내 우상은 (오늘부터) Robert C. Edgar 박사님이다. 로버트 박사님의 경력은 어마어마 하지만 현재 대학 교수님이나 연구원이 아니라, 홀로 스타트업 및 기업들의 자문위원으로 활동하고 계시는 과학자이다. 물론 과학자 중에 0.01%에 속하는 분이며, 따라잡을 수 없지만 소속되지 않은 연구자라는 타이틀에 감탄을 하게 된다. 그게 가능한 일이었다니. 로버트 박사님은 우리가 익히 들어본 MUSCLE, UNOISE, UPARSE 등등의 개발자이며, 대부분의 논문이 독립저자이시다. 사실 요즘 연구의 트렌드는 글로벌 코웍인데, 홀로 모든 걸 다 하시는 분에 대한 존경심이 생긴다. 이를 본받아서 처음부터 남에게 맡기지 말고 혼자 파고드는 습관을 가져야겠다. 특히 코딩은 공부좀 하자..
![]()
강의 개요연사 제목: Clinical Center Grand Rounds: Shaping The Early Life Gut Microbiome To Improve Future Health발표자: Sichitra Hourigan, MD, Dr (NIAID)강연 날짜: 2024.01.31링크: https://videocast.nih.gov/watch=54084For more information go to Clinical Center Grand Rounds: Shaping The Early Life Gut Microbiome To Improve Future HealthShaping The Early Life Gut Microbiome To Improve Future HealthSuchitra Hourig..
https://simplystatistics.org/posts/2024-12-23-biologists-stop-including-umap-plots-in-your-papers/ Simply Statistics: Biologists, stop putting UMAP plots in your papersUMAP is a powerful tool for exploratory data analysis, but without a clear understanding of how it works, it can easily lead to confusion and misinterpretation.simplystatistics.org scRNA-Seq 외에 다른 생물학 분야에서 완전한 수학적 이해 없이 무분별하게 사용하지..
![]()
이전 웹서핑 기록💾[웹서핑] 01: 닌자는 어디에나 존재한다..BIONINJA.. 오늘 소개하는 웹사이트 Better Posters 오늘 방문한 사이트는 학술 포스터에 대해 조언 및 재밌는 포스터를 공유하는 블로그입니다.Zen Faulkes 박사님이 운영하고 있으며, 블로그 글을 토대로 최근 "Better Posters"라는 책을 출판하셨습니다. - homepage: https://sites.google.com/site/doctorzen/- X: https://x.com/doctorzen- Blog: https://betterposters.blogspot.com/ 어떤 글들이 있을까?블로그를 구경하면서 가장 재미있게 본 글은 아래와 같습니다. 1. 그림이 돌아가는 역동적인 포스터 Spin m..
![]()
재밌는 사이트를 찾을 때마다 공유해보려고 한다. 정보의 바다"바이오닌자"의 제작자는 아마도 호주 출신의 중학교~고등학교 과정의 과학선생님으로 추정된다. 아마도라는 것은 정말 추정이기 때문이다. 왜 강의 사이트 이름에 닌자가 들어가는지 이해하지 못했지만, 멋있어 보이는 것은 사실이다. 어떤 내용을 알려주고 있을까?총 기본, 심화, 기타로 나뉘며, 생물학 전반의 기초지식을 알려주고 있는 친절한 사이트이다. 일러스트가 전반적으로 깔끔 깔쌈해서 수업자료나 발표자료에 참고할 만하다. 아래는 진화학의 일부 수업자료로, 깔끔한 이미지가 돋보인다. 또한 각 장의 자료를 pdf로 제공하며, 딱 한 장에 모든 정보를 요약해 놓는 최고의 구성을 선택하였다. 전교 1등의 필기 정리본을 훔쳐보는 기분이..
![]()
자 이제 실제로 데이터베이스를 만들어 봅시다. 저는 무언가를 배우는 가장 빠른 길이 일상생활에 적용해 보는 것이라고 생각합니다. 두 마리의 새를 잡기 위해서 실제 프로젝트를 수행하면서 데이터 베이스 관리 시스템을 공부하고자 합니다. ⚠ 비전공자의 야매 프로젝트 입니다 ⚠ 이전 글 생물학도가 왜 데이터베이스 관리 시스템을 배워야 할까?작성: 2024.12.15 이번 학기에 데이터관리에 대한 매우 유익한 수업을 듣게 되었습니다. 이에 대한 감상을 공유하고자 합니다.과목의 이름은 "생의학 데이터분석"으로, 생물 및 의학분야의 데이bio-kcs.tistory.com 1. 연구실 데이터베이스 구축의 필요성저희 연구실을 예시로 들자면, 임상환자를 보는 외래와 연구실 데이터로 크게 나눌 수 있습니다. ..
![]()
작성: 2024.12.15 이번 학기에 데이터관리에 대한 매우 유익한 수업을 듣게 되었습니다. 이에 대한 감상을 공유하고자 합니다.과목의 이름은 "생의학 데이터분석"으로, 생물 및 의학분야의 데이터를 SQL을 사용하여 데이터베이스 시스템을 구축하고 이를 활용하는 내용을 다루었습니다. 실제 취직한 BI 연구원 분들이 단순 유전체 분석을 넘어서 프런트엔드, 백앤드 개발까지 폭넓게 수행하는 것을 지켜보면서, 저 역시 데이터 관리 및 활용에 대한 중요성을 깨달았습니다. # 데이터베이스관리를 왜 배워야 할까?1) 시간이 지나면서 서서히 알게 됩니다 😂연구 초기에는 엑셀과 같은 도구로 간단하게 데이터 정리가 가능합니다. 그러나 시간이 지나고 수집된 데이터가 커지면서 연구자 간 데이터 버전에서 혼동이 오고..
어제부터 QIIME 분석만 하면 "QIIME is caching your current deployment for improved performance. This may take a few moments and should only happen once per deployment."이라고 오류가 뜬다. 오류의 전문은 아래와 같다. (qiime2-amplicon-2024.2) [ksy@localhost HMP]$ qiime feature-classifier classify-sklearn --i-classifier /data/Reference/16S/QIIME2/Greengenes/2022-10/gg_2022_10_backbone_full_length.nb.qza --i-reads ./representat..
현재 연구실 서버는 CentOS 7.9 버전을 쓰고 있다. 안정하다는 장점이 있는데, 갈수록 호환성 문제가 대두되고 있다. 일단 가장큰 문제는 QIIME2 2024.5 버전을 사용하지 못한다는 것이다. DADA2를 R 로 돌리면 되긴 하지만, 최근 연구실 튜토리얼을 모두 QIIME2로 제작해 버리는 바람에.. 사용은 불가피하다. 최근 SILVA 데이터베이스가 138.2가 업데이트 되었다. 138.1과 다른 점은 계통이름을 최신 버전으로 반영했다는 차이이다.이를 RESCRIPt를 통해서 필터링하려면 QIIME2 2024.5 버전이 필요하다. 그러나 설치 과정에서 아래와 같은 에러메세지를 받았다. LibMambaUnsatisfiableError: Encountered problems while solvin..
![]()
개요현재 분석에서 SILVA 138.1, RDP 19, Greengenes2, GTDB를 쓰고 있습니다. 문제는 계통 이름이 업데이트되는 과정에서 일부 DB는 적용되지 않았습니다. 그래서 database를 비교할 때 수동으로 변경해주어야 하는 번거로움이 생깁니다. SILVA 138.1 버전은 는 Phylum에서 Actinobacteriota, Firmicutes, Bacteroidota, Chloroflexi, Cyanobacteria, Pseudomonadota 등으로 변경 전후 이름이 혼합되어 있습니다. 심지어 Actinobacteriota는 Actinobacteria 가 변경을 거치면서 나타난 중간 버전(Actinobacteria -> Actinobacteriota -> Actinomycet..
鈍筆勝聰Indoor and allergic rhinitis microbiomeTang, H., Du, S., Niu, Z. et al. Nasal, dermal, oral and indoor dust microbe and their interrelationship in children with allergic rhinitis. BMC Microbiol 24, 505 (2024). https://doi.org/10.1186/s12866-024-03668-9 Nasal, dermal, oral and indoor dust microbe and their interrelationship in children with allergic rhinitis - BMC MicrobiologyBackground Aller..
![]()
작성: 2024/12/01 1. UNITE + INSD란?UNITE+INSD'는 UNITE 데이터베이스와 International Nucleotide Sequence Database Collaboration(INSDC)의 데이터를 통합한 데이터베이스이다. INSDC는 GenBank, EMBL, DDBJ와 같은 주요 시퀀스 데이터베이스를 포함하고 있다. 2. QIIME의 classifier제작에 필요한 데이터 QIIME2에 사용되는 분류기는 총 두 개의 파일을 각각 종합하여 사용한다. 그러나 unite +insd 서열을 아래와 같은 구조를 따르지 않는다. 먼저 qiime에 사용되는 형식 두 가지를 알아보자. 1. fasta 서열>서열이름 AGGGCTCATCGCATGTCAGCAGTCAGTCAGTCAG..
1. 원하는 서열 다운로드하기 1-1. 홈페이지에서 다운로드하기(1) 홈페이지 접속 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/ GenomeDownload a genome data package including genome, transcript and protein sequence, annotation and a data reportwww.ncbi.nlm.nih.gov (2) 원하는 종을 검색 후 다운로드 - 보통 fasta파일을 다운로드합니다. 1-2. NCBI datasets command line사용하기 - ref: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/docs/v2/download-and-install/ (1) -1 직접 다운..
![]()
# 1. 얇은 귀 한 유튜브 쇼츠에서 최악의 글꼴로 Arial를 뽑았다. 생물학도로써 가장 많이 보고 쓰는 서체는 Arial일 것이다. 그러나 디자이너 입장에서는 짝퉁 폰트에 미묘하게 간격이 안 맞는다고 한다. 그 영상 댓글에 어떤 건축학도가 "montserrat" 폰트를 쓰고 교수님께 10분간 폰트를 칭찬하는 말을 들었다고 했다. 부처님 귀를 닮았다는 소리를 듣곤 했지만, 사실 나는 귀가 많이 얇다. 그렇게 나는 첫 포스터의 폰트를 montserrat을 사용하기로 결정했다. # 2. 학회 포스터 디자인올해 11월 6일부터 9일에 개최된 아시아 태평양 의진균 학회(APSMM)에 참석하게 되었다. 3년마다 개최하는데 올해는 일본 교토에서 주최하게 되었다. 진행 중인 과제 특성상, 온전한 결과를 발표하..
![]()
왜 이런 걸 찾고 있는지는 긴말하지 않겠습니다... 🙃 🙃 🙃 🙃 🙃 ㅋㅋㅋ
![]()
출처: https://www.pacb.com/blog/sbb-sequencing/ Sequencing 101: SBB sequencing - PacBioGet Q40+ accuracy, uncover rare variants, and explore the benefits for liquid biopsy and gene editing applications with SBB sequencing.www.pacb.com 위 글을 대표적인 시퀀싱 방법인 sequencing by synthesis(SBS, e.g. illumina Miseq )의 발전 버전인 sequencing by binding(SBB)을 소개하고 있습니다. SBB는 short read를 대상으로 하며, 시퀀싱 판독 오류를 줄여주며 평균적으로..
강의 자료 (무료)- Lectures of Prof Wishart : https://youtube.com/playlist?list=PLE20foNk9J6IGPVSFkfn6U7lmUzFvWPYQ&si=mziqTi-zeoPJJxIe Metabolomics lecture series by Prof David Wishart www.youtube.com - 2022 summer school on Non-Targeted Metabolomics: https://youtube.com/playlist?list=PL0JAF-4UFc8Nujp1ET-TwNdOGrBGsuZ7J&si=98QlnVc0KrBBEO1j 2022 Summer School on Non-Targeted Metabolomics www.youtube.com-..
옛날 버전 코드만 보고, "-o"을 설정하는 바람에 결과가 계속 안 나왔었다. 알고 보니 MetaPhlAn4에서 샘플 작성 방법이 일부 수정된 듯...내 시간 😭😭 metaphlan \--nproc 32 \--input_type fastq \--bowtie2out metaphlan4.out/MockATCC_1.bowtie2.bz2 \./host_removal/host_removed.1.fastq.gz,./host_removal/host_removed.2.fastq.gz \metaphlan4.out/host_removed_profile.txt Reference- https://protocols.hostmicrobe.org/software/list-of-software-and-uses/metaphlan..
![]()
Likert plot이란?Likert plot은 흔히 설문조사라고 불리는 리커트 척도(likert scale) 조사에 사용되는 시각화 방법입니다. 리커트 척도는 문장을 제시하고, 그에 대한 동의/비동의를 평가하는 방식을 뜻한다. 주로 3~5가지의 문항을 사용한다고 합니다. R의 likert plot은 원데이터를 분포로 바꾸지 않아도, 자동적으로 요약 및 시각화를 해주는 도구입니다. 항생제 내성결과 또한 분포에 따라 데이터를 정렬하는 것으로, likert plot을 사용하기 좋은 데이터입니다. 항생제 내성 결과항생제 내성은 3가지로 나눌 수 있습니다.R (Resistant): high likelihood of therapeutic failure.S (Susceptible) high likeliho..
![]()
내용추가: 24/10/10 지난 6월, 네이처에 게재된 마이크로바이옴 관련 논문이 철회되었습니다. 해당 논문은 암 연구를 위해 활용된 WGS 데이터(TCGA)에서 박테리아 유전체를 추출하여 32가지 암을 구분하는 머신러닝 모델을 개발한 연구입니다. 이 연구는 Human Microbiome Project를 이끄셨던 Rob Knight 교수님의 연구실에서 수행되었습니다. 최근 레딧을 통해 이 소식을 접하게 되었습니다. 비록 이 주제가 매우 뜨거운 이슈임에도 불구하고 국내에서는 충분한 보도가 이루어지지 않았습니다. 이에 관련된 자세한 상황을 시간 순으로 정리하였으니 관심 있으신 분들은 참고하시기 바랍니다. 📅 Timeline Cancer microbiome 저자 연구실은 🟣 , 반박의견은 🟢으로 표시 1️⃣ ..
![]()
Obviously, there is no general sequence-clustering threshold across species and there will always be a trade-off between over-splitting and lumping of species (Kauserud, H, Fungal Ecology, 2023). "Lumpers and splitters"의 splitters는 더 작은 단위로 나누고 싶어 하는 연구자를 말하며 (공통점 강조), Lumpers는 좀 더 큰 단위로 할당하고 싶어 하는 연구자를 말한다(차이점 강조). 이 표현은 찰스 다윈이 처음 사용했다고 알려져 있다. 현재, 연구실에서는 진균의 유전체를 다루고 있다. 박테리아만 다루다가 진균을 분석해 ..
