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참고: https://stackoverflow.com/questions/38210582/install-gmp-on-centos Install GMP on CentOS I've tried to install GMP on CentOS and this error appears: yumdownloader --source gmp Enabling mysql-tools-community-source repository Enabling mysql-connectors-community-source repository Enabling stackoverflow.com 간단하게 서버에서 설치후 R에서 깔아주자. yum install gmp-devel
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위 에러는 서버에서 C++17을 컴파일 하는 gcc가 없어서 생기는 에러이다. 1시간 넘게 찾다가 https://travis-ci.community/t/error-in-shlib-internal-args-c-17-standard-requested-but-cxx17-is-not-defined/6748/4와 https://arrow.apache.org/docs/11.0/r/articles/install.html에서 해결 방법을 찾았다. 1. 빈 shell script를 만든다. vi c++17.sh 2. devtoolset-9버전의 gcc는 C++17의 컴파일이 가능하다#!/usr/bin/env bashyum install -y centos-release-sclyum install -y devtoo..
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작성: 2024.01.31/ 수정: 2024.07.29 "Go TH, Kang DR. Basic Concepts of a Mendelian Randomization Approach. Cardiovasc Prev Pharmacother. 2020;2(1):24-30." 를 기반으로 작성되었음. Mendelian randomization (MR) studyMR연구 배경 의학 연구에서 가장 주요 목표는 특정 질병, 결과에 대한 위험 요소를 판별하는 것이다. 이때 노출(exposure)과 결과(outcome)사이에 인과관계를 확립하기 위하여 무작위 대조실험(RCT)를 수행한다. 그러나 모든 연구에 RCT가 수행될 수 없으며, 많은 의학 연구가 관찰에 그치게 된다. 그러나 관찰 연구는 노출과 결과 사이의 혼란..
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업데이트: 2024-08-06 이전 글 [R] Data frame에서 FAS/FASTA 포멧으로 바꾸는 3가지 방법Unclassified된 species를 blast돌리기 위해 phyloseq 개체에서 추출한 계통을 fasta포멧으로 만들고자 했다. 원래 엑셀로 정렬을 하는 방법도 있고, 리눅스 상에서 간단하게 변경하는 방법도 있지만 역시bio-kcs.tistory.com [BLAST] Linux(Ubuntu, CentOS) 환경에서 NCBI BLAST+ 설치하고 돌려보기🟦 BLAST란? | BLAST = basic local alignment sequence tool -BLAST는 밝혀진 지놈 또는 단백질 서열들을 데이터베이스화 해서 새로 밝혀낸 서열들의 상동성(유사성)검사를 실시하여 새로 밝혀진 ..
작성 : 2024.01.19. 금. PICRUSt2에서 사용 중인 MetaCyc reference도 KEGG처럼 level1, level2, level3 등으로 계층적인 구조를 가진다. 그러나 하나의 기능 유전체가 중복된 기능을 가짐으로 이를 편하게 사용하기는 어렵다. 그러나 Peter D. Karp, A Comparison of the BioCycTM and KEGG® Pathway Databases and Web Portals (March 2023)에 따르면 MetaCyc가 KEGG에 비해 가진 정보가 많음으로, 향후 연구에서 활용성이 높을 것으로 생각된다. MetaCyc vs KEGG MetaCyc version 26.5 (December 2022) - Pathways: 3,085 - Reactio..
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작성: 2024-10-21 수정: 2024-01-08 side panel 은 beta diversity를 나타내는 PCA, PCoA 그림의 추가 정보를 나타냅니다. PCoA의 side panel 은 각 샘플의 dissimilarity 간의 분포를 축소해서 나타내는 PCoA 의 축 1과 2를 boxplot이나 density plot을 사용하여 나타냅니다. 5가지 방법(patchwork, MicrobiomeStat, ggpurb, cowplot, ggExtra) ggExtra)을 통해 아래와 같은 그림을 그려봅시다. 예제 데이터 언제나 qiime2의 moving picture 데이터를 사용합니다. 아래 예제 코드에서는 신체의 각 부위에 따른 마이크로바이옴의 분포를 비교합니다. library(phyloseq)..
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한국 연구자의 Periodontitis에 관한 바이오마커 발견 및 예측 모델 개발에 대한 논문을 찾아보았다. 치주염(Periodontitis)이란? 치주염은 치아 주위의 잇몸조직이 감염에 의한 염증으로 내려앉는 상태를 말한다. 치아를 지지하는 잇몸이 약해짐에 따라 치아가 손상될 수 있다. 세계적으로 심한 치주염(severe periodontitis)의 유병률은 만성질환 중에서 가장 높은 편이며, 한국인 성인(40-59세)의 심한 치주염 유병률은 9.0%이었으며, 초기 치주염의 유병률은 더 높을 것으로 예상된다. 출처: 정세환, 한국 성인의 치아우식 및 심한 치주염의 위험요인 분석: 제7기(2016-2018년) 국민건강영양조사 자료 이용, Journal of Korean Academy of Oral Hea..
[그래디언트 바이오컨버전스] Data 사업부 Bioinformatics 모집(D-1) - 사람인 그래디언트 바이오컨버전스, Data 사업부 Bioinformatics 모집, 경력:경력 5년 이하, 학력:석사졸업이상, 연봉:면접 후 결정 , 마감일:2024-01-05, 홈페이지:http://www.gradiantbio.com/ www.saramin.co.kr 모집분야 - Bioinformatics 모집전공 - 생물학, 통계학, 컴퓨터공학 등 (bioinformatics 관련 분야) - 석사 이상 - 경력 4 ~ 5년 이하 근무지 - (05510) 서울 송파구 송파대로 558, 4층 (신천동, 월드타워빌딩) / 08:30~17:30 직무개요 - NGS 데이터 분석 및 분석 방법 구축 (Transcriptom..
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글 작성: 24.01.03. 내용추가: 24.01.02. 1. Network analysis | 마이크로바이옴 연구에서 네트워크 연구란? - microbiome은 복잡한 미생물 군집을 말한다. 여러 생물들의 상호작용은 전체 미생물의 구조를 안정적이며 견고하게 만든다. - 네트워크 plot은 미생물의 scale과 다양성을 모두 나타낼 수 있으며, 단편적인 관계보다 보편적인 시스템을 보여준다. | Network의 구성성분 - node: 하나의 샘플이나 OTU/ASV를 뜻한다 - edge: 각 단위 간의 관계를 말한다 | network plot에서 알 수 있는 정보들 - node의 정보: 색, 모양, 크기, 라벨에 정보를 표시할 수 있다. - e.g. 색에는 그룹 데이터를, 크기는 relative abunda..
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- Bioin과 국가생명공학정책연구센터가 주관하는 설문조사에서 가져옴 - 스타벅스 생각보다 자주 당첨되니 회원가입하고 조사에 참여하는 것도 좋은 기회이다! AQ1-1. Platform 바이오 분야 (기초·생명과학, 공통기반기술) 1. 차세대 롱리드 시퀀싱 (Next-generation long-read sequencing) 수십만 개 이상의 DNA/RNA 분자에 담긴 염기서열을 한 번에 10 kb 이상, 높은 정확도로 해독해 다양한 유전자 변이를 확인하는 기술 2. DNA 나노모터 (DNA nanomotor) DNA 가닥으로 이루어진 나노 미터 규모의 모터로, 자가조립이 가능하며 전기로 구동될 수 있어 생체 내 뿐 아니라 초소형 기계에도 적용 가능 3. 휴먼 바이롬 (Human virome) 인체 안팎에..
출처: McMurdie, P. J., & Holmes, S. (2014). Waste not, want not: why rarefying microbiome data is inadmissible. PLoS computational biology, 10(4), e1003531. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003531 https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.02407 용어 정의 - rarefying : ad hoc library size normalization by random subsampling without replacement - rarefaction는 두 개의 정의가 존재 1. normalization approach 🚩 위 논문에서..
(주) 프로티나 - 분자진단, 박사급 담당업무 ㆍ의료진단 바이오마커를 개발합니다(분자생물학 실험). ㆍ신규 단백질 상호작용 바이오마커를 발굴합니다. ㆍ발굴된 바이오마커의 기전을 연구합니다. ㆍ발굴된 바이오마커의 임상적 검증을 연구합니다. ㆍ발굴된 바이오마커의 측정법/assay 개발합니다. ㆍ기본적인 연구실 관리 업무를 합니다. 자격요건 ㆍ생명과학/세포생물학/분자면역학 또는 관련된 박사 학위를 보유하신 분 ㆍWet lab 실험실 (학위/근무) 경험이 있는 분 (3년 이상) ㆍR&D 프로젝트 리딩 경험이 있는 분 우대사항 ㆍ바이오 관련 기업에서 R&D 직무 경력 1년 이상인 분 ㆍ단백질 상호작용 및 단백질 구조 관련 연구 경험이 있는 분 ㆍ임상시료 분석 경험이 있는 분 ㆍ생물정보학 (바이오인포매틱스) 관련 ..
