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📑 구글 스프레드 시트를 사용한 연구실 관리(?)최근 손으로 글을 쓴 지 오래 지난 것 같다. 메모를 하는 일이 있어도, 태블릿을 가지고 다니면서 메모하거나 휴대폰 메모장에 하곤 한다. 수업을 들으러 갈 때도 태블릿을 이용하고, 회의록이나 일정 정리도 모두 구글 드라이브의 스프레드 시트를 사용해 클라우드에 정리해 버린다. 이렇게 대부분의 일을 온라인과 클라우드 시스템에 의존하고 있으며, 물론 그에 따른 유지비도 지출 중이다. 그러나 100기가의 구글 드라이브 요금제는 2만 4천 원으로 요즘은 비싼 요금제 축에도 끼지 않고 있다. 현재 연구실에서는 하나의 스프레스 시트 (연 단위)를 만들고, 그 안에 여러 시트를 생성해서 관리하고 있다. 현재 관리하고 있는 범위는 아래와 같다. - 홈: 홈페이지 및 ..
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1️⃣ 이전 글 [PICRUSt2] 미생물 기능 예측 도구 PICRUSt2 설치 및 튜토리얼 (ver 2.5.1)- 수정 2023.06.05 시각화 방법, 시각화 예시자료 추가 - 수정 2024.01.16 NSTI 부가 설명- 수정 2024.01.19 contribution 추가[🚩소식] 2025년도 1월 10일에 PICRUST2에 GTDB 가 추가되었다는 소식이 올라왔습니다. 아bio-kcs.tistory.com 2️⃣ PICRUSt-MPGA (PICRUSt2.6) 업데이트 사항1. 논문(preprint): https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.01.27.635123v12. 업데이트 사항 요약확장된 데이터베이스PICRUSt2-MPGA는 GTDB를 통합하여 ..
내 우상은 (오늘부터) Robert C. Edgar 박사님이다. 로버트 박사님의 경력은 어마어마 하지만 현재 대학 교수님이나 연구원이 아니라, 홀로 스타트업 및 기업들의 자문위원으로 활동하고 계시는 과학자이다. 물론 과학자 중에 0.01%에 속하는 분이며, 따라잡을 수 없지만 소속되지 않은 연구자라는 타이틀에 감탄을 하게 된다. 그게 가능한 일이었다니. 로버트 박사님은 우리가 익히 들어본 MUSCLE, UNOISE, UPARSE 등등의 개발자이며, 대부분의 논문이 독립저자이시다. 사실 요즘 연구의 트렌드는 글로벌 코웍인데, 홀로 모든 걸 다 하시는 분에 대한 존경심이 생긴다. 이를 본받아서 처음부터 남에게 맡기지 말고 혼자 파고드는 습관을 가져야겠다. 특히 코딩은 공부좀 하자..
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강의 개요연사 제목: Clinical Center Grand Rounds: Shaping The Early Life Gut Microbiome To Improve Future Health발표자: Sichitra Hourigan, MD, Dr (NIAID)강연 날짜: 2024.01.31링크: https://videocast.nih.gov/watch=54084For more information go to Clinical Center Grand Rounds: Shaping The Early Life Gut Microbiome To Improve Future HealthShaping The Early Life Gut Microbiome To Improve Future HealthSuchitra Hourig..
https://simplystatistics.org/posts/2024-12-23-biologists-stop-including-umap-plots-in-your-papers/ Simply Statistics: Biologists, stop putting UMAP plots in your papersUMAP is a powerful tool for exploratory data analysis, but without a clear understanding of how it works, it can easily lead to confusion and misinterpretation.simplystatistics.org scRNA-Seq 외에 다른 생물학 분야에서 완전한 수학적 이해 없이 무분별하게 사용하지..
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이전 웹서핑 기록💾[웹서핑] 01: 닌자는 어디에나 존재한다..BIONINJA.. 오늘 소개하는 웹사이트 Better Posters 오늘 방문한 사이트는 학술 포스터에 대해 조언 및 재밌는 포스터를 공유하는 블로그입니다.Zen Faulkes 박사님이 운영하고 있으며, 블로그 글을 토대로 최근 "Better Posters"라는 책을 출판하셨습니다. - homepage: https://sites.google.com/site/doctorzen/- X: https://x.com/doctorzen- Blog: https://betterposters.blogspot.com/ 어떤 글들이 있을까?블로그를 구경하면서 가장 재미있게 본 글은 아래와 같습니다. 1. 그림이 돌아가는 역동적인 포스터 Spin m..
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재밌는 사이트를 찾을 때마다 공유해보려고 한다. 정보의 바다"바이오닌자"의 제작자는 아마도 호주 출신의 중학교~고등학교 과정의 과학선생님으로 추정된다. 아마도라는 것은 정말 추정이기 때문이다. 왜 강의 사이트 이름에 닌자가 들어가는지 이해하지 못했지만, 멋있어 보이는 것은 사실이다. 어떤 내용을 알려주고 있을까?총 기본, 심화, 기타로 나뉘며, 생물학 전반의 기초지식을 알려주고 있는 친절한 사이트이다. 일러스트가 전반적으로 깔끔 깔쌈해서 수업자료나 발표자료에 참고할 만하다. 아래는 진화학의 일부 수업자료로, 깔끔한 이미지가 돋보인다. 또한 각 장의 자료를 pdf로 제공하며, 딱 한 장에 모든 정보를 요약해 놓는 최고의 구성을 선택하였다. 전교 1등의 필기 정리본을 훔쳐보는 기분이..
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자 이제 실제로 데이터베이스를 만들어 봅시다. 저는 무언가를 배우는 가장 빠른 길이 일상생활에 적용해 보는 것이라고 생각합니다. 두 마리의 새를 잡기 위해서 실제 프로젝트를 수행하면서 데이터 베이스 관리 시스템을 공부하고자 합니다. ⚠ 비전공자의 야매 프로젝트 입니다 ⚠ 이전 글 생물학도가 왜 데이터베이스 관리 시스템을 배워야 할까?작성: 2024.12.15 이번 학기에 데이터관리에 대한 매우 유익한 수업을 듣게 되었습니다. 이에 대한 감상을 공유하고자 합니다.과목의 이름은 "생의학 데이터분석"으로, 생물 및 의학분야의 데이bio-kcs.tistory.com 1. 연구실 데이터베이스 구축의 필요성저희 연구실을 예시로 들자면, 임상환자를 보는 외래와 연구실 데이터로 크게 나눌 수 있습니다. ..
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작성: 2024.12.15 이번 학기에 데이터관리에 대한 매우 유익한 수업을 듣게 되었습니다. 이에 대한 감상을 공유하고자 합니다.과목의 이름은 "생의학 데이터분석"으로, 생물 및 의학분야의 데이터를 SQL을 사용하여 데이터베이스 시스템을 구축하고 이를 활용하는 내용을 다루었습니다. 실제 취직한 BI 연구원 분들이 단순 유전체 분석을 넘어서 프런트엔드, 백앤드 개발까지 폭넓게 수행하는 것을 지켜보면서, 저 역시 데이터 관리 및 활용에 대한 중요성을 깨달았습니다. # 데이터베이스관리를 왜 배워야 할까?1) 시간이 지나면서 서서히 알게 됩니다 😂연구 초기에는 엑셀과 같은 도구로 간단하게 데이터 정리가 가능합니다. 그러나 시간이 지나고 수집된 데이터가 커지면서 연구자 간 데이터 버전에서 혼동이 오고..
