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최근 일러스트레이터 대신 완전히 ppt로만 figure를 만들고 있습니다. 이는 officer과 rvg패키지 덕분입니다. [R] Venn diagram을 그리는 패키지 5개 비교 에서도 언급한 바와 같이, ggplot의 모든 그림을 officer을 이용해서 편집 가능한 개체로 저장이 가능합니다. 그렇다면, 간단하게 figure를 만들어 보겠습니다. 1. 이전 편 [officer] 01. R을 사용해 저장된 이미지로 ppt만들기 (업무 자동화) R의 가장 큰 장점은 간편하게 활용할 수 있는 다양한 패캐지이다. 그러나 이제는 CRAN에 등록된 패키지 수가 2만여 개 정도에 달한다. 우리는 그중에서 어떤 것이 나에게 쓸모 있는지 가려내야 한 bio-kcs.tistory.com 2. 필요한 패키지 library..

Venn diagram은 각 그룹에 어떠한 공통적인 속성이 있는지를 한눈에 보여줍니다. R에서는 여러 가지 도구에 의해서 제공됩니다. 그렇다 보니 어떤 도구를 선택해야 할지 많은 고민이 있습니다. 제가 실제로 논문 작업을 하면서, 어떤 도구를 써야 이미지를 수정, 편집하기 쉬울지 하나하나 사용해 보았습니다. 이를 간단하게 소개해드립니다👽. 예제 데이터 저는 항상 QIIME2의 moving-picture tutorial에 나오는 데이터를 사용합니다. 아마 마이크로바이옴을 처음 배우시는 사람들이 접하는 데이터이기 때문입니다. 그러나 venn diagram에 사용되는 데이터 형식만 알면, 다른 데이터에서도 모두 사용 가능합니다. 먼저 Venn diagram에 들어가는 데이터 형식은 List입니다. set.se..

어제 생각 없이 최신 버전이 있다길래 업데이트하고 출근하니까, 화면이 요란 법석 깜빡 난리가 났다. 문제는 마우스를 움직일 때마다 깨짐이 발생하였다. https://quasarzone.com/bbs/qf_vga/views/5097417 마우스 움직일때마다 그래픽 밀림 깨짐 현상 메인보드 : 기가바이트 B660M DS3H D4 피씨디렉트RAM : 팀 T-Force DDR4 16G 25… quasarzone.com 현상을 검색해보니, 드라이브 문제일 가능성이 크다고 한다. 급한 대로 game을 studio용으로 바꾸어 다운로드하니 바로 문제가 해결되었다. 55.122 다운로드 하실 분들은 이점 참고 바랍니다.

이전 편 📗인코렌탈(생물정보 분석): 언제 어디서나 클라우드를 이용한 NGS분석 01 1. 서버 접속 이후 서버 접속이 완료되었다면, 아래와 같은 화면이 정상적으로 보입니다. 왼쪽에는 CLC Genomics Workbench 가 있으며, 우측 상단에는 리눅스 OS의 폴더와, 아래는 파일을 주고받기 위한 commend line 창이 띄워져 있습니다. 제가 사용한 파일은 엠플리콘 마이크로바이옴 예제 데이터입니다. Miseq으로 수행되었으며, 16S rRNA의 V4를 forward와 reverse방향에서 읽어낸 파일입니다(paired-end). 위 샘플은 DADA2의 예제 파일로서, 38개의 데이터로 구성되어 있습니다. 2. 지원하는 분석단계 1) 개별 도구 CLC의 왼쪽 아래 Tool box를 보면, 위 솔..

1. 서론 생물정보학 분야는 코딩이 결코 빠질 수 없는 분야일까요? 제 주변에 생물정보학에 대해 물어보는 많은 분들이 코딩을 배우는 것에 대한 허들을 많이 느끼곤 합니다. 오히려 코딩이 생물정보학에 대한 접근성을 낮추는 셈입니다. 사실 모두가 공감하실 겁니다. 코드를 입력하는 시간보다 업데이트나 설치가 더 어렵다는 것을…🙉 그러나 QIIME 같은 도구를 사용하면 시각적으로 결과를 보여주는 Qiime View를 제공하기도 하며, 결과를 간단하게 확인할 수 있게 하고, 여러 편리한 도구들이 많이 출시되었습니다. 여러 오픈 소스들의 장점은 무료이면서, 모두가 사용 가능하지만, 반대로 말하면 누구나 만들 수 있고, 이에 대한 검증은 어렵다는 것입니다. 반대로 많은 전문 프로그램들도 GUI(Graphical Us..

2024.03.13. 수 개요박테리아 엠플리콘 분석에서 마커 유전자로 16S rRNA의 V3 V4 영역이 가장 많이 사용된다. 대략적인 길이는 약 ~465 bp이다. 엠플리콘 데이터는 DADA2의 denoising과정을 통해 퀄리티를 필터링하고 paired-end 서열을 합쳐준다. 이때 merge를 위해서는 적어도 12(최적 20nt) nt 이상 겹치는 영역이 존재해야 한다.  그러므로 V3-V4 서열을 필터링할 때, 너무 짧지도 혹은 길게 자르지 않도록 주의해야 한다. 그러면 어떤 길이로 잘라야 최적의 퀄리티를 얻을 수 있을까? 이에 대한 실행 코드를 소개한다. (참고: "Many loss in V3-V4 filterAndTrim",  https://github.com/benjjneb/dada2/iss..

1. 이온의 흐름 - 세포 안은 K+, 세포 밖은 Na+, Cl-의 농도가 더 높음 → 이온의 이동(흐름)으로 전압이 형성 ※ 전압(V) = 전류*저항 이온 이동에 따른 막 전위 변화 💥 1) Resting 휴지기 2) Depolarization 탈분극: Na+이온이 세포 안으로 이동 -> 전압이 + 방향으로 3) Repolarization 재분극: K+ 이온이 세포 밖으로 이동 -> 전압이 - 방향으로 4) Hyperpolarization 과분극 (휴지기 보다 - 방향) 5) Resting 2. 심율동 - SA node, Atrial muscla, AV node의 심율동이 합쳐진 것이 ECG tracing이다. - 전류는 SA node 에서 시작해 주변 세포에 영향 -> 방향성을 가짐 => 방향성은 어..

1. Classification of virus - 볼티모어 분류 - 1971년에 처음 제정된 볼티모어 분류(Baltimore Classification)에 따라 바이러스는 다음 7가지로 분류된다: DNA 바이러스 I: dsDNA 바이러스(겹가닥 DNA 바이러스) - 아데노바이러스, 헤르페스바이러스, 마마바이러스 등 II: ssDNA 바이러스(외가닥 DNA 바이러스) RNA 바이러스 III: dsRNA 바이러스(겹가닥 RNA 바이러스) - 레오바이러스 등 IV: (+) ssRNA 바이러스(양성-극성 외가닥 RNA 바이러스) - 코로나바이러스, C형 간염 바이러스 V: (−) ssRNA 바이러스(음성-극성 외가닥 RNA 바이러스) - 에볼라, 오르토믹소바이러스, 오르토파라믹소바이러스 등 레트로 바이러스 V..