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논문 Leung, M.H.Y., Tong, X., Bastien, P. et al. Changes of the human skin microbiota upon chronic exposure to polycyclic aromatic hydrocarbon pollutants. Microbiome 8, 100 (2020). https://doi.org/10.1186/s40168-020-00874-1 Changes of the human skin microbiota upon chronic exposure to polycyclic aromatic hydrocarbon pollutants - Microbiome Background Polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) are of ..
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이전 글의 하이퍼링크가 모두 삭제되어 버려서 재작성 1. QIIME2 관련 tutorial | qiime2 공식 tutorial [QIIME2] "Moving Pictures” tutorial https://docs.qiime2.org/2023.9/tutorials/moving-pictures/ | fungi (ITS) 분석 tutorial [QIIME2 forum] Adam_Rivers, Q2-ITSxpress: A tutorial on a QIIME 2plugin to trim ITS sequences https://forum.qiime2.org/t/q2-itsxpress-a-tutorial-on-a-qiime-2-plugin-to-trim-its-sequences/5780 [QIIME2 forum]..
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네트워크 분석에서 끝낸다음 결과를 섣부르게 단정 짓지 말자. 모든 분석법이던 장단점과 고찰해야 할 점이 분명하게 존재한다. Karoline Faust 교수님은 미생물 데이터에서 네트워크 분석에 대한 주의점을 몇 가지 나열하고 있다. 실제 데이터를 다룰 때 이점을 명심하면서 다루는 것이 좋을 것 같다. - Faust, K. Open challenges for microbial network construction and analysis. ISME J 15, 3111–3118 (2021). https://doi.org/10.1038/s41396-021-01027-4 - Citations: 84 마이크로바이옴 네트워크 분석의 연결은 모두 상대적인 abundance에 따른 관계를 말한다. 그러나 각 미생물의 풍..
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작년 기계학습을 배우고 싶어서 여러 강의 사이트를 기웃거렸다. 그중 하나가 국내사이트인 데이콘이었는데, 해외 캐글처럼 기업과 정부에서 데이터 예측 혹은 분류 문제를 출제하는 사이트이다. 데이콘에서 열리는 많은 과제 중 한 과제에서 좋은 성적을 받은 회원이 같은 학교임을 깨달았다. 그때 본교에서 이런 능력 좋은 사람들과 같이 공부하면 좋겠다는 생각을 했었고, 스터디를 계획하여 광고를 해보았다. 그러나 학교 홈페이지나 에타에 글을 올려도 아무도 응답해 주는 사람은 없었다. 올해 에타를 구경하다가 AI 스터디원 모집 공고를 보았다. 감사하게도 대학(원) 생도 가입가능이라는 문구를 보고 서둘러 신청하게 되었다. 과거 스터디 운영 경험으로 어필을 하면서, 실제 분석에 머신러닝을 연구에 도입하고 있으니 열심히 배우..
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참고: https://stackoverflow.com/questions/38210582/install-gmp-on-centos Install GMP on CentOS I've tried to install GMP on CentOS and this error appears: yumdownloader --source gmp Enabling mysql-tools-community-source repository Enabling mysql-connectors-community-source repository Enabling stackoverflow.com 간단하게 서버에서 설치후 R에서 깔아주자. yum install gmp-devel
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위 에러는 서버에서 C++17을 컴파일 하는 gcc가 없어서 생기는 에러이다. 1시간 넘게 찾다가 https://travis-ci.community/t/error-in-shlib-internal-args-c-17-standard-requested-but-cxx17-is-not-defined/6748/4와 https://arrow.apache.org/docs/11.0/r/articles/install.html에서 해결 방법을 찾았다. 1. 빈 shell script를 만든다. vi c++17.sh 2. devtoolset-9버전의 gcc는 C++17의 컴파일이 가능하다#!/usr/bin/env bashyum install -y centos-release-sclyum install -y devtoo..
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작성: 2024.01.31/ 수정: 2024.07.29 "Go TH, Kang DR. Basic Concepts of a Mendelian Randomization Approach. Cardiovasc Prev Pharmacother. 2020;2(1):24-30." 를 기반으로 작성되었음. Mendelian randomization (MR) studyMR연구 배경 의학 연구에서 가장 주요 목표는 특정 질병, 결과에 대한 위험 요소를 판별하는 것이다. 이때 노출(exposure)과 결과(outcome)사이에 인과관계를 확립하기 위하여 무작위 대조실험(RCT)를 수행한다. 그러나 모든 연구에 RCT가 수행될 수 없으며, 많은 의학 연구가 관찰에 그치게 된다. 그러나 관찰 연구는 노출과 결과 사이의 혼란..
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업데이트: 2024-08-06 이전 글 [R] Data frame에서 FAS/FASTA 포멧으로 바꾸는 3가지 방법Unclassified된 species를 blast돌리기 위해 phyloseq 개체에서 추출한 계통을 fasta포멧으로 만들고자 했다. 원래 엑셀로 정렬을 하는 방법도 있고, 리눅스 상에서 간단하게 변경하는 방법도 있지만 역시bio-kcs.tistory.com [BLAST] Linux(Ubuntu, CentOS) 환경에서 NCBI BLAST+ 설치하고 돌려보기🟦 BLAST란? | BLAST = basic local alignment sequence tool -BLAST는 밝혀진 지놈 또는 단백질 서열들을 데이터베이스화 해서 새로 밝혀낸 서열들의 상동성(유사성)검사를 실시하여 새로 밝혀진 ..
작성 : 2024.01.19. 금. PICRUSt2에서 사용 중인 MetaCyc reference도 KEGG처럼 level1, level2, level3 등으로 계층적인 구조를 가진다. 그러나 하나의 기능 유전체가 중복된 기능을 가짐으로 이를 편하게 사용하기는 어렵다. 그러나 Peter D. Karp, A Comparison of the BioCycTM and KEGG® Pathway Databases and Web Portals (March 2023)에 따르면 MetaCyc가 KEGG에 비해 가진 정보가 많음으로, 향후 연구에서 활용성이 높을 것으로 생각된다. MetaCyc vs KEGG MetaCyc version 26.5 (December 2022) - Pathways: 3,085 - Reactio..
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작성: 2024-10-21 수정: 2024-01-08 side panel 은 beta diversity를 나타내는 PCA, PCoA 그림의 추가 정보를 나타냅니다. PCoA의 side panel 은 각 샘플의 dissimilarity 간의 분포를 축소해서 나타내는 PCoA 의 축 1과 2를 boxplot이나 density plot을 사용하여 나타냅니다. 5가지 방법(patchwork, MicrobiomeStat, ggpurb, cowplot, ggExtra) ggExtra)을 통해 아래와 같은 그림을 그려봅시다. 예제 데이터 언제나 qiime2의 moving picture 데이터를 사용합니다. 아래 예제 코드에서는 신체의 각 부위에 따른 마이크로바이옴의 분포를 비교합니다. library(phyloseq)..
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한국 연구자의 Periodontitis에 관한 바이오마커 발견 및 예측 모델 개발에 대한 논문을 찾아보았다. 치주염(Periodontitis)이란? 치주염은 치아 주위의 잇몸조직이 감염에 의한 염증으로 내려앉는 상태를 말한다. 치아를 지지하는 잇몸이 약해짐에 따라 치아가 손상될 수 있다. 세계적으로 심한 치주염(severe periodontitis)의 유병률은 만성질환 중에서 가장 높은 편이며, 한국인 성인(40-59세)의 심한 치주염 유병률은 9.0%이었으며, 초기 치주염의 유병률은 더 높을 것으로 예상된다. 출처: 정세환, 한국 성인의 치아우식 및 심한 치주염의 위험요인 분석: 제7기(2016-2018년) 국민건강영양조사 자료 이용, Journal of Korean Academy of Oral Hea..
[그래디언트 바이오컨버전스] Data 사업부 Bioinformatics 모집(D-1) - 사람인 그래디언트 바이오컨버전스, Data 사업부 Bioinformatics 모집, 경력:경력 5년 이하, 학력:석사졸업이상, 연봉:면접 후 결정 , 마감일:2024-01-05, 홈페이지:http://www.gradiantbio.com/ www.saramin.co.kr 모집분야 - Bioinformatics 모집전공 - 생물학, 통계학, 컴퓨터공학 등 (bioinformatics 관련 분야) - 석사 이상 - 경력 4 ~ 5년 이하 근무지 - (05510) 서울 송파구 송파대로 558, 4층 (신천동, 월드타워빌딩) / 08:30~17:30 직무개요 - NGS 데이터 분석 및 분석 방법 구축 (Transcriptom..
