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글 작성: 24.01.03. 내용추가: 24.01.02. 1. Network analysis | 마이크로바이옴 연구에서 네트워크 연구란? - microbiome은 복잡한 미생물 군집을 말한다. 여러 생물들의 상호작용은 전체 미생물의 구조를 안정적이며 견고하게 만든다. - 네트워크 plot은 미생물의 scale과 다양성을 모두 나타낼 수 있으며, 단편적인 관계보다 보편적인 시스템을 보여준다. | Network의 구성성분 - node: 하나의 샘플이나 OTU/ASV를 뜻한다 - edge: 각 단위 간의 관계를 말한다 | network plot에서 알 수 있는 정보들 - node의 정보: 색, 모양, 크기, 라벨에 정보를 표시할 수 있다. - e.g. 색에는 그룹 데이터를, 크기는 relative abunda..
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- Bioin과 국가생명공학정책연구센터가 주관하는 설문조사에서 가져옴 - 스타벅스 생각보다 자주 당첨되니 회원가입하고 조사에 참여하는 것도 좋은 기회이다! AQ1-1. Platform 바이오 분야 (기초·생명과학, 공통기반기술) 1. 차세대 롱리드 시퀀싱 (Next-generation long-read sequencing) 수십만 개 이상의 DNA/RNA 분자에 담긴 염기서열을 한 번에 10 kb 이상, 높은 정확도로 해독해 다양한 유전자 변이를 확인하는 기술 2. DNA 나노모터 (DNA nanomotor) DNA 가닥으로 이루어진 나노 미터 규모의 모터로, 자가조립이 가능하며 전기로 구동될 수 있어 생체 내 뿐 아니라 초소형 기계에도 적용 가능 3. 휴먼 바이롬 (Human virome) 인체 안팎에..
출처: McMurdie, P. J., & Holmes, S. (2014). Waste not, want not: why rarefying microbiome data is inadmissible. PLoS computational biology, 10(4), e1003531. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003531 https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.02407 용어 정의 - rarefying : ad hoc library size normalization by random subsampling without replacement - rarefaction는 두 개의 정의가 존재 1. normalization approach 🚩 위 논문에서..
(주) 프로티나 - 분자진단, 박사급 담당업무 ㆍ의료진단 바이오마커를 개발합니다(분자생물학 실험). ㆍ신규 단백질 상호작용 바이오마커를 발굴합니다. ㆍ발굴된 바이오마커의 기전을 연구합니다. ㆍ발굴된 바이오마커의 임상적 검증을 연구합니다. ㆍ발굴된 바이오마커의 측정법/assay 개발합니다. ㆍ기본적인 연구실 관리 업무를 합니다. 자격요건 ㆍ생명과학/세포생물학/분자면역학 또는 관련된 박사 학위를 보유하신 분 ㆍWet lab 실험실 (학위/근무) 경험이 있는 분 (3년 이상) ㆍR&D 프로젝트 리딩 경험이 있는 분 우대사항 ㆍ바이오 관련 기업에서 R&D 직무 경력 1년 이상인 분 ㆍ단백질 상호작용 및 단백질 구조 관련 연구 경험이 있는 분 ㆍ임상시료 분석 경험이 있는 분 ㆍ생물정보학 (바이오인포매틱스) 관련 ..
dplyr::c_across - 여러 열을 합쳐주는 역할을 한다 - 예제 데이터 df % rowwise() %>% mutate( sum = sum(c_across(w:z)), sd = sd(c_across(w:z)) ) #> # A tibble: 4 × 7 #> # Rowwise: #> id w x y z sum sd #> #> 1 1 0.790 0.588 0.142 0.225 1.74 0.305 #> 2 2 0.892 0.514 0.781 0.207 2.39 0.305 #> 3 3 0.327 0.317 0.456 0.659 1.76 0.159 #> 4 4 0.351 0.408 0.234 0.715 1.71 0.205 목표 - NA값을 제외하고 각 HV5와 HV5를 제외한 값의 평균을 구해보자 데이터 d..
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- 저자: Morgan M. Brown, Alexander R. Horswill - 저널: plos pathogens (IF = 6.8, 2020) The human skin microbiota: Composition and function in barrier homeostasis - 표피(Epidermis)는 각질세포(keratinocytes)의 4개의 구성되어 있으며, 모낭(hair follicles)과 피지선(sebaceous glands )이 박혀있다. 피부는 30 m^2의 표면적을 가지며, 이는 장의 표면적보다 더 크다. - CoNS 은 38 종으로 구성된다. S. epidermidis strain-level diversity underlies skin–microbe interactions - ..
- 제1 저자: Holger Brüggemann - 저널 : Front. Microbiol.(IF = 4.2) 결과 - Prosthetic Joint Infections와 Blood Cultures 배양된 균에서 S. saccharolyticus 가 발견되었다. Misclassification of Previously Sequenced Strains Assigned to S. saccharolyticus - 발견된 7종은 서로 98% 이상의 ANI를 가졌으며(strain spedific ANI는 97.9~ 100% ), 가까운 S. capitis, S. epidermidis와는 약 79.5%의 ANI를 보임. 이전에 S. saccharolyticus 로 명명된 3개의 서열은 S. capitis에 더 가까웠..
- 제목: Staphylococcus saccharolyticus: An Overlooked Human Skin Colonizer - 제1 저자: Charlotte M Ahle - 저널: Microorganisms (IF = 0.858) Abstract - CoNS는 인간 피부 미생물총의 중요한 구성성분으로, Staphylococcus epidermidis와 같은 조건혐기성은 거의 모든 인간의 피부에서 발견된다. 건강한 인간의 피부에서는 S. epidermidis와 S. capitis가 등이 피부의 주요 commensal로 발견되었지만, 위 연구에서 세 번째로 많은 구성원은 Staphylococcus saccharolyticus이다. 이는 피부 메타게놈 데이터세트를 분석한 결과 등, 이마, 팔 접힘부를 ..
- 홈페이지: https://microbenotes.com/ - 출처: https://microbenotes.com/staphylococcus-hominis/ - 작성자: Anupama Sapkota - 편집자: Sagar Aryal Staphylococcus hominis- An Overview - Microbe Notes Staphylococcus hominis is a Gram-positive coagulase-negative member of Staphylococci that exists as a commensal on the human body. microbenotes.com Staphylococcus hominis 는 Staphylococci 의 Gram-positive coagulase-ne..
- 홈페이지: https://microbenotes.com/ - 출처: https://microbenotes.com/staphylococcus-capitis/ - 작성자: Anupama Sapkota Staphylococcus capitis- An Overview - Microbe Notes Staphylococcus capitis is a Gram-positive, coagulase-negative coccus, present as a part of the human normal flora. microbenotes.com Staphylococcus capitis은 Gram-positive, coagulase-negative coccus, 사람의 두피와 얼굴에 풍부하게 존재하는 공생균이다 coagulas..
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바이오인 뉴스에 "마이크로바이옴으로 비흡연 폐암 진단 가능성을 보이다"라는 제목으로 보도된 자료를 보았다. 구강과 저널은 Clinical and Translational Medicine로 2022년도 기준 IF는 10.6점이다. 논문에 대한 소개는 바이오 인 홈페이지에 자세한 사항이 올라와 있다. 위 논문에서는 장 마이크로바이옴 보다 구강 마이크로바이옴이 폐암환자와 정상대조군 간의 차이를 보였으며, 치료 유무에 대한 차이도 보였다. 구강마이크로바이옴을 통해 SL분석 후 AUC은 0.95 정확도로 분류해 냈으며, 추가적인 데이터 세트로 모델을 평가한 결과 AUC는 Contol vs Treatment +그룹 간의 분류가 Control vs Cancer보다 정확도가 높았다. 장 마이크로바이옴에서 생존 결과가 ..
# 논문 발표 수업 12월 8일 발표 수업이 끝났다. 각자 원하는 분야의 상위 10% 이내 저널에 속한 논문을 소개하는 수업이었다. 나는 Microbiome 저널의 Gut microbiome 관련 논문을 소개했다. 이전에 읽어본 적이 있었지만, 제대로 이해하기 위해서 3번 넘게 정독해야 했으며, methodology의 이해를 위해서는 더 많은 시간이 필요했다. 또한 슬라이드 구성과 발표 구성에 신경을 많이 쏟았다. 이해를 위해 논문 주제 소개를 알기 쉽게 변환하고, 자세하게 소개할 내용은 디테일을 더했다. 또한 나는 발표 시에 성대가 염소가 되는지라, 떨어도 발표를 끝마치기 위해 10번 넘게 연습을 해보았다. 결과적으로 현장 발표 시에 조금은 떨었지만, 시간이 지날수록 목소리는 안정되었다. 하지만 예상 ..
