dplyr::c_across - 여러 열을 합쳐주는 역할을 한다 - 예제 데이터 df % rowwise() %>% mutate( sum = sum(c_across(w:z)), sd = sd(c_across(w:z)) ) #> # A tibble: 4 × 7 #> # Rowwise: #> id w x y z sum sd #> #> 1 1 0.790 0.588 0.142 0.225 1.74 0.305 #> 2 2 0.892 0.514 0.781 0.207 2.39 0.305 #> 3 3 0.327 0.317 0.456 0.659 1.76 0.159 #> 4 4 0.351 0.408 0.234 0.715 1.71 0.205 목표 - NA값을 제외하고 각 HV5와 HV5를 제외한 값의 평균을 구해보자 데이터 d..
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- 저자: Morgan M. Brown, Alexander R. Horswill - 저널: plos pathogens (IF = 6.8, 2020) The human skin microbiota: Composition and function in barrier homeostasis - 표피(Epidermis)는 각질세포(keratinocytes)의 4개의 구성되어 있으며, 모낭(hair follicles)과 피지선(sebaceous glands )이 박혀있다. 피부는 30 m^2의 표면적을 가지며, 이는 장의 표면적보다 더 크다. - CoNS 은 38 종으로 구성된다. S. epidermidis strain-level diversity underlies skin–microbe interactions - ..
- 제1 저자: Holger Brüggemann - 저널 : Front. Microbiol.(IF = 4.2) 결과 - Prosthetic Joint Infections와 Blood Cultures 배양된 균에서 S. saccharolyticus 가 발견되었다. Misclassification of Previously Sequenced Strains Assigned to S. saccharolyticus - 발견된 7종은 서로 98% 이상의 ANI를 가졌으며(strain spedific ANI는 97.9~ 100% ), 가까운 S. capitis, S. epidermidis와는 약 79.5%의 ANI를 보임. 이전에 S. saccharolyticus 로 명명된 3개의 서열은 S. capitis에 더 가까웠..
- 제목: Staphylococcus saccharolyticus: An Overlooked Human Skin Colonizer - 제1 저자: Charlotte M Ahle - 저널: Microorganisms (IF = 0.858) Abstract - CoNS는 인간 피부 미생물총의 중요한 구성성분으로, Staphylococcus epidermidis와 같은 조건혐기성은 거의 모든 인간의 피부에서 발견된다. 건강한 인간의 피부에서는 S. epidermidis와 S. capitis가 등이 피부의 주요 commensal로 발견되었지만, 위 연구에서 세 번째로 많은 구성원은 Staphylococcus saccharolyticus이다. 이는 피부 메타게놈 데이터세트를 분석한 결과 등, 이마, 팔 접힘부를 ..
- 홈페이지: https://microbenotes.com/ - 출처: https://microbenotes.com/staphylococcus-hominis/ - 작성자: Anupama Sapkota - 편집자: Sagar Aryal Staphylococcus hominis- An Overview - Microbe Notes Staphylococcus hominis is a Gram-positive coagulase-negative member of Staphylococci that exists as a commensal on the human body. microbenotes.com Staphylococcus hominis 는 Staphylococci 의 Gram-positive coagulase-ne..
- 홈페이지: https://microbenotes.com/ - 출처: https://microbenotes.com/staphylococcus-capitis/ - 작성자: Anupama Sapkota Staphylococcus capitis- An Overview - Microbe Notes Staphylococcus capitis is a Gram-positive, coagulase-negative coccus, present as a part of the human normal flora. microbenotes.com Staphylococcus capitis은 Gram-positive, coagulase-negative coccus, 사람의 두피와 얼굴에 풍부하게 존재하는 공생균이다 coagulas..
바이오인 뉴스에 "마이크로바이옴으로 비흡연 폐암 진단 가능성을 보이다"라는 제목으로 보도된 자료를 보았다. 구강과 저널은 Clinical and Translational Medicine로 2022년도 기준 IF는 10.6점이다. 논문에 대한 소개는 바이오 인 홈페이지에 자세한 사항이 올라와 있다. 위 논문에서는 장 마이크로바이옴 보다 구강 마이크로바이옴이 폐암환자와 정상대조군 간의 차이를 보였으며, 치료 유무에 대한 차이도 보였다. 구강마이크로바이옴을 통해 SL분석 후 AUC은 0.95 정확도로 분류해 냈으며, 추가적인 데이터 세트로 모델을 평가한 결과 AUC는 Contol vs Treatment +그룹 간의 분류가 Control vs Cancer보다 정확도가 높았다. 장 마이크로바이옴에서 생존 결과가 ..
# 논문 발표 수업 12월 8일 발표 수업이 끝났다. 각자 원하는 분야의 상위 10% 이내 저널에 속한 논문을 소개하는 수업이었다. 나는 Microbiome 저널의 Gut microbiome 관련 논문을 소개했다. 이전에 읽어본 적이 있었지만, 제대로 이해하기 위해서 3번 넘게 정독해야 했으며, methodology의 이해를 위해서는 더 많은 시간이 필요했다. 또한 슬라이드 구성과 발표 구성에 신경을 많이 쏟았다. 이해를 위해 논문 주제 소개를 알기 쉽게 변환하고, 자세하게 소개할 내용은 디테일을 더했다. 또한 나는 발표 시에 성대가 염소가 되는지라, 떨어도 발표를 끝마치기 위해 10번 넘게 연습을 해보았다. 결과적으로 현장 발표 시에 조금은 떨었지만, 시간이 지날수록 목소리는 안정되었다. 하지만 예상 ..
1. 네트워크 관리사 2급 - 공식 홈페이지: https://www.icqa.or.kr/cn/page/network - 협회: 한국정보통신자격협회 - 시험: 필기, 실기 - 검정 기준: 네트워크 관련 업무 수행을 위한 일반적인 운용지식과 구축기술 NOS운영, Packet분석, Monitoring, 인터넷기술, Protocol 등 기초 이론과 실무능력 검정 - 국가 공인 인증 자격증(1급은 아님) 2. 네트워크 관리사 2급 필기시험 - 일정: 2023-11-05(일) - 장소: 대전 서구 계룡로 637 아이티스쿨 정보보호교육원 (성심당 근처다ㅎㅎ) - 시험시간: 09:20까지 입실, 09:30~10:20 시험(50분, 10분 뒤 퇴실 가능) - 결과 발표: 2023-11-07(화) - 지참: 신분등, 볼펜..
논문을 고른 이유 - 수업 논문 발표용 - 마이크로바이옴 데이터를 이용한 질병 상태 예측이라는 효용성 있는 연구 배경 Colorectal cancer (CRC) 이란? - CRC는 전 세계에서 두 번째로 흔한 암으로 발병률을 서양에서 꾸준히 증가 - 조기발견의 증가되었지만, 1-3기 CRC환자에서 24%는 종양 제거 후 5년 이내 재발, 절반 이상의 사례가 2년 이내 발생 - 수술 후 위험을 계층화(분류)하는 것이 장기적인 관리에 중요하다. 보통 혈액과 대변에서 측정된 몇몇 지표가 중요한 요소임 장에 영향을 미치는 미생물 - Fusobacterium nucleatum: anaerobic oral commensal, promotes colorectal carcinoma and cancer progressi..
Stereotypes About Enterotype: the Old and New Ideas - 저자: Mingyue Chenga and Kang Ning - 저널: Genomics Proteomics Bioinformatics (IF = 6.5, 2019) enterotype에 영향을 주는 요인 - 식단: Bacteroides enterotype 은 고기 위주인 서양식 식단에서 많이 보이고, Prevotella enterotype 은 탄수화물, 단당류가 많은 수렵채집인 식단에서 많이 보임 - 항생제: cefprozil 사용 시 Bacteroides enterotype 의 변화 초래 - 나이: 유아와 노인의 장내 미생물군은 안정적이지 않음, 노인은 Bacteroides ssp의 비율이 풍부 기존 ente..
Bioinformatic and Statistical Analysis of Microbiome Data - 저자: Yinglin Xia, Jun Sun - 출판사: Springer - 출판일: 2023-05-17 - 원서 가격: 339,980원 (진짜 후덜덜 하다) 목차 1. QIIME2 소개 2. 마이크로바이옴 데이터를 위한 R 소개 3. QIIME2에서 기본적인 데이터 처리 4. Raw 데이터로 부터 Feature와 Feature table만들기 5. assigning taxonomy와 계통수 제작 6. 서열을 OTU로 군집화 하기 7. OTU methods 8. OTU methods그 이상 9. alpha diversity 10. Beta diversity 11. Beta diversity를 위한 ..
