![]()
Rstudio에서 devtools를 통해 패키지를 다운로드할 때에나 git hub에 연동 시 토큰을 필요로 합니다. 초기 세팅화 수정 방법에 대해서 알아봅시다. 토큰이 귀찮을 수 있지만, Github의 보안 강화를 위해 생겨난 제도로 이해하시면 될 것 같습니다. 1. Github 가입- 당연히 github 계정이 먼저 필요합니다. 2. 토큰 생성1) https://github.com/settings/tokens 접속 2) Generate new token 클릭 -> classic 선택3) 토큰 이름, 유효기간 지정 + repo, user, workflow, gist 권한 선태 4) 생성 후 토큰 번호 복사 ✨✨✨✨✨(이후 확인 불가능!!!) 3. Rstudio에서 설정1) install...
![]()
이전 글에서 생명정보학을 시작하며 알아야 할 기본 원칙들(Agile, FAIR)에 대해 이야기했습니다. 이번에는 "실제 프로젝트를 어떻게 정리하고 관리해야 할까?"라는 주제로 작성해 보았습니다. 특히, 대학원에 와서 컴퓨터 언어를 처음 배우는 생명과학 전공자들에게 프로젝트 진행에 필요한 코드 리뷰와 문서화, 폴더 구조 등에 대한 기준과 실제 예시 등을 제시해 보았습니다. 이 파트는 논문 Implementing code review in the scientific workflow: Insights from ecology and evolutionary biology에서 많은 부분을 발췌하였습니다. 1. 왜 정리가 필요할까? - 코드 리뷰의 필요성1) 코드리뷰란?"코드 리뷰"라는 말은 뭔가 엄청 귀찮을 일..
![]()
🙋♀️안녕하세요. 김해김 씨 99대손입니다.오늘은 생명정보학을 공부하는 분들, 특히 컴퓨터를 대학원에 와서 익히게 된 생명과학 전공자들에게 꼭 들려주고 싶은 이야기를 정리해 보았습니다. 1. 생명정보학자들이 왜 소프트웨어 개발 원칙을 이해해야 하는가?10년 차 생명정보학 재직자의 레딧 글이 단 시간에 500개의 upvote를 받았습니다. 글의 내용은 왜 아직도 생명 정보학은 다른 분야에 비해 초기에 머물러 있는지를 논의하고 있습니다. (https://www.reddit.com/r/bioinformatics/comments/1l3t6b7/bioinformatics_is_still_in_its_infancy/) "생물정보학은 아직 초기 단계입니다." 왜 생물정보학은 아직 초기 단계일까? 작..
![]()
안녕하세요. 이번에는 네트워크 관리사 2급 필기에 이어서 실기 시험을 보게 되었습니다.필기를 본 지 거의 1년 반 이상이 지났네요. 78점의 점수로 실기를 합격했습니다!!! 높은 점수는 아니지만 60점 커트라인이 아니어서 뿌듯합니다 ㅎㅎ 지난 필기 합격 글 [자격증] 2023년 11월 네트워크 관리사 2급 필기 합격 후기 (4회) (인강 X)1. 네트워크 관리사 2급 - 공식 홈페이지: https://www.icqa.or.kr/cn/page/network - 협회: 한국정보통신자격협회 - 시험: 필기, 실기 - 검정 기준: 네트워크 관련 업무 수행을 위한 일반적인 운용지식과 구축bio-kcs.tistory.com필기는 두 번 보았고, 개인적으로 비전공자 입장에서 매우 어렵다고 느꼈습니다. 필기는 ..
# 🚨 문제 for문으로 수동으로 돌리면 되는데 function안에서 subset_samples쓰면 오류 발생 phy_sub phy_sub # 문제 원인 함수 내부에서는 비표준평가(NSE)가 실행되는데, 이때 함수 내부에서 다시 지정해 주지 않으면 전역변수에서 변수를 검색하게 된다. 그래서 찾지 못한다. # 해결 방식grp # 안전한 코드 작성하기 1. 패키지 명시 filter() # ❌ stats::filter()가 호출될 수 있음dplyr::filter() # ✅ 명시적, 안전2. rlang 패키지를 사용해 SE 방식으로 코드 작성- e.g. !!rlang::sym(변수) 로 받기 (나는 주로 이 방식을 사용한다)my_summary % dplyr::summarise(mean..
면역학 전공자가 아니라 너무 다행이지만, 시험공부를 위해 외워야 하니까..^^ 외워보자구요. 1. 외국 의대생들의 암기 법 1) 참고글 - https://www.reddit.com/r/medicalschool/comments/1hkdxpf/how_are_you_guys_remembering_the_cytokines/ From the medicalschool community on RedditExplore this post and more from the medicalschool communitywww.reddit.com- https://www.reddit.com/r/step1/comments/z33lt8/how_did_you_memorize_all_the_cytokines_and/ From the ..
![]()
📑 구글 스프레드 시트를 사용한 연구실 관리(?)최근 손으로 글을 쓴 지 오래 지난 것 같다. 메모를 하는 일이 있어도, 태블릿을 가지고 다니면서 메모하거나 휴대폰 메모장에 하곤 한다. 수업을 들으러 갈 때도 태블릿을 이용하고, 회의록이나 일정 정리도 모두 구글 드라이브의 스프레드 시트를 사용해 클라우드에 정리해 버린다. 이렇게 대부분의 일을 온라인과 클라우드 시스템에 의존하고 있으며, 물론 그에 따른 유지비도 지출 중이다. 그러나 100기가의 구글 드라이브 요금제는 2만 4천 원으로 요즘은 비싼 요금제 축에도 끼지 않고 있다. 현재 연구실에서는 하나의 스프레스 시트 (연 단위)를 만들고, 그 안에 여러 시트를 생성해서 관리하고 있다. 현재 관리하고 있는 범위는 아래와 같다. - 홈: 홈페이지 및 ..
![]()
1️⃣ 이전 글 [PICRUSt2] 미생물 기능 예측 도구 PICRUSt2 설치 및 튜토리얼 (ver 2.5.1)- 수정 2023.06.05 시각화 방법, 시각화 예시자료 추가 - 수정 2024.01.16 NSTI 부가 설명- 수정 2024.01.19 contribution 추가[🚩소식] 2025년도 1월 10일에 PICRUST2에 GTDB 가 추가되었다는 소식이 올라왔습니다. 아bio-kcs.tistory.com 2️⃣ PICRUSt-MPGA (PICRUSt2.6) 업데이트 사항1. 논문(preprint): https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.01.27.635123v12. 업데이트 사항 요약확장된 데이터베이스PICRUSt2-MPGA는 GTDB를 통합하여 ..
내 우상은 (오늘부터) Robert C. Edgar 박사님이다. 로버트 박사님의 경력은 어마어마 하지만 현재 대학 교수님이나 연구원이 아니라, 홀로 스타트업 및 기업들의 자문위원으로 활동하고 계시는 과학자이다. 물론 과학자 중에 0.01%에 속하는 분이며, 따라잡을 수 없지만 소속되지 않은 연구자라는 타이틀에 감탄을 하게 된다. 그게 가능한 일이었다니. 로버트 박사님은 우리가 익히 들어본 MUSCLE, UNOISE, UPARSE 등등의 개발자이며, 대부분의 논문이 독립저자이시다. 사실 요즘 연구의 트렌드는 글로벌 코웍인데, 홀로 모든 걸 다 하시는 분에 대한 존경심이 생긴다. 이를 본받아서 처음부터 남에게 맡기지 말고 혼자 파고드는 습관을 가져야겠다. 특히 코딩은 공부좀 하자..
![]()
강의 개요연사 제목: Clinical Center Grand Rounds: Shaping The Early Life Gut Microbiome To Improve Future Health발표자: Sichitra Hourigan, MD, Dr (NIAID)강연 날짜: 2024.01.31링크: https://videocast.nih.gov/watch=54084For more information go to Clinical Center Grand Rounds: Shaping The Early Life Gut Microbiome To Improve Future HealthShaping The Early Life Gut Microbiome To Improve Future HealthSuchitra Hourig..
https://simplystatistics.org/posts/2024-12-23-biologists-stop-including-umap-plots-in-your-papers/ Simply Statistics: Biologists, stop putting UMAP plots in your papersUMAP is a powerful tool for exploratory data analysis, but without a clear understanding of how it works, it can easily lead to confusion and misinterpretation.simplystatistics.org scRNA-Seq 외에 다른 생물학 분야에서 완전한 수학적 이해 없이 무분별하게 사용하지..
![]()
이전 웹서핑 기록💾[웹서핑] 01: 닌자는 어디에나 존재한다..BIONINJA.. 오늘 소개하는 웹사이트 Better Posters 오늘 방문한 사이트는 학술 포스터에 대해 조언 및 재밌는 포스터를 공유하는 블로그입니다.Zen Faulkes 박사님이 운영하고 있으며, 블로그 글을 토대로 최근 "Better Posters"라는 책을 출판하셨습니다. - homepage: https://sites.google.com/site/doctorzen/- X: https://x.com/doctorzen- Blog: https://betterposters.blogspot.com/ 어떤 글들이 있을까?블로그를 구경하면서 가장 재미있게 본 글은 아래와 같습니다. 1. 그림이 돌아가는 역동적인 포스터 Spin m..
![]()
재밌는 사이트를 찾을 때마다 공유해보려고 한다. 정보의 바다"바이오닌자"의 제작자는 아마도 호주 출신의 중학교~고등학교 과정의 과학선생님으로 추정된다. 아마도라는 것은 정말 추정이기 때문이다. 왜 강의 사이트 이름에 닌자가 들어가는지 이해하지 못했지만, 멋있어 보이는 것은 사실이다. 어떤 내용을 알려주고 있을까?총 기본, 심화, 기타로 나뉘며, 생물학 전반의 기초지식을 알려주고 있는 친절한 사이트이다. 일러스트가 전반적으로 깔끔 깔쌈해서 수업자료나 발표자료에 참고할 만하다. 아래는 진화학의 일부 수업자료로, 깔끔한 이미지가 돋보인다. 또한 각 장의 자료를 pdf로 제공하며, 딱 한 장에 모든 정보를 요약해 놓는 최고의 구성을 선택하였다. 전교 1등의 필기 정리본을 훔쳐보는 기분이..
![]()
자 이제 실제로 데이터베이스를 만들어 봅시다. 저는 무언가를 배우는 가장 빠른 길이 일상생활에 적용해 보는 것이라고 생각합니다. 두 마리의 새를 잡기 위해서 실제 프로젝트를 수행하면서 데이터 베이스 관리 시스템을 공부하고자 합니다. ⚠ 비전공자의 야매 프로젝트 입니다 ⚠ 이전 글 생물학도가 왜 데이터베이스 관리 시스템을 배워야 할까?작성: 2024.12.15 이번 학기에 데이터관리에 대한 매우 유익한 수업을 듣게 되었습니다. 이에 대한 감상을 공유하고자 합니다.과목의 이름은 "생의학 데이터분석"으로, 생물 및 의학분야의 데이bio-kcs.tistory.com 1. 연구실 데이터베이스 구축의 필요성저희 연구실을 예시로 들자면, 임상환자를 보는 외래와 연구실 데이터로 크게 나눌 수 있습니다. ..
![]()
작성: 2024.12.15 이번 학기에 데이터관리에 대한 매우 유익한 수업을 듣게 되었습니다. 이에 대한 감상을 공유하고자 합니다.과목의 이름은 "생의학 데이터분석"으로, 생물 및 의학분야의 데이터를 SQL을 사용하여 데이터베이스 시스템을 구축하고 이를 활용하는 내용을 다루었습니다. 실제 취직한 BI 연구원 분들이 단순 유전체 분석을 넘어서 프런트엔드, 백앤드 개발까지 폭넓게 수행하는 것을 지켜보면서, 저 역시 데이터 관리 및 활용에 대한 중요성을 깨달았습니다. # 데이터베이스관리를 왜 배워야 할까?1) 시간이 지나면서 서서히 알게 됩니다 😂연구 초기에는 엑셀과 같은 도구로 간단하게 데이터 정리가 가능합니다. 그러나 시간이 지나고 수집된 데이터가 커지면서 연구자 간 데이터 버전에서 혼동이 오고..
어제부터 QIIME 분석만 하면 "QIIME is caching your current deployment for improved performance. This may take a few moments and should only happen once per deployment."이라고 오류가 뜬다. 오류의 전문은 아래와 같다. (qiime2-amplicon-2024.2) [ksy@localhost HMP]$ qiime feature-classifier classify-sklearn --i-classifier /data/Reference/16S/QIIME2/Greengenes/2022-10/gg_2022_10_backbone_full_length.nb.qza --i-reads ./representat..
현재 연구실 서버는 CentOS 7.9 버전을 쓰고 있다. 안정하다는 장점이 있는데, 갈수록 호환성 문제가 대두되고 있다. 일단 가장큰 문제는 QIIME2 2024.5 버전을 사용하지 못한다는 것이다. DADA2를 R 로 돌리면 되긴 하지만, 최근 연구실 튜토리얼을 모두 QIIME2로 제작해 버리는 바람에.. 사용은 불가피하다. 최근 SILVA 데이터베이스가 138.2가 업데이트 되었다. 138.1과 다른 점은 계통이름을 최신 버전으로 반영했다는 차이이다.이를 RESCRIPt를 통해서 필터링하려면 QIIME2 2024.5 버전이 필요하다. 그러나 설치 과정에서 아래와 같은 에러메세지를 받았다. LibMambaUnsatisfiableError: Encountered problems while solvin..
![]()
개요현재 분석에서 SILVA 138.1, RDP 19, Greengenes2, GTDB를 쓰고 있습니다. 문제는 계통 이름이 업데이트되는 과정에서 일부 DB는 적용되지 않았습니다. 그래서 database를 비교할 때 수동으로 변경해주어야 하는 번거로움이 생깁니다. SILVA 138.1 버전은 는 Phylum에서 Actinobacteriota, Firmicutes, Bacteroidota, Chloroflexi, Cyanobacteria, Pseudomonadota 등으로 변경 전후 이름이 혼합되어 있습니다. 심지어 Actinobacteriota는 Actinobacteria 가 변경을 거치면서 나타난 중간 버전(Actinobacteria -> Actinobacteriota -> Actinomycet..
鈍筆勝聰Indoor and allergic rhinitis microbiomeTang, H., Du, S., Niu, Z. et al. Nasal, dermal, oral and indoor dust microbe and their interrelationship in children with allergic rhinitis. BMC Microbiol 24, 505 (2024). https://doi.org/10.1186/s12866-024-03668-9 Nasal, dermal, oral and indoor dust microbe and their interrelationship in children with allergic rhinitis - BMC MicrobiologyBackground Aller..
![]()
작성: 2024/12/01 1. UNITE + INSD란?UNITE+INSD'는 UNITE 데이터베이스와 International Nucleotide Sequence Database Collaboration(INSDC)의 데이터를 통합한 데이터베이스이다. INSDC는 GenBank, EMBL, DDBJ와 같은 주요 시퀀스 데이터베이스를 포함하고 있다. 2. QIIME의 classifier제작에 필요한 데이터 QIIME2에 사용되는 분류기는 총 두 개의 파일을 각각 종합하여 사용한다. 그러나 unite +insd 서열을 아래와 같은 구조를 따르지 않는다. 먼저 qiime에 사용되는 형식 두 가지를 알아보자. 1. fasta 서열>서열이름 AGGGCTCATCGCATGTCAGCAGTCAGTCAGTCAG..
1. 원하는 서열 다운로드하기 1-1. 홈페이지에서 다운로드하기(1) 홈페이지 접속 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/ GenomeDownload a genome data package including genome, transcript and protein sequence, annotation and a data reportwww.ncbi.nlm.nih.gov (2) 원하는 종을 검색 후 다운로드 - 보통 fasta파일을 다운로드합니다. 1-2. NCBI datasets command line사용하기 - ref: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/docs/v2/download-and-install/ (1) -1 직접 다운..
