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- 수정 2023.04.12 Streptococcus와 Staphylococcus 속에서 NA 뜬 친구들의 blast결과를 보고자 했다. Streptococcus NA는 무려 1000개나 되어서 언제다 일일이 blast 돌리나 했는데, 그냥 fasta파일 형식으로 변환 후 돌리면 된다. 일단 아래 예시 서열로 돌려보자. 🟦 blast 돌리기 | 예시 파일- ID가 NR_025000.1와 NR_0250002(가상의 서열)인 서열이 있다.>NR_025000.1 Mycobacterium kubicae strain CDC 941078 16S ribosomal RNA, partial sequenceGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGGAAAGGCCCCTTCGGGGGTACTCGAGTGGCGAACGG..
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🟦 BLAST란?| BLAST = basic local alignment sequence tool -BLAST는 밝혀진 지놈 또는 단백질 서열들을 데이터베이스화 해서 새로 밝혀낸 서열들의 상동성(유사성)검사를 실시하여 새로 밝혀진 서열이 어떤 기능이나 어떤 종류의 서열인지 찾아내는 것이다. - NCBI는 command line 기반의 BLAST+프로그램을 제공한다. | BLAST 종류 : blastn, blastp, blastx, tblastm, tblastx (NCBI) - query(분석하고자 하는 서열)를 reference서열에 alignmet하여 어떤 친구와 가장 비슷한지 알아낸다. - blast : query(nucleotide) ▶ reference(nucleotide) - b..
🎉안녕하세요 저는 생명과학 전공자로 석사과정(현재는 박사 중)에서 컴퓨터 분야에 첫 발을 내디뎠습니다. 현재는 바이오인포메틱 전반과 마이크로 바이옴 데이터 분석에 대해 공부하고 있습니다.메인 언어는 R이며, 간단한 마이크로바이옴 분석 및 시각화 패키지를 제작하고 있습니다. 이 과정에서 데이터의 시각화와 R을 이용한 웹 앱 개발에도 관심을 가지고 있습니다. 저의 최종적인 목표는 데이터 분석도 잘하고 개발도 잘하는 bio data engineer& developer입니다.(사실 연구보다 개발이 더 재밌습니다...) 📚이 블로그는제가 공부하면서 기록해야 할 것들과, 영어 때문에 검색이 어려웠던 여러 사람들을 위해 코딩 질문과 답을 번역해서 돌리거나, 분석 가이드를 작성합니다. 또한 어떻게 공부를 시작해야 ..
⬛ 관련 글 | R상에서 fas/fasta로 바꾸기 | Linux에서 fastq 파일 다루기 ⬛ Input 일단 아래와 같은 포멧의 csv파일을 만들어 줍니다. less sequences.csv # Genex AAAAA # Geney TTTTT # Genez GGGGG 리눅스 상에서 아래 스크립트를 입력 합니다. awk -F , '{print ">"$1"\n"$2}' sequences.csv > sequences.fas ⬛ Output 결과 파일을 아래와 같습니다. less sequences.fas # >Genex # AAAAA # >Geney # TTTTT # >Genez # GGGGG ⬛ Reference - https://www.biostars.org/p/423573/ - https://www.bi..
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◼ 링크 : https://www.bioin.or.kr/EventEdc.do?num=316883&cmd=view&cl_code=all&searchType=all&pre_seq=&next_seq=&bid=semina&s_key=all&s_str=&sdate=2022/01/01&edate=2022/12/31 BioIN(바이오인) www.bioin.or.kr LAIDD는 보건복지부, 한국보건산업진흥원의 지원을 받아 구축한 국내 최초의 AI와 제약 바이오 분야의 융합 교육 플랫폼으로 신약개발에 필요한 AI, Chemoinformatics, Bioinformatics, 제약, 의료 등 관련 분야의 기초 지식 및 응용 기술을 습득할 수 있는 곳입니다. 🟦 LAIDD 목표 🟦 러닝트랙 🟦 강좌 - 총 90여 개의 강..
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◼링크 : https://www.kola.kr/main/index.jsp 🟦KOLA란? - 구 k-gol강의 사이트 - 생물정보학, 바이오 데이터에 대한 분석 강의 사이트 🟦 특징 - 수강신청기간에 따로 제약이 있지 않음 - 수강 후 한 달 내에 수강 시, 수료증 제공 🟦 추천 강의 👍 '한국바이오협회 교육과정'인 생물정보학 기초 강의를 추천 - NGS 개념부터 여러 분석 기초 이론을 짧은 강의로 설명해줌(한 강의당 10분 * 5개) - 기본 이론을 다질 수 있음 🟦 아쉬운점 - 의료 인공지능 강의는 아주대 참여 교육생들만 들을 수 있다. 이런 강의가 절반을 넘는다. - 즉, 기초강의만 공개고 나머지는 들을 수 없음 - 강의 영상이 대학 강의 수준부터, 세미나처럼 깔끔한 강의까지 다양하다. 일부는 오디오..
🟦 참고 링크 https://global.oup.com/uk/orc/medicine/collier5e/student/mcqs/ch23/ https://www.urmc.rochester.edu/encyclopedia/content.aspx?contenttypeid=40&contentid=GenitalHerpesStdQuiz&CustomAnswers_GenitalHerpesStdQuiz https://www.researchgate.net/topic/Herpes-Virus https://www.cram.com/flashcards/virology-quiz-2-herpesvirus-part-1-579650
- 주최 : Microbiome Insight - 강사 : Ruairi Robertson, PhD - 출처 : https://www.youtube.com/watch?v=SDbYFCAHX8s Microbiome Insight에서 이메일 왔길래 클릭해보니 아래 강의 영상을 보내줬다. 간단한 비교 영상이지만 도움이 될 것 같아 정리해본다. 🟦 16s rRNA Sequencing ◾ 16S rRNA gene 를 타깃으로 하며, output은 16s rRNA의 유전자의 read 조각들 이다 ◾ 여러 Pipeline(Qiimw, Muthur, Dada2)을 사용해 생물정보학 방법으로 분석 🟦 Shotgun Metagenomic Sequencing ◾ all genomic DNA 를 타깃으로 한다 ◾ 과정 1. ex..
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참고 - https://dillinger.io/ - https://pgmjun.tistory.com/21 - https://80000coding.oopy.io/865f4b2a-5198-49e8-a173-0f893a4fed45/ 타이틀 만들기 예시 문구  뱃지 만들기 - https://shields.io/ Shields.io: Quality metadata badges for open source projects Love Shields? Please consider donating to sustain our activitiesYour..
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- 작성 : 2022.12.05 서버를 샀는데 서버랙을 안 샀다 드디어 연구실에 서버가 들어왔다. 가격은 대략 천만 원 정도 하는 아주 비싼 몸이다. 서버의 모델명은 Dell powerEdge R750xs이다. 서버 위치를 지하 1층에 있는 서버실에 놓을까 아니면 연구실 안에 놓을까 고민이 많았다. 교수님과 지하 1층을 가서 둘러본 결과. 온도와 습도가 관리되는 것은 좋지만 추가로 설치할 랙이 부족했고, 서버가 고장 났을 때 바로바로 옆에서 고칠 수 없는 점 때문에 연구실 내에 놓기로 했다. 그러나 나는 서버 랙의 존재를 몰랐고, 서버는 배송 온 날부터 책상에 놓인 난로 신세가 되고 말았다. 사실 서버 랙이라는 용어도 몰랐던 나는 어디서부터 알아봐야 할지 어떤 물건을 봐야 할지 고민이 앞섰다. Dell에..
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- 일시 : 2022.12.04, 11:00~12:00 - 장소 : 전북대학교 생명과학과 401호 - 강의 : 한림대학교 김봉수 교수님(Cj bioscience/ Chunlab) 1. 마이크로 바이옴 이란? 마이크로 바이옴의 정의 - microbiome 의 정의는 microbiota + Activity를 포함하는 개념이다. 즉 각 미생물의 종과 더불어 그 환경에서 각 종이 어떤 역할을 하는지 알아내는 학문이다 - 즉 환경에 대한 이해가 매우 중요하다 - Holobiont는 최근 등장한 개념으로 미생물 + 숙주 + 환경을 더불어 일컫는 말이다. 이들의 공동체가 공진화하는 진화적 뜻을 포함하고 있다 - Microbiome study란 단순히 Structure(Composition)만 보는 것이 아니라, 각 ..
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- OS : Linux(CentOS 7.9 사용) - IDE : server R studio 초반에 깔았던 R 버전에 3.6.0이어서 다시 삭제 후 4.2.1을 깔았다. 그랬더니 기존에 3.6.0에 설치한 패키지들은 다시 깔리지도 실행되지도 않았다. 그래서 epel 부터 완전히 삭제 한 후 library경로를 수정했다. 서버는 일단 교수님과 내 계정만 현재 사용중이며 각각의 계정에서 경로를 확인하면 아래와 같다 현재 경로 확인하기 .libPaths() # [1] "/home/ksy/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.6" # [2] "/opt/R/4.2.1/lib/R/library" 최초로 깔았던 R 3.6.0 버전의 패키지 파일이 등록되어있다. 여기서 [1]번 경로는 각 계..
