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- 저자 : Ruairi Robertson, PhD - 출처 : https://blog.microbiomeinsights.com/shotgun-metagenomic-sequencing-determining-depth Shotgun Metagenomic Sequencing: Determining Depth Before conducting a microbiome study with shotgun metagenomic sequencing, it is important to consider how deeply you will sequence your samples. blog.microbiomeinsights.com ※ 이 글은 microbiome insights사의 "Shotgun Metagenomic Sequ..
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◼ 출처 - 2006 한국 생물 정보학 백서, 부록9 생물 정보학 관련 용어 및 정의 (생물학연구정보센터) ◼ 지필 - 생물학연구정보센터 소 장 : 김상욱 - 생물학연구정보센터 부소장 : 정동수 - 생물학연구정보센터 연구원 : 김수정, 박지민, 유숙희, 이강수 장영옥, 조점희, 최용주, 한건영 ◼ 링크 : https://ibric.org/myboard/read.php?id=2337&Board=report 2006 한국의 생물정보학 백서 - 목 차 -제1장. 연구단체 11. BIT 연구기관협의회 32. 바이오벤처 453. 대학 994. 연구센터 1175. 학회... ibric.org - 2006년 판이라 용어가 조금 다르거나, 오래된 프로그램 혹은 변동된 내용이 존재함. 그러나 매우 유익하다. - 2006..
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◼ 선택 이유 - 마이크로바이옴을 이용한 법의학적 분석에 초점을 맞춘 주제가 흥미를 불러일으킴 - 환경과 사람의 마이크로바이옴 데이터의 단순 비교 이외에 어떠한 차별점이 있을까? Diurnal variation in the human skin microbiome affects accuracy of forensic microbiome matching - 저자 : David Wilkins, Xinzhao Tong, Marcus H. Y. Leung, Christopher E. Mason & Patrick K. H. Lee - 저널 : MICROBIOME(IF = 14.35, 2021) ⬛ BACKGROUND - 사람의 피부 마이크로바이옴은 시간이 지나도 일정 부분 안정적이기 때문에, 최근 이를 이용한 법의학..
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수정 : 2023.05.08 내용 추가: 2024.01.10 ▶ 이전 글 : Cutadapt설치하기 [Cutadapt] 01.Linux에 Cutadapt 4.2 ver 설치하기 🟦 공식 가이드 https://cutadapt.readthedocs.io/en/stable/installation.html Installation — Cutadapt 4.2 documentation Because Cutadapt development happens on Linux, this is the best supported platform, but it should also run on macOS and Windows. I bio-kcs.tistory.com 16s rRNA 데이터를 분석하기 위해서 시퀀싱 과정에서 서열에 부..
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⬛ 시계열 데이터 란? 시계열(時系列, time series)은 일정 시간 간격으로 배치된 데이터들의 수열을 말한다. 시계열 해석(time series analysis)라고 하는 것은 이런 시계열을 해석하고 이해하는 데 쓰이는 여러 가지 방법을 연구하는 분야이다. 예컨대, 이런 시계열이 어떤 법칙에서 생성되어서 나오느냐는 기본적인 질문을 이해하는 것이 궁극적인 목표라고 할 수 있다. 시계열 예측(time series prediction)이라고 하는 것은 주어진 시계열을 보고 수학적인 모델을 만들어서 미래에 일어날 것들을 예측하는 것을 뜻하는 말이다. 일반적으로 이런 방법들은 공학이나 과학계산, 혹은 금융시장에서의 주가 예측 등에서 많이 쓰인다. ⬛ 일반적인 시계열 분석 예제 - 출처 : 날씨마루 ⬛ 마이..
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dada2 분석 중 이러한 에러 메시지를 보았다. # fastq.gz이 있는 경로를 import한다 path
🟦 공식 가이드 https://cutadapt.readthedocs.io/en/stable/installation.html Installation — Cutadapt 4.2 documentation Because Cutadapt development happens on Linux, this is the best supported platform, but it should also run on macOS and Windows. Installation on Debian/Ubuntu Cutadapt is also included in Debian-based Linux distributions, such as Ubuntu. Simply use your fa cutadapt.readthedocs.io 설치방법은 ..
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🟦 fastq파일이란? fastq파일이란 시퀀싱 결과물로서, 한 시퀀스(시퀀싱 된 read) 정보와 퀄리티 정보를 같이 가지고 있으며, 한 sequence당 총 4줄의 데이터를 가지고 있다. fastq파일의 예시를 보자. @SEQ_ID GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT +SEQ_ID !''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC65 @SEQ_ID - 시퀀싱 기계에서 지정한 read의 ID GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT - read의 서열 +SEQ_ID - 동일한 ID(혹은 다른 아이디지만 SEQ..
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- 수정 2023.04.12 Streptococcus와 Staphylococcus 속에서 NA 뜬 친구들의 blast결과를 보고자 했다. Streptococcus NA는 무려 1000개나 되어서 언제다 일일이 blast 돌리나 했는데, 그냥 fasta파일 형식으로 변환 후 돌리면 된다. 일단 아래 예시 서열로 돌려보자. 🟦 blast 돌리기 | 예시 파일- ID가 NR_025000.1와 NR_0250002(가상의 서열)인 서열이 있다.>NR_025000.1 Mycobacterium kubicae strain CDC 941078 16S ribosomal RNA, partial sequenceGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGGAAAGGCCCCTTCGGGGGTACTCGAGTGGCGAACGG..
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🟦 BLAST란?| BLAST = basic local alignment sequence tool -BLAST는 밝혀진 지놈 또는 단백질 서열들을 데이터베이스화 해서 새로 밝혀낸 서열들의 상동성(유사성)검사를 실시하여 새로 밝혀진 서열이 어떤 기능이나 어떤 종류의 서열인지 찾아내는 것이다. - NCBI는 command line 기반의 BLAST+프로그램을 제공한다. | BLAST 종류 : blastn, blastp, blastx, tblastm, tblastx (NCBI) - query(분석하고자 하는 서열)를 reference서열에 alignmet하여 어떤 친구와 가장 비슷한지 알아낸다. - blast : query(nucleotide) ▶ reference(nucleotide) - b..
⬛ 관련 글 | R상에서 fas/fasta로 바꾸기 | Linux에서 fastq 파일 다루기 ⬛ Input 일단 아래와 같은 포멧의 csv파일을 만들어 줍니다. less sequences.csv # Genex AAAAA # Geney TTTTT # Genez GGGGG 리눅스 상에서 아래 스크립트를 입력 합니다. awk -F , '{print ">"$1"\n"$2}' sequences.csv > sequences.fas ⬛ Output 결과 파일을 아래와 같습니다. less sequences.fas # >Genex # AAAAA # >Geney # TTTTT # >Genez # GGGGG ⬛ Reference - https://www.biostars.org/p/423573/ - https://www.bi..
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◼ 링크 : https://www.bioin.or.kr/EventEdc.do?num=316883&cmd=view&cl_code=all&searchType=all&pre_seq=&next_seq=&bid=semina&s_key=all&s_str=&sdate=2022/01/01&edate=2022/12/31 BioIN(바이오인) www.bioin.or.kr LAIDD는 보건복지부, 한국보건산업진흥원의 지원을 받아 구축한 국내 최초의 AI와 제약 바이오 분야의 융합 교육 플랫폼으로 신약개발에 필요한 AI, Chemoinformatics, Bioinformatics, 제약, 의료 등 관련 분야의 기초 지식 및 응용 기술을 습득할 수 있는 곳입니다. 🟦 LAIDD 목표 🟦 러닝트랙 🟦 강좌 - 총 90여 개의 강..
