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Human Microbiome Project는 NIH주관으로 2007년에 시작한 컨소시엄이다. 인간의 각 부위별 미생물 프로파일 식별을 목표로 수행되었으며, 2016년에 마무리되었다. 2014 년도부터 두 번째 연구인 Integrative Human Microbiome Project (iHMP)로 질병과 미생물 간의 이해를 증진시키기 위한 추가 연구가 진행되고 있다. - 홈페이지: https://hmpdacc.org/ NIH Human Microbiome Project - HomeCharacterization of microbiome and human host from three cohorts of microbiome-associated conditions, using multiple 'omics tec..
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마이크로바이옴 연구에서 대표적인 프로젝트를 꼽자면 Human Microbiome Project(https://hmpdacc.org/)를 말할 수 있습니다. 또한 데이터를 온라인에서 쉽게 다운로드할 수 있습니다https://portal.hmpdacc.org/ Human Microbiome Project (HMP) Data PortalThe data portal for data generated from the Human Microbiome Project and Integrative Human Microbiome Projectportal.hmpdacc.org 그러나 데이터가 방대하기 때문에, 직접 분석을 하기에는 컴퓨터 자원이 많이 낭비될 우려가 있습니다. 이를 위해 기존에 제작된 데이터를 찾아봅시다. ..
install.packages("ggplot2")install.packages("tidyverse")install.packages("ggpubr")install.packages("glue")install.packages("reshape2")install.packages("patchwork")install.packages("RColorBrewer")install.packages("reshape2")install.packages("vegan")install.packages("ggrepel")install.packages("ggtext")install.packages("patchwork")install.packages("officer")install.packages("rvg")if (!require("Bioc..
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R에서 객체 지향을 구현하는 방법R6 패키지를 통해서 파이썬과 유사한 객체지향을 구현할 수 있다. 적용할 코드 [R/Phyloseq] Taxonomy bar plot에서 Phylum별로 Genus의 색을 바꿔 주는 함수🟦 1. 서론 일단 데이터 분석의 자동화가 가능한가? 이는 데이터마다 다르다. 데이터 별로 각 EDA분석 이후 데이터의 품질을 보고 그 이후 분석 방법을 설계해야 한다. 그러나 마이크로바이옴 데bio-kcs.tistory.com 진짜 코드 뭣도 모르고 공부도 제대로 안 해봤을 때 막일 100%로 작성한 코드이다. 너어어무 지저분한데 고칠 엄두가 나지 않았다. 적용 이후 예제 데이터 사람의 손 양바닥, 혀, 장의 마이크로바이옴 데이터를 담고 있다 (Qiime2 moving-pi..
- fastqc 홈페이지: https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/- multiqc 홈페이지: https://multiqc.info/docs/#installing-multiqc # 1. python > 3.8conda create --name py3.11 python=3.11conda activate py3.11# 2. install fastqcconda install fastqc# 3. install multiqcconda install multiqc# 4. run fastqcfastqc -o results/ *.fastq.gz# 5. run multiqcmultiqc results/
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2024-05-24 ~ 2024-05-28 1. History of search sequence 1) Needleman-Wunsch의 global alignment algorithm (1970) - 그러나 전체적인 유사도보다는 보다는 지역적인 유사도가 보다 생물학적인 의미를 지니고 있기 때문에 local alignment 도구 필요 2) Smith-Waterman의 local alignment algorithm (1981)- dynamic programming 사용 - 최적의 비용을 가지는 정렬을 찾아주지만 계산 시간이 오래 걸림 3) FASTA(1988), BLAST(1990)- word based and heuristic algorithhms(모든 서열을 다 조사하는 것이 아님) 2. S..
에러 원인은 컴파일러 버전 간의 충돌로 유추됨 해결 방법 https://stackoverflow.com/questions/54463433/get-rstudio-server-open-source-edition-to-use-alternative-gcc-version Get RStudio Server open source edition to use alternative gcc versionI have the open source edition of RStudio Server installed on a RHEL7 machine. Since I need to install R packages that requires a more recent version of gcc/g++ than the one provid..
참고 : https://forum.posit.co/t/how-to-fix-r-version-change-4-0-4-4-1-0-detected-when-restoring-session-search-path-not-restored/110431 4.1.0] detected when restoring session; search path not restored" data-og-description="Hi, I upgraded R 4.0.3 to 4.1 on RHEL 8. And, I see the below message when I open rstudio-server from browser. R version change [4.0.4 -> 4.1.0] detected when restoring session;..
