Q. metagenome에서 dark matter가 무엇인가? A. Dark matter in metagenomics refers to genetic material that cannot be classified into any known taxonomic groups. Metagenomics is the study of genetic material obtained directly from environmental samples, such as soil, water, and human microbiomes. In metagenomic sequencing, researchers can generate large amounts of DNA sequences from a sample, but not all ..
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dodge옵션에서 통계적 계산을 하려면 생각보다 손이 많이 간다. 물론 rstatix가 많은 도움을 주긴 하지만, 이를 위해 데이터 준비 하는 과정도 만만치는 않다. 이와 비슷한 방법을 여러가지 알아보자. library(rstatix) library(ggplot2) library(ggpurb) 데이터 준비 df % adjust_pvalue(method = "bonferroni") %>% add_significance("p.adj") # x축, y축 값 추가하기 stat.test % add_xy_position(fun = "mean_sd", x = "dose", dodge = 0.8) # bar plot 그리기 bp % t_test(len ~ supp) %>% adjust_pvalue(method = "b..
- 수정 2023.06.05 시각화 방법, 시각화 예시자료 추가 - 수정 2024.01.16 NSTI 부가 설명- 수정 2024.01.19 contribution 추가[🚩소식] 2025년도 1월 10일에 PICRUST2에 GTDB 가 추가되었다는 소식이 올라왔습니다. 아무래도 기존 2만여 개의 reference 서열 대비 크기가 훨씬 큰 데이터이기 때문에, 기능 예측의 정확도가 향상될 것으로 기대됩니다. - https://github.com/picrust/picrust2/wiki/PICRUSt2-GTDB-database 🟦 PICRUSt2란? 단백체 분석이나 RNA seq, Microbiome에서 분석하는 기본 데이터는 table이다. 각 샘플이 행으로 배치되어 있고, 각 열의 이름은 단백질 ..
Mamba가 뭔가?- 공식 홈페이지 : https://github.com/mamba-org/mamba- mamba = The Fast Cross-Platform Package Manager- conda package설치 시 빠르고 간편하게 설치 가능하게 만든 도구로 아래와 같은 장점이 있다parallel downloading of repository data and package files using multi-threadinglibsolv for much faster dependency solving, a state of the art library used in the RPM package manager of Red Hat, Fedora and OpenSUSEcore parts of mamba are..
아래 스크립트를 입력하고 서버 재접속 하면, base상태가 아닌 기본 상태로 접속한다 conda config --set auto_activate_base false https://stackoverflow.com/questions/54429210/how-do-i-prevent-conda-from-activating-the-base-environment-by-default How do I prevent Conda from activating the base environment by default? I recently installed anaconda2 on my Mac. By default Conda is configured to activate the base environment when I open ..
⬛ 설치 - 공식 문서 : https://docs.anaconda.com/anaconda/install/index.html 설치 전 필수 설치 - RedHat 계열 (CentOS) yum install libXcomposite libXcursor libXi libXtst libXrandr alsa-lib mesa-libEGL libXdamage mesa-libGL libXScrnSaver - Debian 계열 (Ubuntu) apt-get install libgl1-mesa-glx libegl1-mesa libxrandr2 libxrandr2 libxss1 libxcursor1 libxcomposite1 libasound2 libxi6 libxtst6 ANACONDA3 설치하기 | 설치파일 다운로드 ht..
Metaphlan3 이란? metagenome 데이터에서 marker gene을 위주로 데이터에 taxonomy를 assign해주고 다른 분석도 해주는 도구이다 장점은 다른 tool에 비해 빠른 속도를 가진다 현재 버전 4까지 나와있지만. 4는 용량이 많이 커서 노트북이나 데스크탑으로는 사용하기 어렵다 설치만 해도 노트북에서 WSL을 설치하고 conda 에러로 Anaconda를 깔았다 지우고 Metaphlan설치와 에러 해결로 한 5시간 넘게 걸린것 같다..ㅠ | 설치 방법 - conda 사용 ( 이 방법 사용) $ conda create --name mpa -c bioconda python=3.7 metaphlan - pip사용 pip install metaphlan - 설치 파일 직접 다운로드 (gi..
어느 정도 만족할 만한 수준으로 대답해 주지만, 깊게 들어가는 상세한 내용은 정확도가 떨어지고 약간의 단어가 잘못 출력된다. 아직 완벽한 성능은 아닌 듯하다. 참고로 유료 서비스와 기존 사용자 간의 속도 차이가 생각보다 많이 난다. 코드 물어보면 출력 속도가 많이 느려서, 코딩하는 사람들은 유료 결제로 사용하는 것이 훨씬 나아 보인다. Metagenome analysis is a complex process that involves multiple steps and tools. The following is a general outline of the typical steps involved in metagenome analysis and the tools commonly used in each step..
- 출처 : 바이오인 - 등록일 : 2022-10-26 - 링크 : https://www.bioin.or.kr/board.do?num=318365&cmd=view&bid=watch&cPage=1&cate1=all&cate2=all2&s_str= - 다운로드 : https://btcuk.catholic.ac.kr/common/download.do?file_path=board/184/&file_name=39144_40595_20221107094130.pdf&file_name_org=%EB%A7%88%EC%9D%B4%ED%81%AC%EB%A1%9C%EB%B0%94%EC%9D%B4%EC%98%B4+R%26D+%EB%B0%8F+%EC%82%B0%EC%97%85%ED%99%94%EB%A5%BC+%EC%9C%84%E..
발표는 청중의 배경지식과 이해도를 감안하여 이야기 하기 알파 베타 설명 전에 기본 지식 말하기 ex) 주성분 분석은 각 자료들의 분산이 적어지는 차원을 위주로 보여주는 차원축소기법이다 분석 순서대로 하지 말고 주제 순으로 배치하기 한 사이트에서 성별에 따른 알파, 베타, 텍소노미 보여주기 분석시 용어 설명, 포인터 설명, 청중이 듣고있는지 관찰하기 사진 샐랙션도 능력이다
- 여러 통계적 테스트에서 가장 중요한것은 p-value값이 특정 값보다(대게 0.05) 높은지 낮은지 이다. - 현재 보고자 하는 것은 피부의 각 부위별로 왼쪽과 오른쪽의 차이를 비교하고 싶다. - 이때 permonova test를 시행한 후, 각 부위별로 p-value값을 모아서 보고자 한다. - 사용하는 객체는 phyloseq의 예제 데이터를 사용한다 을 사용한다. ⬛ 예제 데이터 library(tidyverse) library(phyloseq) library(vegan) library(glue) - Phyloseq 의 기본 예제 데이터 이용 : enterotype - 위 데이터에서 enterotype이 각 1,2,3인 값에서 Sequencing technique(일루미나, 생어)에 따른 차이가 있..
