에러 원인은 컴파일러 버전 간의 충돌로 유추됨 해결 방법 https://stackoverflow.com/questions/54463433/get-rstudio-server-open-source-edition-to-use-alternative-gcc-version Get RStudio Server open source edition to use alternative gcc versionI have the open source edition of RStudio Server installed on a RHEL7 machine. Since I need to install R packages that requires a more recent version of gcc/g++ than the one provid..
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참고 : https://forum.posit.co/t/how-to-fix-r-version-change-4-0-4-4-1-0-detected-when-restoring-session-search-path-not-restored/110431 4.1.0] detected when restoring session; search path not restored" data-og-description="Hi, I upgraded R 4.0.3 to 4.1 on RHEL 8. And, I see the below message when I open rstudio-server from browser. R version change [4.0.4 -> 4.1.0] detected when restoring session;..
1. blast 다운로드하기 1) https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/ 접속 2) 최신 버전인 ` ncbi-blast-#.#.#+-win64.exe`를 다운로드 3) 설치 "I Agree" 클릭 "Next" 클릭 위치는 기본적으로 C 드라이브에 "Program Files"에 위치하게 됩니다. 설치가 완료되었습니다. 설치 위치를 가보면 파일들을 확인할 수 있습니다. 3) 설치 확인(1) Win+R 에서 "cmd"검색(2) cmd 창에서 아래 스크립트 입력cd C:\Program Files\NCBI\blast-2.15.0+\bin #이건 본인 설치 위치에 따라 다름blastx -h # 실행 확인하기 잘 실행되는 것을 확인했다. ..
이전 글 레딧발 ML 계통수 제작 도구 추천검색을 하다가 여러 카테고리를 가진 해외 커뮤니티를 발견하였다. 레딧은 여러 주제별로 다양한 이야기를 토론하는 사이트인듯하다. 여기 bioinfomatics 레딧에 유용한 정보가 많이 올라오니 구독bio-kcs.tistory.com Linux기반에서 수행될 때를 기준으로 작성되었습니다. 먼저 cd ~ 위치에 도구들을 위한 tools 폴더를 만들어 봅시다. cd ~mkdir tools/ 1. Raxml 설치 - github: https://github.com/stamatak/standard-RAxML 서버에 파일 다운로드하기cd tools/wget https://github.com/stamatak/standard-RAxML/archive/master.zi..
검색을 하다가 여러 카테고리를 가진 해외 커뮤니티를 발견하였다. 레딧은 여러 주제별로 다양한 이야기를 토론하는 사이트인듯하다. 여기 bioinfomatics 레딧에 유용한 정보가 많이 올라오니 구독을 추천한다. 현재 Fungi의 분석 pipeline을 구축 중인데, 계통수에 관한 글을 가져왔다. 1. https://www.reddit.com/r/bioinformatics/comments/13w13ra/building_phylogenetic_trees/ 2. https://www.reddit.com/r/bioinformatics/comments/1bvg5cz/what_softwares_to_use_to_make_phylogenetic_trees/ | 정리하자면..- dataset이 작다면 DECI..
결론만 말하지만, unclutured와 unidentified는 reference에 등록이 되었으며, 분류기로 분류가 되었다.그러나 이 생물이 실제로 배양 까다로워서 배양 결과가 없거나, Genus까지는 일치하는데 species level에서 판단이 안 되는 서열을 말한다. unassigned = unclassified = NA는 같은 뜻이며, 분류기가 분류하지 못한 서열이라는 뜻이다. 우리는 대게 QIIME2에서 fit-classifier-sklearn를 사용하여 완성된 ASV와 가장 유사한 계통정보를 매칭시킨다. 예를 들어, 곰팡이 연구에서 많이 사용되는 UNITE database(for QIIME2)의 taxonomy정보를 보면, 데이터베이스 자체에서 unidentified, sp로 분류된 ..
위 에러는 sequence에 taxonomy정보를 매칭하는 assignment단계에서 발생합니다. 이는 기존에 생성한 qiime classifier가 최신버전이기 때문에 생기는 문제입니다..ㅠㅠㅠqiime feature-classifier classify-sklearn \ --i-classifier ~/Reference/ITS/QIIME2/THFv1.6.1_classifier.qza \ --i-reads ./2.output/rep-seqs-dada2.qza \ --o-classification ./2.output/taxonomy_THF.qza 위 에러는 sequence에 taxonomy정보를 매칭하는 assignment단계에서 발생합니다. 이는 기존에 생성한 qiime classi..
Fungi database에는 UNITE가 가장 대표적으로 사용됩니다. 그러나 Targeted Host-associated Fungi ITS Database(THF)도 유명한 데이터베이스 중 하나입니다. 이를 dada2 버전으로 바꾼 다음에 사용해 봅시다. 1. 파일 다운로드 가장 최신 버전인 1.6.1을 다운로드하여 보겠습니다. - THFv1.6.1- FASTA sequencesv1.6.1 위 파일은 QIIME2에 사용하기 좋은 형식으로 나누어져 있습니다. 즉 taxonomy annotation정보와 sequence정보가 따로 저장되어 있습니다. 이때 Accession 번호를 통해서, 각 서열에 매치된 데이터베이스의 정보를 파악할 수 있습니다. 2. Taxonomy 형식 바꾸기 그러나 QI..
ReferenceLemon KP. Human nasal microbiota. Curr Biol. 2020 Oct 5;30(19):R1118-R1119. doi: 10.1016/j.cub.2020.08.010. PMID: 33022252. 사람의 비강에는 어떤 미생물이 서식하고 있고, 왜 이것이 중요한가? 인간의 비강(nasal passage)은 콧구멍(nostil)에서 목구멍의 윗부분을 말하며, 독특한 미생물 군이 자리 잡고 있다. 인간의 비강 미생물 군은 공중보건과 개인 건강에 매우 중요하다. 공생균(commensal)과 상리공생균(mutualist) 외에도 병원균을 포함하는 경우가 많다. 비강에 존재하는 병원균은 중이염부터 심각한 혈류 및 심장판박질환을 유발할 수 있다. 또한 병원체는 코에 군..
Fungi database에는 UNITE가 가장 대표적으로 사용됩니다. 그러나 Targeted Host-associated Fungi ITS Database(THF)도 유명한 데이터베이스 중 하나입니다. 이를 dada2 버전으로 바꾼 다음에 사용해 봅시다. 1. 파일 다운로드 가장 최신 버전인 1.6.1을 다운로드하여보겠습니다. - THFv1.6.1- FASTA sequencesv1.6.1 위 파일은 QIIME2에 사용하기 좋은 형식으로 나누어져 있습니다. 즉 taxonomy annotation정보와 sequence정보가 따로 저장되어 있습니다. 이때 Accession 번호를 통해서, 각 서열에 매치된 데이터베이스의 정보를 파악할 수 있습니다.그러나 DADA2 의 database의 형식은 아래와..
최근 일러스트레이터 대신 완전히 ppt로만 figure를 만들고 있습니다. 이는 officer과 rvg패키지 덕분입니다. [R] Venn diagram을 그리는 패키지 5개 비교 에서도 언급한 바와 같이, ggplot의 모든 그림을 officer을 이용해서 편집 가능한 개체로 저장이 가능합니다. 그렇다면, 간단하게 figure를 만들어 보겠습니다. 1. 이전 편 [officer] 01. R을 사용해 저장된 이미지로 ppt만들기 (업무 자동화)R의 가장 큰 장점은 간편하게 활용할 수 있는 다양한 패캐지이다. 그러나 이제는 CRAN에 등록된 패키지 수가 2만여 개 정도에 달한다. 우리는 그중에서 어떤 것이 나에게 쓸모 있는지 가려내야 한bio-kcs.tistory.com 2. 필요한 패키지 ..
Venn diagram은 각 그룹에 어떠한 공통적인 속성이 있는지를 한눈에 보여줍니다. R에서는 여러 가지 도구에 의해서 제공됩니다. 그렇다 보니 어떤 도구를 선택해야 할지 많은 고민이 있습니다. 제가 실제로 논문 작업을 하면서, 어떤 도구를 써야 이미지를 수정, 편집하기 쉬울지 하나하나 사용해 보았습니다. 이를 간단하게 소개해드립니다👽. 예제 데이터저는 항상 QIIME2의 moving-picture tutorial에 나오는 데이터를 사용합니다. 아마 마이크로바이옴을 처음 배우시는 사람들이 접하는 데이터이기 때문입니다. 그러나 venn diagram에 사용되는 데이터 형식만 알면, 다른 데이터에서도 모두 사용 가능합니다. 먼저 Venn diagram에 들어가는 데이터 형식은 List입니다. set...
