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업데이트 : 2023-03-27 | RDP 란?- bacteria, fungi의 classification을 위한 database 중 하나이다.- Skin microbiome에서 많이 쓰인다고 한다 - 홈페이지 : https://john-quensen.com/classifying/rdp-classifier-updated/ | 최신 버전 (train set 18 / release 11.5)- 만약 위 단계가 어렵다면, 만들어진 FASTA와 TAXONOMY파일을 다운로드하자- qiime 포럼의 글(https://forum.qiime2.org/t/importing-sequence-data-with-lower-case-nucleotide-characters-constructing-an-rdp-clas..
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update : 2022-07-21 강의 1. 바이오 분야 내 빅데이터, 인공지능 머신러닝 - 발표일시 : 2019-06-07 - 발표자 : Dr. Eric Stahlberg (Director, National Institute of Cancer) - 주요 내용 : 미연방국가연구소와 제약회사, 바이오 연구자 간 협력으로 환자 중심의 새로운 항암치료제 개발 모델 논의 - https://www.khidi.or.kr/board/view?pageNum=1&rowCnt=10&no1=583&linkId=48781647&menuId=MENU00122&maxIndex=00488172779998&minIndex=00002221839998&schType=0&schText=&schStartDate=&schEndDate=&b..
1. SRA tookit를 다운 -> 압축 풀기 [참고1] [참고2] 2. 원하는 fastq의 SRA format의 id를 적어 둔다 [참고3] 만약 원하는 파일의 SRA format이 아래와 같다면 - SRR10611214 - SRR10611215 - SRR10611215 - SRR10611216 - SRR10611217 아래 코맨드를 적어준다 mkdir data cd data for i in `seq 14 17`; do wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR106/0${i}/SRR106112${i}/SRR106112${i}_1.fastq.gz; wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR106/0${i}/SRR106112${i}..
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- 작성 : 2022. 7. 18. - 수정 : 2022.10.28 의료정보학이란? 의료정보학은 DNA, RNA, 염기 레벨의 정보, 단백질, 효소, 호르몬에 이르는 폭넓은 미시 영역에서 생성되는 모든 DATA를 연구 대상으로 컴퓨터 기반 정보 시스템을 통한 데이터 마이니과 확률, 통계등 다양한 정보학적 분석 방법을 적용해 연구하는 생명정보학(BIOINFORAMATICS)을 포괄함과 동시에 임상 진료의 제 과정을 정보공학적 방법을 통해 향상시키기 위한 응용분야 전반을 포괄하는 임상의료정보학(CLINICAL INFORMATICS)을 포함하고 있다 국내 의료 빅데이터 source - 건강보험심사평가원 데이터(심평원 데이터) - 국민건강보험공단 데이터(공단 데이터) - 보건의료 빅데이터 자료(Appendix ..
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1. 데이터 다운로드- 예제 데이터 : https://mibwurrepo.github.io/Microbial-bioinformatics-introductory-course-Material-2018/introduction.html- 링크 : https://github.com/mibwurrepo/Microbial-bioinformatics-introductory-course-Material-2018- 다운 방법 : 링크 접속 -> code -> Download ZIP- 분석 환경 세팅Download ZIP클릭[the Microbial-bioinformatics-introductory-course-Material-2018-master.zip] 폴더 압축 풀기 [input_data] 압축 풀기[humanmicr..
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- 수정 : 2023-04-11 - 원문: https://stackoverflow.com/questions/14711470/plotting-envfit-vectors-vegan-package-in-ggplot2- - 원문을 번역하여 풀어쓴 글임 오늘 분석에 사용할 데이터는 "dune"으로 네덜란드 모래언덕 초지의 식물 데이터이다. dune은 20 개의 지역에서 관찰한 30종의 식물의 개수가 적혀있는 표형태의 데이터이다. 이 데이터를 이용해 vegan 패키지의 envif를 적용하여 어떤 지역에 어떤 종이 가장 많이 자라는지를 확인해 볼 것이다. # 데이터 불러오기 library(vegan) data(dune) head(dune) # Achimill Agrostol Airaprae Alopgeni Antho..
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작성: 2022-07-13수정: 2025-06-17 안녕하세요🤗🤗.이번 글은 환경 및 미생물 분석에서 Beta divesity 분석에서 자주 볼 수 있는 envfit 분석에 대해 알아보겠습니다! 22년도 글에서 실행코드 및 한계점을 추가하였습니다. 설명이 부족한 부분이 있다면 댓글 남겨 주세요! 🟧 Envfit의 개념 정의: Envfit 분석은 R의 vegan package 내부의 분석 방법 및 함수의 이름이다. vegan 은 환경 분석을 위해 제작된 패키지이다. 마이크로바이옴 분야에서도 사용될 수 있지만, 이를 위해서 개발된 도구는 아니다. envfit분석의 풀네임은 Fits an Environmental Vector or Factor onto an Ordination이다. 개념: envf..
2022 하반기 - 대학원 입학 및 폭 넓은 강의 수강 - 마이크로 바이옴 분석과 기본 통계학 컴퓨터 공학적 지식 습득 - 논문 준비 (미리미리 준비하자 ) 2023 상반기 - 논문 준비 - 인공지능, 딥러닝 기초 학습 - 기본 파이썬 부터 데이터 베이스, 네트워크 관리까지 학습 하반기 - 논문 제출 2024 상반기 - 취업 준비
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0. KOBIC 이란? 새로운 강의 사이트가 오픈 하였다. 알고보니 새로운 E러닝 사이트를 오픈하기 때문에 강의가 올라오지 않았던 것이다. 새로운 사이트의 글은 따로 작성할 예정이다. - 새로운 홈페이지 링크 : https://www.kobic.re.kr/edu/ -> https://www.edwith.org/ptnr/kobic - 새로운 사이트 소개글 : https://bio-kcs.tistory.com/신-생물정보분석-교육-사이트-KOBIC-소개-국가생명연구자원정보센터-운영 신) 생물정보분석 교육 사이트 KOBIC 소개 (국가생명연구자원정보센터 운영) 1. KOBIC 이란? - 생명정보 및 유전체 정보 빅데이터 전문 인력 양성을 목표로 학습 강의를 제공 - 링크 : https://www.edwith...
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홈페이지 리뉴얼 : https://www.kola.kr/main/index.jsp 0. KGOL 홈페이지 : https://www.kgol.org/main/index.jsp 1. KGOL 교육소개 KGOL 온라인 교육은 K-GENOME 유전체빅데이터분석 전문인력양성 사업단에서 주관하는 교육으로, 유전체빅데이터의 분석 및 활용을 위한 프로그램 제공을 목적으로 함 2. KGOL 교육 듣는 법 1. 회원가입 > 로그인 2. 교육과정에서 원하는 강의 수강신청 > 나의 강의실 > 학습하기 이제 여기서 원하는 강좌를 클릭한 후 수강하면 된다 3. KGOL 추천 강의 Q. 생물정보학이 뭐죠? 진짜 기초를 알고 싶습니다! A . " 한국 바이오협회 교육과정 - 유전체 분석 예비 전문과 과정" 을 추천합니다 . 하나의 ..
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Question pcr primer와 adapter에 차이가 있나요? 둘 다 서열 증폭과정에 이용되는 인공적인 서열 아닌가요? Answer Both PCR primers and sequence adaptors are artificial DNA oligonucleotides, generally of known sequence. >> 둘 다 인공적으로 만들어진 DNA oligonucleotides 인것은 맞다 The first are used to prime DNA replication reactions. Those used to amplify specific DNA sequences in vitro are called PCR primers. >> PCR primers는 시험관 내에서 특정 DNA서열을 증폭..
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임상연구 Descriptive study : 연구자가 자신의 경험이나 치료사례를 단순히 피력 Explanatory study : 치료평가나병인이 무엇인지 알기 위해 비교기법을 사용 Experimental study : 다시 피험자를 어떤 치료에 배정하는 등 연구과정에 적극 개입, 통제 Observational study : 연구자가 진행되는 연구과정을 관찰 Case-control study : 이미 질병이나 결과를 가지고 있는 피험자를 이러한 결과가 없는 통제군과 어떤 특성이 다른지를 비교하는 연구 Cohort study : 연구자가 피험자를 특성에 따라 분류하고 각 군을 시간의 흐름에 따라 추적관찰 하면서 결과에 어떤 차이가 있는지를 비교 Cross-sectional study : 한 시점에서 원인과 ..
