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1. https://github.com/Dijji/FileMeta/releases 최근 판 다운로드 2. 설치된 File Meta Association Maneger을 실행한다. 3. File extensions 창에서 pdf 파일 형식을 찾고 -> Add file Meta handler를 실행한다. - pdf파일의 속성이 none -> file Meta property Handler로 바뀌었을 것이다. 4. 이제 윈도우 파일 탐색기의 보기 옵션을 수정한다. - 세부정보창 보기를 선택한다. - pdf파일을 클릭하면 기존에 없던 태그 추가, 등급 등의 내용이 추가된 것을 볼 수 있다. 개발자인 Dijji님이 2021년도에 돌아가셔서, Github의 질의를 올려도 아무도 대답해 주지 않는다. 따님께서 대신 ..
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- 작성 : 2023.08.29 1. MicrobiomeMarker 패키지에 대해서 - 논문 : Cao, Y., Dong, Q., Wang, D., Zhang, P., Liu, Y., & Niu, C. (2022). microbiomeMarker: an R/Bioconductor package for microbiome marker identification and visualization. Bioinformatics (Oxford, England), 38(16), 4027–4029. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac438 - 인용수 : 34 (2023.08.29 기준) - 공식 문서 : https://yiluheihei.github.io/microbiomeM..
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작성: 2023-08-25 Metacoder란? - 공식 튜토리얼 : https://grunwaldlab.github.io/metacoder_documentation/workshop--05--plotting.html - 논문 : Foster, Z. S., Sharpton, T. J., & Grünwald, N. J. (2017). Metacoder: An R package for visualization and manipulation of community taxonomic diversity data. PLoS computational biology, 13(2), e1005404. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005404 - 인용수: 498(2023.08.25 기준..
Rearrangements Power Large-Scale Genomic Changes 개놈의 재배열은 이후 표현형에 치명적이거나 심각한 손상을 입힌다. 특히 유사한 DNA구간(한 염색체 내) 간의 재배열을 많이 볼 수 있다. 이때 각 유전체 블록들이 재배열 될 수 있는 경우를 구하기 위해 순열을 이용할 수 있다. Problem Given : 7 이하의 양의 정수 output : n 길이를 가진 순열(순서는 중요하지 않음) 예제 데이터와 결과 Sample Dataset 3 Samplpe output 6 # 순열의 개수 : n 1 2 3 # 순열 예시 (순서는 상관없음) 1 3 2 2 1 3 2 3 1 3 1 2 3 2 1 - 3*2*1 = 6 - 만약 n = 7이라면, length는 7*6*5*4*3*2..
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- Tutorial : https://krassowski.github.io/complex-upset/articles/Examples_R.html Examples - R ComplexUpset krassowski.github.io - 관련 패키지 : https://yulab-smu.top/MicrobiotaProcessWorkshop/articles/MicrobiotaProcessWorkshop.html Workshop of microbiome dataset analysis using MicrobiotaProcess MicrobiotaProcessWorkshop yulab-smu.top - 시각화 예시 각 그룹간 공통적으로 공유하는 taxa 가 제일 왼쪽(노란색 바) 이며 다른 군은 모든 그룹에서 공유하고..
- 작성 : 2023.08.22 Saxena, R., Mittal, P., Clavaud, C., Dhakan, D. B., Hegde, P., Veeranagaiah, M. M., Saha, S., Souverain, L., Roy, N., Breton, L., Misra, N., & Sharma, V. K. (2018). Comparison of Healthy and Dandruff Scalp Microbiome Reveals the Role of Commensals in Scalp Health. Frontiers in cellular and infection microbiology, 8, 346. https://doi.org/10.3389/fcimb.2018.00346 Title : Comparis..
Suzuki, K., Inoue, M., Cho, O., Mizutani, R., Shimizu, Y., Nagahama, T., & Sugita, T. (2021). Scalp Microbiome and Sebum Composition in Japanese Male Individuals with and without Androgenetic Alopecia. Microorganisms, 9(10), 2132. https://doi.org/10.3390/microorganisms9102132 Title : Scalp Microbiome and Sebum Composition in Japanese Male Individuals with and without Androgenetic Alopecia 1. 논문 ..
- 웹링크 : https://www.ibric.org/myboard/read.php?Board=report&id=2883 지질체학(Lipidomics)의 최신 연구동향 지질은 물에 녹지 않는 성질을 지니고 있으며, 지질체는 4,000여 개의 다양한 화합물로서 인체의 다양한 조직과 세포 내부에 존재한다. 인체의 여러 가지 대사작용에 관여하는 지질을 복합적, 체 www.ibric.org 서론 - 녹는 지질 : 지방산(fatty acids), 왁스(waxes), 아이코사노이드(eicosanoids), 모노글리세드(monoglycerides), 다이글리세드(diglycerides), 중성지방 (triglycerides), 인지질(phospholipids), 스핑고지질(sphingolipids), 스테롤(ster..
작성 : 2023.08.21 출처 : Table 및 Figure 작성 시 흔히 보는 오류 table 제목 작성 - 표의 제목은 문장 (sentence)이 아니라 구(phrase)로간단하지만 충분히 의미가 전달되도록 작성하고 끝에 마침표를 찍지 않는다(홍성태 교수님의 의학논문 작성 10계) 좋지 못한 제목 개선된 제목 Characteristics of subjects Characteristics of the 45 men enrolled in the trial Comparison of active treatment with diuretic therapy compared with placebo in 122 men Effects of treatment of hypertension and placebo group..
작성 : 2023.08.17 논문을 보는 목표 1. Skin microbiome은 지질, 성별에 따른 영향이 크다. 이를 알아보기 위해 사춘기 변화에 따른 남녀 간의 마이크로바이옴을 알아보자. 2. 논문의 논리 구조, figure에 따른 메시지 전달을 고려하자. 3. discussion 쓰는 법 배우자 1. introducton 사춘기(puberty)가 지나면서 가장 뚜렷하게 나타나는 변화는 얼굴 피부의 지질 증가이다. 이는 lipophilic 마이크로바이옴의 서식을 증가시킬 수 있다. 이를 알아보기 위해 남녀의 사춘기 변화에 따른 박테리아, 진균의 변화를 살펴보았다. ⇒ 각 사춘기에 따른 미생물의 조성 변화를 관찰하고, 성별에 따른 차이에 집중하자 2. Methods - 대상자는 여4, 남 8/ 6-1..
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이 프로젝트는 내가 들어오기 전에 교수님이 맡으셨던 프로젝트이다. 교수님이 바쁘신 나머지, 내가 추가 분석을 담당하게 되었다. 분석은 내가 대학원들 들어오고 나서부터 오늘까지 약 1년간 지속되었다. 사실 기초 분석은 모두 끝낸 상태라, 처음 공부하면서 이미 완성된 결과를 다시 한번 확인하고, 그 후에 새로운 분석들을 추가해서 살을 붙였다. 정말 지겹고 속이 울렁거릴 정도로 수정했던 것 같다. 분석도 분석이지만, 이미지 퀄리티부터, 색, 샘플 정렬, taxa정렬, 글씨체 등등 여러 세세한 부분이 더 많은 비율을 차지했던 것 같다. 기억을 더듬어 보자면 아래와 같다. 1. 샘플의 메타데이터를 관찰한다. ✨이 단계가 매우 중요하다. 사실 이 전에 실험 계획이 더더욱 중요하다. - 메타데이터에 오류가 없는지 꼼..
