, this is the best supported platform, but it should also run on macOS and Windows. Installation on Debian/Ubuntu Cutadapt is also included in Debian-based Linux distributions, such as Ubuntu. Simply use your fa cutadapt.readthedocs.io 설치방법은 ..
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R studio가 Posit으로 사명을 변경했습니다. 이는 R 만 다루는 IDE에서 벗어나 python, 자바 등을 다루는 포괄적인 툴이 되겠다는 선포입니다. 일단 R을 주 언어로 사용하시는 분들은 대부분 R studio를 사용합니다. Python이 주 언어인 경우에 보조적으로 R을 쓰는 사람들은 jupyter를 사용하기도 합니다. 각각의 장단점이 있지만 jupyter notebook은 마크다운 지원이 가장 큰 장점이며, R studio는 여러 패키지로 인한 확장성이 장점이라고 생각됩니다. 그중에 가장 코딩을 편리하게 해주는 것은 R progect입니다. 🟦 R project사용하기 R studio에서는 각 분석 환경을 Session이라고 부릅니다. 이러한 Session에 포함된 변수, 코드 들을 집합으..
- 참고 : https://github.com/r-lib/textshaping/issues/21 install.packages("devtools") # --------------------------- [ANTICONF] -------------------------------- # Configuration failed to find the harfbuzz freetype2 fribidi library. Try installing: # * deb: libharfbuzz-dev libfribidi-dev (Debian, Ubuntu, etc) # * rpm: harfbuzz-devel fribidi-devel (Fedora, EPEL) # * csw: libharfbuzz_dev libfribidi_dev..
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이전글에서 소개했던 formattable 패키지의 사용법을 공유하고자 한다. 사용하는 목적은 R markdown으로 문서화하였을 때 Table자체에 시각적인 효과를 주고 싶기 때문이다. 🟦 formattable 란? - data table을 보기 좋게 꾸며주는 패키지로 아래와 같은 시각화가 가능하다 🟦 기본 사용법 예제 데이터 Example % formattable( list( ID = color_tile("transparent", "#FFCCCC"), Value = color_bar("lightblue"), Value2 = color_text("black", "red")) ) %>% as.datatable() - color_tile()은 각 numeric값에 따라 cell의 농도를 달리 해주고 - co..
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📚 R markdown R markdown은 코드를 문서화하는데 아주 유용한 패키지이다. Python의 경우 Jupyter notebook 같은 IDE를 이용해 markdown을 간편하게 사용이 가능하다. 물론 Jupyter notebook나 google colab으로 R을 사용할 수 있으나 R유저의 경우 익숙해져 버린 R studio(현 Posit)을 많이 사용할 것이다. R markdown의 가장 큰 장점은 역시 다양한 패키지들이다. 이들을 사용하여 table을 꾸미는 방법을 소개하겠다. 패키지는 모두 r markdown환경에서 구동하며 코드는 각 패키지의 tutorial이나 cookbook을 참고하였다. 1. R markdown Basic knitr::kable() 일단 R markdown은 만들어..
1. 랩미팅에 관하여 - 출처 : https://neuromechanicslab.emory.edu/documents/advice-docs/Labmeetings.pdf ◼ 성공적인 랩미팅을 하려면? 목적을 설정해라 올바른 가치를 심어주자 단체안에서 이러한 가치를 심어주기 위한 전략을 세워라 미팅의 형식을 만들어라 개개인에게 개입해라(적극적으로 물어보라는 뜻) ◼ 랩미팅의 목적은? 아이디어를 공유하기 위해 커뮤니케이션 스킬을 기르기 위해 모든 맴버간의 통합과 참여를 촉진하기 위해 문제해결능력과 의사결정을 연습하기 위해 비판적인 사고를 촉진하기 위해 Lab 구성원의 다양한 기술과 경험을 활용하여 모든 프로젝트의 성공을 극대화하기 위해 팀과 개인의 성취를 축하하기 위해 정보를 전파하기 위해 발표능력을 기르기 위..
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⬛ 형식화된 문서의 필요성현재 매주 두 가지의 미팅에 참석하고 있다.하나는 수요일 오전 8시 반에 하는 개인 및 프로젝트 미팅. 이건 사실 연구실 미팅인데 학생이 나뿐이라 교수님 개인 연구실에 찾아가서 미팅을 진행하고 있다. 정리는 개인 노션에다가 하는 편이다. 이때는 매주 내가 공부한 것들, 프로젝트의 진행을 발표하고 피드백을 받는다. 다른 하나는 목요일 오전 8시에 하는 단체 미팅이다. 이는 피부과 교수님들과, 전공의선생님, 연구간호사 선생님과 같이 저널클럽도 하고 전체적인 프로젝트 진행상황을 나누는 자리이다. 이는 외래의 회의실에서 진행한다. 단체미팅의 내용은 각자가 각자의 내용을 정리하고 교수님이 총괄적인 내용을 개인메모로 정리하고 계셨다. 그러나 전반적인 상황을 한눈에 보고 싶어서 회의록 아니..
