🟦 공식 가이드 https://cutadapt.readthedocs.io/en/stable/installation.html Installation — Cutadapt 4.2 documentation Because Cutadapt development happens on Linux, this is the best supported platform, but it should also run on macOS and Windows. Installation on Debian/Ubuntu Cutadapt is also included in Debian-based Linux distributions, such as Ubuntu. Simply use your fa cutadapt.readthedocs.io 설치방법은 ..
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R studio가 Posit으로 사명을 변경했습니다. 이는 R 만 다루는 IDE에서 벗어나 python, 자바 등을 다루는 포괄적인 툴이 되겠다는 선포입니다. 일단 R을 주 언어로 사용하시는 분들은 대부분 R studio를 사용합니다. Python이 주 언어인 경우에 보조적으로 R을 쓰는 사람들은 jupyter를 사용하기도 합니다. 각각의 장단점이 있지만 jupyter notebook은 마크다운 지원이 가장 큰 장점이며, R studio는 여러 패키지로 인한 확장성이 장점이라고 생각됩니다. 그중에 가장 코딩을 편리하게 해주는 것은 R progect입니다. 🟦 R project사용하기 R studio에서는 각 분석 환경을 Session이라고 부릅니다. 이러한 Session에 포함된 변수, 코드 들을 집합으..
- 참고 : https://github.com/r-lib/textshaping/issues/21 install.packages("devtools") # --------------------------- [ANTICONF] -------------------------------- # Configuration failed to find the harfbuzz freetype2 fribidi library. Try installing: # * deb: libharfbuzz-dev libfribidi-dev (Debian, Ubuntu, etc) # * rpm: harfbuzz-devel fribidi-devel (Fedora, EPEL) # * csw: libharfbuzz_dev libfribidi_dev..
이전글에서 소개했던 formattable 패키지의 사용법을 공유하고자 한다. 사용하는 목적은 R markdown으로 문서화하였을 때 Table자체에 시각적인 효과를 주고 싶기 때문이다. 🟦 formattable 란? - data table을 보기 좋게 꾸며주는 패키지로 아래와 같은 시각화가 가능하다 🟦 기본 사용법 예제 데이터 Example % formattable( list( ID = color_tile("transparent", "#FFCCCC"), Value = color_bar("lightblue"), Value2 = color_text("black", "red")) ) %>% as.datatable() - color_tile()은 각 numeric값에 따라 cell의 농도를 달리 해주고 - co..
📚 R markdown R markdown은 코드를 문서화하는데 아주 유용한 패키지이다. Python의 경우 Jupyter notebook 같은 IDE를 이용해 markdown을 간편하게 사용이 가능하다. 물론 Jupyter notebook나 google colab으로 R을 사용할 수 있으나 R유저의 경우 익숙해져 버린 R studio(현 Posit)을 많이 사용할 것이다. R markdown의 가장 큰 장점은 역시 다양한 패키지들이다. 이들을 사용하여 table을 꾸미는 방법을 소개하겠다. 패키지는 모두 r markdown환경에서 구동하며 코드는 각 패키지의 tutorial이나 cookbook을 참고하였다. 1. R markdown Basic knitr::kable() 일단 R markdown은 만들어..
1. 랩미팅에 관하여 - 출처 : https://neuromechanicslab.emory.edu/documents/advice-docs/Labmeetings.pdf ◼ 성공적인 랩미팅을 하려면? 목적을 설정해라 올바른 가치를 심어주자 단체안에서 이러한 가치를 심어주기 위한 전략을 세워라 미팅의 형식을 만들어라 개개인에게 개입해라(적극적으로 물어보라는 뜻) ◼ 랩미팅의 목적은? 아이디어를 공유하기 위해 커뮤니케이션 스킬을 기르기 위해 모든 맴버간의 통합과 참여를 촉진하기 위해 문제해결능력과 의사결정을 연습하기 위해 비판적인 사고를 촉진하기 위해 Lab 구성원의 다양한 기술과 경험을 활용하여 모든 프로젝트의 성공을 극대화하기 위해 팀과 개인의 성취를 축하하기 위해 정보를 전파하기 위해 발표능력을 기르기 위..
⬛ 형식화된 문서의 필요성현재 매주 두 가지의 미팅에 참석하고 있다.하나는 수요일 오전 8시 반에 하는 개인 및 프로젝트 미팅. 이건 사실 연구실 미팅인데 학생이 나뿐이라 교수님 개인 연구실에 찾아가서 미팅을 진행하고 있다. 정리는 개인 노션에다가 하는 편이다. 이때는 매주 내가 공부한 것들, 프로젝트의 진행을 발표하고 피드백을 받는다. 다른 하나는 목요일 오전 8시에 하는 단체 미팅이다. 이는 피부과 교수님들과, 전공의선생님, 연구간호사 선생님과 같이 저널클럽도 하고 전체적인 프로젝트 진행상황을 나누는 자리이다. 이는 외래의 회의실에서 진행한다. 단체미팅의 내용은 각자가 각자의 내용을 정리하고 교수님이 총괄적인 내용을 개인메모로 정리하고 계셨다. 그러나 전반적인 상황을 한눈에 보고 싶어서 회의록 아니..
로잘린드 문제 푸는 걸 위주로 코딩학습 + 알고리즘을 공부하기 위해서 교내 생물정보학 스터디 그룹을 만들고 싶다. 그런데 생각보다 잘 될 것 같지 않아서 설계단계부터 애를 먹고 있다 여러 글을 참고한 결과, 스터디는 장기보다는 단기가 성공적일 확률이 높고 공동목표와 개인 목표를 충족해야 한다. 또한 스터디는 만능이 아님으로 짧은 주제를 가지고 여러 번 하는 것이 더 나을 수도 있다. # 인원 그렇다면 지인들끼리 모이는 게 나을지 아니면 정말 모르는 사람이 나을지 고민했는데, 아무래도 지인위주로 모집 -> 그 이후에 인원이 모이지 않으면 다른 과 사람들을 모집하는 게 나을 것 같다. 인원은 10명 이내 이왕이면 한 5 명 정도면 좋을 것 같다. # 기록 일단 적지 않으면 의미가 없다는 말을 새겨들어서 모든..
| 사례 phyloseq객체를 사용할 때, read count abundance를 relative abundance로 바꾼 후, OTU table을 보았을때, NaN값이 뜨는 경우가 있다. ps.rel
약 800여 개의 fastq.gz파일은 4개의 카테고리로 구성되어 있다. 각 파일의 이름이 담긴 목록을 엑셀로 생성 후 이를 이용해 파일을 각 디렉터리에 옮기고자 한다. https://stackoverflow.com/questions/45111754/move-multiple-files-from-a-folder-to-list-of-directories-undo-a-move-command while read line; do fileName=$(basename $line) dirName=$(dirname $line) cp SourceDir/"$fileName" "$dirName" done < ListOfFile.txt 그러나 문제는 엑셀로 만든 파일이 뒤에 '\r'이 붙어서 이동이 되지 않았다. 또한 위 방법..
🟦 fastq파일이란? fastq파일이란 시퀀싱 결과물로서, 한 시퀀스(시퀀싱 된 read) 정보와 퀄리티 정보를 같이 가지고 있으며, 한 sequence당 총 4줄의 데이터를 가지고 있다. fastq파일의 예시를 보자. @SEQ_ID GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT +SEQ_ID !''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC65 @SEQ_ID - 시퀀싱 기계에서 지정한 read의 ID GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT - read의 서열 +SEQ_ID - 동일한 ID(혹은 다른 아이디지만 SEQ..
작성 : 2022-12-21 4대 major human 미생물의 Genus는 Staphylococcus, Streptococcus, cutibacterium, corynebacterium이 있다. 그중 Staphylococcus는 사람의 피부와 코점막에 많이 서식한다. 그렇다면 Stapylococcus(포도상구균)에 대해서 알아보자. 🟦 Staphylococcus 란? ◼ Staphylococcus의 이름 - staphylo- : 포도송이(bunch of grapes)를 뜻하는 고대 그리스어이다 - coccus : grain, seed, berry를 뜻하는 고대 그리스어로 spherical bacterium을 말한다 - 구형(spherical) = cocci라고 한다 ◼ Staphylococcus의 특징..
